Il Lago della Gherardesca è di origine recente anche se in passato tutta l'area era occupata da un lago di dimensioni molto più vaste il Lago di Bientina. Di quest'area è stata decisa la bonifica per ricavare terreno per l'agricoltura e la struttura contenente delle pompe idrovore fu costruita nel 1859. La bonifica durò 4 anni, ma le idrovore dovevano essere mantenute in attività per evitare che la zona tornasse a riempirsi di acqua. 

A partire dai primi anni 2000 le idrovore smisero di funzionare per un guasto e appena si formò uno specchio d'acqua numerosi uccelli (soprattutto migratori) tornarono a popolarlo. Per questa ragione si decise di lasciare che tornasse ad esistere uno specchio d'acqua, seppur di dimensioni molto minori del passato: il Lago della Gherardesca.