A regência que governou o Brasil durante a minoridade de Dom Pedro segundo, enfrentou várias revoltas por todo o país. Caxias novamente ficou contra seu pai e tios, que eram simpatizantes dos rebeldes, comandando as forças lealistas de 1839 a 1845, na supressão de revoltas como a Balaiada, as Revoltas Liberais e a Revolução Farroupilha.