Ketika Jepang berkuasa di Indonesia, Jepang juga membuat kebijakan-kebijakan bagi daerah Jajahannya. Kebijakan Jepang sangat terlihat pada bidang ekonomi, sosial dan pendidikan, serta struktur birokrasi pemerintahan dan kemiliteran. Ketika awal penguasaan Jepang di Indonesia, Jepang mempropagandakan berbagai kebijakan-kebijakan yang sangat fundamental bagi Indonesia supaya masyarakat Indonesia banyak yang percaya kepada pemerintahan Jepang. Guna merebut kepercayaan bangsa Indonesia, Jepang menerapkan 8 hal penting, yaitu:
Memperkenalkan semboyan 3A
Jepang adalah saudara tua
Jepang menjanjikan kemudahan bagi bangsa Indonesia
Pembebasan tahanan Belanda (Ir. Soekarno, Drs. Moh. Hatta, Sutan Syahrir)
Lagu Indonesia Raya boleh dinyanyikan bersamaan dengan lagu Kimigayo
Bendera Merah Putih boleh dikibarkan bersama dengan bendera Jepang Hinomaru
Bahasa Indonesia boleh digunakan
Kebebasan melakukan ibadah
Menyita aset-aset ekonomi yang penting
Melakukan pengawasan yang ketat dalam bidang ekonomi
Kebijakan self-sufficiency/autharki (memenuhi kebutuhannya sendiri)
Setoran wajib (pajak)
Romusha (kerja paksa)
Merosotnya produksi pangan yang menimbulkan kelaparan (kesenjangan ekonomi)
Mata uang yang berlaku adalah Yen dan mata uang Hindia Belanda
Melikuidasi (pembubaran dan penyitaan aset) bank bekas milik musuh
Romusha (Kerja paksa)
Jugun Ianfu (Para wanita dijadikan pekerja seks paksa bagi tentara Jepang)
Pendidikan Sekolah terbuka bagi semua penduduk
Rakyat diwajibkan mengikuti tradisi menghormati matahari (seikeirei)
Bahasa
Bahasa Belanda dilarang digunakan
Diterbitkan koran berbahasa Jepang dan dibuka kursus bahasa Jepang
Jepang mengatur stratifikasi sosial masyarakat
Golongan 1 Jepang
Golongan 2 Pribumi
Golongan 3 Eropa dan Timur Asing
Kekuasaan Jepang atas wilayah Indonesia dipegang oleh militer
AD disebut dengan Rikugun
AL disebut dengan Kaigun
Jepang mengeluarkan UU tentang perda no 28 tahun 1942 tentang tata urutan pemerintah daerah
Karesidenan disebut dengan Syu
Kotaraja disebut dengan Syi
Kabupaten disebut dengan Ken
Kawedanan disebut dengan Gun
Kecamatan disebut dengan Son
Kelurahan disebut dengan Ku
Dukuh disebut dengan Aza
RT disebut dengan Tonarigumi
Gunshireikan adalah jabatan tertinggi dalam kemiliteran Jepang setingkat dengan panglima TNI di Indonesia yang dijabat oleh Hitoshi Imamura.
Gunbaikan adalah jabatan kedua dalam kemiliteran Jepang setingkat kepala staff militer AD/AL/AU yang dijabat oleh Mayjen Seizaburo Okasaki untuk mengelola wilayah di Indonesia.
Gunseikanbu adalah bagian-bagian dalam pemerintahan militer Jepang setingkat dengan menteri di pemerintahan Indonesia yang terdiri dari:
Somubu (departemen urusan umum)
Zaimubu (departemen keuangan)
Sangyobu (departemen perusahaan, industri, kerajinan tangan, dan ekonomi)
Kotsubu (departemen lalu lintas)
Shihobu(departemen kehakiman)
Gunseibu adalah kordinator pemerintahan militer setempat setingkat dengan gubernur/komandan daerah militer (kodam) di Indonesia dengan pembagian sebagai berikut:
Wilayah Jawa Barat yang berpusat di Bandung.
Wilayah Jawa Tengah yang berpusat di Semarang.
Wilayah Jawa Timur yang berpusat di Surabaya.
Pembagian wilayah jajahan Jepang berpusat di Jepang sendiri, sedangkan Asia Tenggara termasuk Indonesia hanya sebagai salah satu distrik yang harus dikelola. Pusat pemerintahan militer Jepang untuk Indonesia saat itu berkedudukan di Saigon (saat ini Kota Ho Chi Minh, Vietnam). Wilayah Indonesia sendiri terbagi menjadi 3 pengelolaan Militer, yaitu:
Tentara Angkatan Darat Jepang ke-16 memerintah Jawa dan Madura yang berpusat di Jakarta.
Tentara Angkatan Darat Jepang ke-25 memerintah Sumatera yang berpusat di Bukittinggi, Sumatera Barat.
Armada Angkatan Laut Jepang ke-2 memerintah atas Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua yang berpusat di Makassar.