La collection des mammifères est sans doute celle qui a le plus souffert au cours du temps.

De nombreuses pièces sont arrivées dans les années 1830 par l'intermédiaire de F.A Pouchet, et d'autres sont arrivées ensuite jusqu'au début du vingtième siècle. On ne trouve plus trace de donation après les années 1930. 

Il y a eu visiblement une période où les animaux ont été attaqués par des microorganismes, puis l'infestation s'est arrêtée et les animaux se sont stabilisés dans l'état. Il est impossible de savoir exactement à quelle période ces dégradations ont eu lieu. Cependant, même sans attaque de micro-organismes, l'équipe présente depuis plus de vint-cinq ans a pu constater une évolution négative de l'état des collections.