Ang unang pamayanan sa Mercedes ay isang maliit na lupain na tinatawag ngayong Catandunganon. Ang mga unang nanirahan ay karamihan sa mga taong naglalayag sa dagat na napilitang maghanap ng kanlungan sa isla nang maabutan ng hindi inaasahang malalakas na hangin habang nasa dagat. Noong una, pansamantala lamang ang kanilang pananatili, ang layunin ay maghintay ng mas magandang panahon para sa paglalayag, hanggang sa dumating ang panahon na ginawa nilang tahanan ang lugar. Ang pangalang CATANDUNGANON ay kinuha mula sa CATANDUANES, na sinasabing ang orihinal na tahanan ng mga nanirahan. Ang mga tao sa Catandunganon, nang dumami, ay kumalat sa Barra mismo, isang baybaying lupain, ang mga daungan ay itinatag sa Barra, ang mga dayuhang mangangalakal tulad ng mga Tsino at Arabo ay dumating sa mga daungan, at nag-asawa sa mga naninirahan, kaya ginawa ang Barra na isang uri ng lugar ng pagpupulong hindi lamang para sa kalakalan kundi pati na rin para sa kultura.
Nang dumating ang mga Espanyol, ang Barra, tulad ng lahat ng iba pang teritoryo ng Pilipinas, ay napasailalim sa kapangyarihan ng mga mananakop. Ang soberanya ng Espanya ay pinalawak sa Rehiyon ng Bikol ni Miguel Lopez de Legazpi, alinsunod sa mga utos ng Haring Espanyol. Ang Barra, na naging Mercedes noong panahon ng Espanyol, ay patuloy na nagsilbing daungan, sa pagkakataong ito para sa mga barkong Espanyol mula sa Maynila, Legazpi, at iba pang mga lugar. Noong mga taong iyon, ang lalawigan ng Ambos Camarines ay madalas na sinalakay ng mga pirata ng Tsino at Muslim, at upang maprotektahan ang lalawigan, nagtayo ang mga Espanyol ng mga kuta sa barrio ng Mercedes. Ang mga ito ay malalaki at kongkretong pader, tulad ng mga nasa "Intramuros", at sa loob ng mga pader na ito ay may dalawang kanyon. Kaya masasabi natin na ang Mercedes ay isang matibay na linya ng depensa mula sa dagat.
Ang soberanya ng Espanya sa Pilipinas ay natapos noong 1898 nang dumating ang mga Amerikano. Ang mga pwersa ng Amerikano ay ipinadala sa iba't ibang bahagi ng Pilipinas, kabilang ang Mercedes. Ang lalawigan ng Ambos Camarines ay hinati sa dalawang lalawigan: Camarines Sur at Camarines Norte. Ang Mercedes ay naging bahagi ng Camarines Norte. Dahil sa kasaganaan ng Mercedes, nadama ng mga residente na ang barrio ay higit pa sa karapat-dapat para sa kategorya ng bayan, kaya nagpadala sila ng petisyon para sa pagbabago ng barrio sa isang bayan. Ang kilusan ay pinangunahan nina Benito Riel, Aurelio Villarico, Antonio Reyes, Teojenes Evalla, at Lucio Saavedra. Ayon sa mga matatandang residente, ang petisyon ay maaaring naaprubahan kung hindi dahil sa pagtutol ng ilang maimpluwensyang tao sa Daet. Pagkalipas ng ilang taon, isa pang petisyon ang ginawa, sa pagkakataong ito ay pinasimulan ng Union Obrero Makabayan, isang malakas na unyon ng manggagawa sa Mercedes, na pinamumunuan ni Gabriel Briola at tinulungan ni Eliseo Riel. Ang petisyon na ito ay ipinadala sa pamamagitan ng Kinatawan na si Froilan Pimentel, ang paboritong estadista ng bansa noon. Sa kasamaang-palad, ang petisyon ay hindi pinaboran. Dumating ang Ikalawang Digmaang Pandaigdig, at pagkatapos nito, ang paglaya. Ang Mercedes ay nanatiling isang barrio. Sa panahon ng termino ni Kongresista Eco, isang kilusan upang gawing bayan ang Mercedes ay muling pinasimulan. Sa pagkakataong ito, sa pamamagitan ng mga pagsisikap ni Kongresista Eco, ang isang batas na Republic Act No. 341 ay naipasa na ginagawang bayan ang Mercedes. Ang batas ay naaprubahan at nilagdaan ni Pangulong Elpidio Quirino, at ang Mercedes ay inagurahan bilang isang munisipalidad noong Agosto 8, 1948. Sina Alfredo de los Reyes at Agapito Zabala ay hinirang na Mayor at Vice Mayor, ayon sa pagkakasunod-sunod, at nagsimula silang maglingkod sa kanilang posisyon pagkatapos ng inagurasyon. Sa halalan noong 1950, si Gideon Reyes Evalla, isang dating guro, ang nanalo bilang Mayor, at si Onofre Sulit ang naging Vice Mayor. Ang iba pang mga opisyal ng munisipalidad noon ay sina Cipriano Villareal, Kalihim ng Munisipalidad; Atty. Generoso Obusan, Hukom ng Kapayapaan; Catalino Cajan, Tagapangasiwa ng Munisipalidad; Santiago Boral, Pangulo ng Pulisya; at Luisa Reyes, Postmaster.
Sa panahon ng pamamahala ng Espanyol, ang Mercedes ay walang kalsada na patungo sa Daet. Ang mga tao ay kailangang maglakad o sumakay sa mga hayop. Ang mga tao noon ay nagtayo ng isang makitid na landas. Nang dumating ang mga Amerikano, nagtayo sila ng isang halos kongkretong kalsada na sinasabing ang unang aspaltadong kalsada sa lalawigan. Ang pagpapabuti na ito sa transportasyon sa lupa ay nakatulong sa pag-unlad ng kalakalan at komersyo ng munisipalidad.
Ang mga tao sa Mercedes ay nagtatrabaho nang magkakasama. Ang simbahan ng Mercedes ay isang buhay na halimbawa ng pagkakaisa at kooperasyon ng mga naninirahan. Ang simbahan ay itinayo noong panahon ng Espanyol, at ito ay nakaligtas sa paglipas ng mga taon at sa mga elemento ng kalikasan. Ang konstruksiyon ng simbahan ay sinimulan noong unang bahagi ng pananakop ng Espanyol, nang maupo si Antonio Reyes sa posisyon bilang tenyente ng barrio. Hinanap niya ang tulong ng mga kilalang mamamayan, at ang kanyang kahilingan ay sinalubong ng sigasig. Kabilang sa mga tumulong ay ang mga mayayamang residente, isa sa kanila ay si Don Estanislao Moreno, isang Espanyol. Ang simbahan, nang maitayo, ay wala pang nakuhang imahen ng mga patron santo dahil ang lumang imahen ni San Antonio de Padua, na inaalagaan ni Doña Fermina Urbano, ay nanatili sa Catandunganon. Ito ay dinala lamang sa Barra o Mercedes noong Hunyo 05, ang unang araw ng nobena para sa malaking pista noon ng Hunyo 13, upang ibalik pagkatapos ng pista. Kaya upang magkaroon ng imahen para sa bagong tayong simbahan, ang mga kontribusyon ay muling hinanap, hanggang sa makakuha ng halaga ang 15 pamilya, ang mga unang nanirahan sa Mercedes. Ang halaga ay hindi sapat, kaya nagbigay si Tenyente Antonio Reyes ng karagdagang halagang P 300.00 at inatasan si Doña Agripina Pimentel na bumili ng isang malaking imahen ni San Antonio mula sa Lucban, Quezon na gagamitin sa prusisyon. Pagkatapos, ibinigay ni Doña Fermina Urbano ang orihinal na imahen sa simbahan, kaya nga may dalawang imahen ni San Antonio sa Mercedes hanggang ngayon.
Sa panahon ng pananakop ng Hapon, ang paglaban ng mga tao laban sa mga manlulupig ay pinamunuan ni Placido Buenvenuto, isang dating sarhento ng PC. Nang dumating ang mga Hapones sa Camarines Norte, ang mga tao sa Mercedes ay lumikas at nagtungo sa Manguisoc at Gaboc. Nang makita ng mga Hapones na walang tao sa Mercedes, sinundan nila ito ngunit hindi nakarating sa mga barrio dahil sa matinding paglaban ni Buenvenuto at ng kanyang mga tauhan. Gusto ng mga Hapones na makarating sa Manguisoc at Gaboc upang kunin ang isang tiyak na G. Aiton, isang sibilyang Amerikano na nagtatago doon. Nang paulit-ulit na matalo, naglunsad sila ng isang malawakang pag-atake gamit ang isang maliit na kanyon at mabibigat na armadong kawal. Nahuli ng mga Hapones si G. Aiton. Tumakas si Buenvenuto at ang kanyang mga tauhan patungo sa Siruma, at ang mga tao sa Mercedes ay napilitang bumalik sa bayan nang sunugin ng mga Hapones ang barrio.