Bioinformatics Lab
Faculty of Medicine, University of Tsukuba
筑波大学 医学医療系 バイオインフォマティクス研究室（尾崎研究室）のウェブサイトです。バイオインフォマティクス研究室は2018年6月に新設されました。
当研究室は、コンピューターと大規模データを通じて医学・生物学における課題を解決する「バイオインフォマティクス」を研究しています。バイオインフォマティクスの技術開発、バイオインフォマティクスの応用研究・共同研究、「バイオインフォマティクスをつくる」ことができるバイオインフォ・ネイティブの文化醸成に取り組んでいきます。
研究については Research を、大学院（社会人博士も）など当研究室に参加されたい方・見学希望の方はJoin usをご覧ください。
連絡先は Contact をご覧下さい。
News
2021/01/30 医学群医学類４年の鈴木守さんが Laboratory Automation月例勉強会 / 2021.01 にて「OpentronsとRaspberry piで実験自動化してみた」という講演をしました。
2020/12/02 東京大学理学系研究科の黒田研との共同研究論文 "Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity" が出版されました（プレスリリース「健常状態と肥満状態における肝臓での血糖制御ネットワークの変化は非常に広範に及ぶ」）。マウスの肝臓（健常状態と肥満状態）から取得した時系列のトランスクリプトーム、メタボロームデータを用いて推定した代謝制御ネットワーク、及び、その状態間での変化について報告した研究です。助教の土屋さんがトランスクリプトーム解析パイプライン整備とデータ解析面で貢献しました。
2020/10/03 尾崎が Laboratory Automation Developers Conference 2020 (LADEC2020) にて「NGSデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用」という講演をしました（発表スライド）。
2020/09/03 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）にて、助教の土屋さんと学部生の田原さんがそれぞれポスター賞を受賞しました。
[P-27] Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki. CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling.
[P-31] Saeko Tahara, Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki. ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列.
2020/09/01 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）にて当研究室のメンバーが発表いたします。
P-16 機械学習を用いたRNA安定性予測モデルの開発（大学院生の服部さん）
P-27 CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling （助教の土屋さん）
P-31 ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列. （学部生の田原さん）
H-2 Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets（尾崎）
2020/07/14 博士課程２年の服部恵美さんが研究科のRAに採用されました（筑波大学リサーチ・アシスタント制度（委嘱））。
2020/06/11 助教の土屋さんが Precision Medicine 2020年6月号 に日本語総説「集団ゲノムデータに基づくことによる遺伝子治療の展望」を寄稿しました。
2020/05/24 東京大 アイソトープ総合センターの秋光研との共同研究論文 "Stability of RNA sequences derived from the coronavirus genome in human cells" が出版されました（プレスリリース「コロナウイルスの遺伝情報に秘められた機能を解明」）。ウイルスゲノム由来配列の宿主細胞内での安定性をハイスループットに評価する手法 Fate-seq を提案し、バイオインフォマティクス解析を通じてRNA安定化配列の配列保存性や二次構造を明らかにしました。大学院生の服部さんと助教の土屋さんがデータ解析面で貢献しました。
2020/03/03 尾崎と理研の二階堂研との共同研究論文 "Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets" が出版されました（プレスリリース「見逃されていた細胞ごとのばらつきを可視化するソフトウェアを開発」）。胚性幹細胞やトリプルネガティブ乳がん細胞において転写単位やmRNAの非翻訳領域を明らかにしました。Rパッケージも公開されています。
2019/10/11 理化学研究所 生命医科学研究センター 柚木克之 上級研究員を招いてセミナーを開催しました。
2019/08/03 早稲田大学 浜田研究室 博士後期課程１年の細田至温さんを招いてセミナーを開催しました。
2019/06/28 東京大学 秋光研究室 川田健太郎 特任助教を招いてセミナーを開催しました。
2019/06/27 博士課程１年の服部恵美さんが研究科のリサーチアシスタントに採用されました（筑波大学リサーチ・アシスタント（委嘱）制度）。
2018/06/01 筑波大学医学医療系にバイオインフォマティクス研究室ができました。