Bioinformatics Lab
Faculty of Medicine, University of Tsukuba
News
2024-03-11 准教授の尾崎が、基礎生物学研究所で行われたTrans-scale組織学ワークショップにて「トランススケール組織学に役立つかもしれない空間遺伝子発現データ解析手法の開発」の演題で講演しました。
2024-03-07 大学院生の松澤亮輔さん（フロンティア医科学学位プログラム修士２年）が、石川県の北陸先端科学技術大学院大学にて行われた第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会にて「RNA tomographyによる空間遺伝子発現分布推定結果の評価方法の検討」の演題で口頭発表しました。
松澤 亮輔、尾崎 遼．RNA tomographyによる空間遺伝子発現分布推定結果の評価方法の検討」
2024-02-19 大学院生の松澤亮輔さん（フロンティア医科学学位プログラム修士２年）が学位プログラムの優秀発表賞を受賞しました。
令和5年度 フロンティア医科学学位プログラム 優秀発表賞 松澤亮輔「複数の1次元遺伝子発現空間分布から3次元遺伝子発現空間分布を再構成するソフトウェアの開発」（2024/03/25 授与）
2024-02-14 准教授の尾崎が東京日本橋にてAIロボット駆動科学研究会 にて「生命科学の実験自動化に向けたバイオインフォマティクスの取り組み」の演題で講演しました。
2024-01-06 定量生物学の会 第十一回年会にて、准教授の尾崎がポスター発表を行いました。
尾崎 遼, 田原 沙絵子「未計測ヒト転写因子ChIP-seqデータの包括的調査と潜在的影響」
2023/12/07-08 第46回日本分子生物学会年会にて、学部生の田原沙絵子さん（医学群医学類６年、新医学専攻）がポスター発表、准教授の尾崎がシンポジウムにて口頭発表を行いました。
田原 沙絵子, 尾崎 遼「未計測ヒト転写因子ChIP-seqデータの包括的調査と潜在的影響」（ポスター発表）
尾崎 遼「バイオインフォとロボットが拡張する分子生物学」（シンポジウム口頭発表）
2023/11/16 NGS EXPO 2023（大阪府大阪市）にて、大学院生の仮屋山さん（医学学位プログラム）が口頭発表、准教授の尾崎が教育講演を行いました。
仮屋山 博文, 尾崎 遼. 1細胞遺伝子発現計測データを活用した細胞表現型の種間比較.
尾崎 遼. シングルセルRNA-seqデータ解析のアップデート2023.
2023/11/07 筑波大学国際産学連携本部オープンイノベーション国際戦略機構により、酵母スポットアッセイ自動化研究の成果が技術シーズ紹介サービスFlintboxに掲載されました。
2023/10/27 修士２年の松澤亮輔さん（フロンティア医科学学位プログラム２年）がBio"Pack"athonで発表し、動画がYouTubeに公開されました。
Rパッケージ「tomoseqr」の開発とBioconductorへの登録 @ Bio”Pack”athon2023#10 https://youtu.be/IyH4MofpNtA
2023/10/13 学部生の田原沙絵子さん（医学群医学類６年、新医学専攻）、助教の土屋貴穂さんらのヒト転写因子結合配列の基盤データ「MOCCSプロファイル」に関する論文が BMC Genomics から出版されました。
ヒトの遺伝子発現を制御する転写因子が結合する塩基配列の基盤データ「MOCCSプロファイル」を新たに構築し、転写因子が細胞の種類ごとに特異的な結合配列を持つことを明らかにしました。また、これを応用し、遺伝的変異が転写因子のDNA結合に与える影響を評価する方法を確立しました。
Transcription factor-binding k-mer analysis clarifies the cell type dependency of binding specificities and cis-regulatory SNPs in humans https://doi.org/10.1186/s12864-023-09692-9
筑波大プレスリリース（日本語）転写因子が結合する塩基配列の新たな基盤データを構築
University of Tsukuba Press Release (English) New Data Representation of Nucleotide Sequences Transcription Factors Bind to
2023/10/09 生命情報科学若手の会 第15回年会（千葉県長生郡）にて、ポスター発表を行いました。
仮屋山 博文, 尾崎 遼. Investigation of potential divergence of cell type functions between human and mouse.
Yuya Arai, Haruka Ozaki. A dynamic scheduling method for autonomous maintenance of human iPS cells without human intervention.
田原 沙絵子, 尾崎 遼. 未計測ヒト転写因子ChIP-seqデータの包括的調査と潜在的影響.
2023/09/05 2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）（千葉県柏市）にて、研究員の早川慶紀さん、大学院生の仮屋山博文さん（医学学位プログラム）、長谷川寛直さん（医学学位プログラム）、新井さん（ヒューマニクス学位プログラム）にてポスター発表を行いました。
早川 慶紀, 尾崎 遼. Estimation and analysis of cell-cell interactions by axon guidance factors from single-cell RNA sequencing data.
仮屋山 博文, 尾崎 遼. Investigation of potential differences among cell types and diseases associated genes between humans and mice.
長谷川 寛直, 尾崎 遼. MultiODEGRfinder: a method to uncover overlooked differentially expressed gene regions (ODEGR) among multiple cell types from single-cell RNA-seq data.
新井 悠也, 尾崎 遼. ヒト iPS 細胞の自律的維持のための動的スケジューリング法の開発 A dynamic scheduling method for autonomous maintenance of human iPS cells without human intervention.
2023-07-24 フランスで行われたバイオインフォマティクスの国際会議 ISMB/ECCB 2023 にて、研究員の早川慶紀さん、大学院生の仮屋山博文さん（医学学位プログラム）がポスター発表を行いました。
Yoshinori Hayakawa, Haruka Ozaki. Estimation and Analysis of Cell-Cell Interactions by Axon Guidance Factors from Single-Cell RNA Sequencing Data.
Hirofumi Kariyayama, Haruka Ozaki. Investigation of potential divergence of cell type functions between human and mouse.
2023/05/18 カナダで行われたバイオインフォマティクスの国際会議 GLBIO2023 にて、学部生の田原沙絵子さん（医学群医学類６年、新医学専攻）がポスター発表を行いました
Saeko Tahara, Haruka Ozaki. "Potential impact of unmeasured transcription factor ChIP-seq data on human omics studies"
2023/05/25 ベルギーで行われた実験自動化の国際会議 SLAS Europe 2023 にて、尾崎、大学院生の新井悠也さん（ヒューマニクス学位プログラム１年）、共同研究者の野口大貴さん（理科化学研究所）がポスター発表を行いました。
Yuya Arai, Haruka Ozaki. "A dynamic scheduling method for autonomous maintenance of human iPS cells without human intervention"
Haruka Ozaki, Koki Tachibana. "ot2eye: Detection of labware conditions to monitor and extend affordable liquid-handling robots"
Hiroki Noguchi, Mamoru Suzuki, Akio Tachibana, AI Robot-Driven Biology Education Team, Koichi Takahashi, Haruka Ozaki. "A Minimal Open-Access Platform for Laboratory Automation Training"
2023/05/01 名古屋大学大学院工学研究科修士２年の稲垣貴士さん、理研BDRのバイオコンピューティング研究チームの神田元紀さんらと、大規模言語モデルによって自動分注ロボット OT-2を操作するPythonスクリプトを簡単な自然言語による指示から生成できることを示した研究を arXiv に投稿しました。
LLMs can generate robotic scripts from goal-oriented instructions in biological laboratory automation https://arxiv.org/abs/2304.10267
2023/04/13 筑波大学医学医療系分子細胞生物学研究室（入江研究室）・グローバル教育院ヒューマニクス学位プログラムの大学院生の田口さんらと取り組んだ、出芽酵母のスポットアッセイ実験の自動化手法についての論文が SLAS Technologyから出版されました。
”Automation of yeast spot assays using an affordable liquid handling robot” 10.1016/j.slast.2022.12.001
筑波大プレスリリース（日本語）シンプルな液体分注ロボットで酵母の増殖能評価実験の自動化を実現
英語 Simple Liquid-Dispensing Robot Automates Experiments to Evaluate Yeast Growth Potential
2022/12/10 2022年12月15日の日本人類遺伝学会第67回大会にて口頭発表をします！
田原沙絵子, ⼟屋貴穂, 松本拡高, 尾崎遼「大規模ChIP-seqデータで解明する転写因子認識配列に重なるSNPの転写因子結合影響予測とその細胞型依存性」(Predicting SNPs' effects on transcriptional factor binding and cell-type specificity using a crowd of ChIP-seq data), 2022-12-15, パシフィコ横浜, 神奈川
2022/12/10 2022年12月7日に尾崎がNGS発生生物学現場の会2022にて、招待講演を行いました。
2022/10/05 学部生の田原沙絵子さんがトーゴーの日シンポジウム2022において、ヒト転写因子認識配列の多様性データベース『MOCCS-DB』についてポスター発表を行いました！
田原沙絵子, ⼟屋貴穂, 松澤亮輔, 尾崎遼「MOCCS-DB: ヒト転写因子認識配列の多様性データベース」
2022/09/30 １細胞空間トランスクリプトームデータから、「周りにどんな細胞がいるか」が細胞の遺伝子発現に与える影響を推定する手法の論文が、Bioinformatics誌から出版されました。助教の土屋さんが進めてきた仕事です。大学院生の堀さんも手伝ってくれました。
2022/09/15 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)にて、弊研究室の学部生の新井悠也さんが 『SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation』の演題で優秀口頭発表賞を受賞しました！ Link1 Link2
2022/09/12 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)にて、弊研究室から５件の発表があります。
【１日目（9/13） 15:46~ O2（501-503）】
[O2-3] 田原沙絵子『MOCCSプロファイルで明らかにする、転写因子認識配列の細胞型特異性とヒト一塩基多型が 転写因子結合へ与える影響』
【１日目（9/13）16:30〜18:00 ポスター発表（千里ルーム）】
[P-15] 松澤亮輔『複数の1次元遺伝子発現空間分布から3次元遺伝子発現空間分布を再構成するツールの開発』
[P-67] 仮屋山博文『円口類ゲノムを利用したドメインシャッフリングによって獲得された新規遺伝子の探索』
[P-119] 高木勇海『敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ配列の設計』
【２日目（9/15） 10:30~ O7（サイエンスホール）】
[O7-1] 新井悠也 『SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation』
【２日目（9/13）16:30〜18:00 ポスター発表 千里ルーム】
[P-22] 早川『scAG – a method for scRNAseq analysis of axon guidance factors』
2022/07/21 筑波大学医学医療系分子細胞生物学研究室（入江研究室）・グローバル教育院ヒューマニクス学位プログラムの大学院生の田口さんらと取り組んだ、出芽酵母のスポットアッセイ実験のお手頃な自動化手法についてのプレプリントがbioRxivから公開されました。
2022/06/28 理研の二階堂研の芳村さんらと開発してきた完全長型scRNA-seqの自動データ解析ワークフローramdaqを元にしたデータ解析受託サービスがスタートしました。
2022/05/14 筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室の吉原雅大助教らとの共著論文 "Identifying potential regulators of JAGGED1 expression in portal mesenchymal cells" がBMC Research Notesから公開されました。弊研究室からは助教の土屋さん、学部生（医学類５年）の田原さん、尾崎が参加し、特に土屋さんが解析の方向性や手法の検討において貢献しました。
2022/04/23 メンバーページを更新しました。
2022/04/22 学部生の高木さん（医学類５年）、田原さん（医学類５年）、阪中さん（医学類４年）が、学内の研究室演習活動報告会にて、研究発表を行いました。
2022/04/20 修士課程学生の松澤さん（フロンティア医科学学位プログラム）の開発したRパッケージ tomoseqr が、国際的な生命科学向けRパッケージレポジトリである BioConductor に集録されました。
2022/04/10 学部生の田原さん（医学類５年）、助教の土屋さんのプレプリント論文 MOCCS profile analysis clarifies the cell type dependency of transcription factor-binding sequences and cis-regulatory SNPs in humans を bioRxiv に公開しました。この論文では、ChIP-seqデータから転写因子認識配列を抽出する情報解析手法 MOCCS を大規模なヒトChIP-seqデータセットに適用し、転写因子の結合しやすさを表すMOCCSプロファイルを計算し、細胞型依存的な転写因子認識配列の違いを発見しました。さらに、一塩基変異の転写因子結合への影響を評価する手法を開発し、疾患関連SNPがどのような細胞型でどのような転写因子の結合に影響するかを予測しました。
2022/03/25 当研究室の博士課程学生の鈴木 沙耶香さん（ヒューマンバイオロジー学位プログラム）が博士課程を修了し、博士号を取得しました！ 当研究室で初めての博士誕生です！
2022/03/22 当研究室の博士課程学生の鈴木 沙耶香さん（ヒューマンバイオロジー学位プログラム）、仮屋山 博文さん（医学学位プログラム１年）がJST次世代研究者挑戦的研究プログラムの研究発表会（つくば国際会議場）にてポスター発表をしました。
2022/01/14 助教の土屋さんのプレプリント論文 CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells を bioRxiv に公開しました。この論文では、１細胞空間トランスクリプトームデータから、遺伝子発現に対する細胞間相互作用を抽出する情報解析手法 CCPLS を提案しています。
2021/12/15 研究自動化にまつわる学会 Laboratory Automation Developers Conference 2021 (LADEC2021) で尾崎が講演いたします。
2021/12/10 当研究室でバイオインフォマティクスの研究員の募集を開始しました。
2021/12/03 尾崎が令和3年度筑波大学若手研究奨励賞を受賞しました。
2021/11/27 当研究室の大学院生の鈴木沙耶香さん、仮屋山博文さんがJST次世代研究者挑戦的研究プログラムに採択されました。
2021/11/18 「バイオDXの最前線」（2021/11/21-22） にて、助教の土屋さんと、副メンターをしている大学院生 田口さんが、１日目にポスター発表します。また、尾崎が２日目に招待講演をします。
24 土屋貴穂「CCPLS reveals cell-type specific spatial dependence of transcriptome in single cells」
28 田口将大「自動分注機OT-2を用いた酵母のスポットアッセイの自動化」
2021/09/29 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）にて当研究室助教の土屋さんが優秀ポスター賞を受賞しました。
[P-44] Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki. "Cell-Cell PLS regression analysis reveals cell-type specific spatial dependency of transcriptome in single cells"
2021/09/07 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）にて当研究室のメンバーが発表いたします。
[口頭発表] k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human（学類生の田原さん）
[ポスター] Cell-Cell PLS regression analysis reveals cell-type specific spatial dependency of transcriptome in single cells（助教の土屋さん）
[ポスター] 敵対的生成ネットワークを用いた転写因子結合配列の生成 (学類生の高木さん)
[企画セッション バイオDX] 「ドライとウェットの研究自動化のため研究開発」（尾崎）
2021/09/05 "Cell-to-cell interaction analysis of prognostic ligand-receptor pairs in human pancreatic ductal adenocarcinoma" が出版されました。コホートレベルのRNA-seqに基づく生存時間解析と１細胞RNA-seqデータに基づく細胞間相互作用解析を組み合わせ、膵管腺癌の予後に関連するリガンド-受容体ペアを探索しました。大学院生の鈴木沙耶香さんが筆頭著者です。筑波大 医学医療系 解剖学発生学研究室の久野朗広助教との共同研究です。
2021/07/27 "Integrated analysis of glycan and RNA in single cells" が出版されました（プレスリリース「個々の細胞の糖鎖をプロファイリングする技術を開発 －創薬や再生医療に貢献する１細胞解析技術－」）。単一細胞から細胞表面の複数の糖鎖と細胞内RNAの情報を同時に取得する世界初の技術 scGR-seq を報告した論文です。産総研 細胞分子工学研究部門 多細胞システム制御研究グループ（舘野 研究グループ長）との共同研究で、尾崎がデータ解析を担当しました。
2021/06/25 "Optimal Scheduling for Laboratory Automation of Life Science Experiments with Time Constraints" が出版されました（プレスリリース「生命科学実験の効率的な自動化を実現するスケジューリング手法を開発」）。多種類のロボット・機器を連携させて生命科学実験を自動化する際の最適スケジューリング手法を開発しました。理研BDRバイオコンピューティング研究チーム（高橋TL）との共同研究です。
2021/01/30 医学群医学類４年の鈴木守さんが Laboratory Automation月例勉強会 / 2021.01 にて「OpentronsとRaspberry piで実験自動化してみた」という講演をしました。
2020/12/02 東京大学理学系研究科の黒田研との共同研究論文 "Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity" が出版されました（プレスリリース「健常状態と肥満状態における肝臓での血糖制御ネットワークの変化は非常に広範に及ぶ」）。マウスの肝臓（健常状態と肥満状態）から取得した時系列のトランスクリプトーム、メタボロームデータを用いて推定した代謝制御ネットワーク、及び、その状態間での変化について報告した研究です。助教の土屋さんがトランスクリプトーム解析パイプライン整備とデータ解析面で貢献しました。
2020/10/03 尾崎が Laboratory Automation Developers Conference 2020 (LADEC2020) にて「NGSデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用」という講演をしました（発表スライド）。
2020/09/03 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）にて、助教の土屋さんと学部生の田原さんがそれぞれポスター賞を受賞しました。
[P-27] Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki. CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling.
[P-31] Saeko Tahara, Takaho Tsuchiya and Haruka Ozaki. ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列.
2020/09/01 2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 第9回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2020）にて当研究室のメンバーが発表いたします。
P-16 機械学習を用いたRNA安定性予測モデルの開発（大学院生の服部さん）
P-27 CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling （助教の土屋さん）
P-31 ChIP-seqデータベースの大規模解析で解明する細胞型ごとに多彩な転写因子認識配列. （学部生の田原さん）
H-2 Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets（尾崎）
2020/07/14 博士課程２年の服部恵美さんが研究科のRAに採用されました（筑波大学リサーチ・アシスタント制度（委嘱））。
2020/06/11 助教の土屋さんが Precision Medicine 2020年6月号 に日本語総説「集団ゲノムデータに基づくことによる遺伝子治療の展望」を寄稿しました。
2020/05/24 東京大 アイソトープ総合センターの秋光研との共同研究論文 "Stability of RNA sequences derived from the coronavirus genome in human cells" が出版されました（プレスリリース「コロナウイルスの遺伝情報に秘められた機能を解明」）。ウイルスゲノム由来配列の宿主細胞内での安定性をハイスループットに評価する手法 Fate-seq を提案し、バイオインフォマティクス解析を通じてRNA安定化配列の配列保存性や二次構造を明らかにしました。大学院生の服部さんと助教の土屋さんがデータ解析面で貢献しました。
2020/03/03 尾崎と理研の二階堂研との共同研究論文 "Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets" が出版されました（プレスリリース「見逃されていた細胞ごとのばらつきを可視化するソフトウェアを開発」）。胚性幹細胞やトリプルネガティブ乳がん細胞において転写単位やmRNAの非翻訳領域を明らかにしました。Rパッケージも公開されています。
2019/10/11 理化学研究所 生命医科学研究センター 柚木克之 上級研究員を招いてセミナーを開催しました。
2019/08/03 早稲田大学 浜田研究室 博士後期課程１年の細田至温さんを招いてセミナーを開催しました。
2019/06/28 東京大学 秋光研究室 川田健太郎 特任助教を招いてセミナーを開催しました。
2019/06/27 博士課程１年の服部恵美さんが研究科のリサーチアシスタントに採用されました（筑波大学リサーチ・アシスタント（委嘱）制度）。
2018/06/01 筑波大学医学医療系にバイオインフォマティクス研究室ができました。