Nachdem der Schneeberg mit Beginn des Jahres 1471 „fündig" geworden war, strömten hauptsächlich aus Sachsen und Franken viele Menschen herbei, angelockt durch den Ruf von der reichen Fülle des Bergsegens, und bald entwickelte sich ein reges bergmännisches Leben und Treiben. Schnell wurde die damals bewaldete Höhe abgeholzt, in der Nähe der einzelnen Gruben erhoben sich die für den Bergbau notwendigen Gebäude und einfache, roh gezimmerte Wohnhäuser, ohne einheitlichen Plan und bestimmte Regel, denn die bunt zusammengewürfelten Schaaren dachten anfangs noch nicht daran, sich zu einem städtischen Gemeinwesen zusammenzuschließen.
Aber bald zeigten sich Spuren von veränderter Gesinnung. Während die Bewohner des Schneeberges bis zum Jahre 1474 die Kirche im nahen Neustädtel besuchten und ihre Toten auf dem dortigen Gottesacker begruben, errichteten sie in den nächsten Jahren einige hölzerne Kapellen und begannen im Jahre 1477 den Bau der steinernen St. Wolfgangskirche, welchen sie im nächsten Jahre vollendeten. Somit hatten sie sich einen Mittelpunkt ihres kirchlichen Lebens geschaffen, an dessen Erhaltung alle ein Interesse hatten. Die Kosten für diese Bauten wurden in der Weise aufgebracht, dass man jedes mal bei Austeilung der Ausbeute eine Büchse aufstellte und die einzelnen Gewerke zu einem Almosen aufforderte, welches bei dem damals reichlich fließenden Bergsegen nicht unbedeutend sein mochte. Zur Ausübung der priesterlichen Funktionen in den erwähnten Gotteshäusern hatte der Bischof von Naumburg einige Priester geschickt, da der neu entstehende Ort in seinen Sprengel gehörte, und er die geistliche Jurisdiktion für sich in Anspruch nahm. Ihre Besoldung wurde ebenfalls auf oben angegebene Weise beschafft. Schon im Jahre 1479 erhielt der Schneeberg von den beiden Landesfürsten Ernst und Albrecht die erste Ordnung, durch welche ein förmliches Stadtgericht mit Richtern und Schöppen eingesetzt wurde. Zur Bestätigung des Stadtrechtes folgte dann 1481 am Sonntage post Conceptionis Mariae der sogenannte Freiheitsbrief.
Der Errichtung einer Schule wird weder in diesem Briefe gedacht, noch besitzen wir überhaupt darauf bezügliche Nachrichten; deshalb lässt sich die Zeit ihrer Gründung nur annähernd bestimmen. Es ist kein Zweifel, dass man, nachdem sich eine Stadtgemeinde gebildet, auch bald an die Errichtung einer Schule dachte. Albinus und Melzer nennen als ersten Schulmeister [Moderator, Rektor] Stephan Fleck, welcher im Jahre 1494 sein Amt mit dem eines Gegenschreibers vertauschte. Dagegen berichtet Trommler, dass in einer alten Kirchenrechnung als erster Schulmeister und Vorgänger Flecks Johannes Faber genannt und gleichzeitig der Baccalaurei oder Hypodidascali Erwähnung getan werde. Demnach fällt die Errichtung der Schule etwa in die Jahre 1481-1490. Aus der von Trommler überlieferten Notiz geht hervor, dass schon damals der Schulmeister seine "Gesellen" hatte, während von beiden Chronisten, Kantor und Baccalaureus etwa erst um das Jahr 1520 erwähnt werden. Die Anstellung des Schulmeisters fand in der Weise statt, dass der Rath mit einem Manne, dem er die nötigen Kenntnisse zutraute und der einen anständigen Lebenswandel führte, auf ein oder mehrere Jahre einen Kontrakt abschloss, durch welchen derselbe sich verpflichtete, gegen ein gewisses Schulgeld (pretium) und einige Accidenzien, die der Gesang bei den zahlreichen Kirchenfesten und Gottesdiensten 6) einbrachte, Schule zu halten. War der Kontrakt abgelaufen, so wurde er entweder erneuert, oder, wie es meistenteils geschah, es wurde ein anderer Schulmeister angestellt. Wie es scheint, verlängerte man die Anstellungszeit später auf sechs Jahre und seit 1590 auf Lebenslänge. Was die übrigen Lehrer betrifft, so wurden sie von dem Schulmeister auf eine bestimmte Zeit mietweise angenommen, weshalb sie auch den Namen locati führten. Jedenfalls verrichtete der Schulmeister anfangs auch die Funktionen des Kantors und leitete die Kurrende, welche Singumgänge in der Stadt hielt und dabei Geld sammelte, wodurch sie einen wesentlichen Beitrag zur Schulmeisterbesoldung und zur Sustentation armer Schüler lieferte.
Das erste Schulgebäude stand auf der Südseite der großen Kirche an der Stelle, an welcher jetzt die Diakonus-Wohnung sich befindet; es war äußerst einfach, wie es eben in den ersten Zeiten der Stadt erbaut worden sein mochte. Leider fehlen uns über die Anfänge des hiesigen Schullebens alle Nachrichten. Von den ersten Schulmeistern kennen wir nicht viel mehr als die Namen. Etwas Latein, Lesen, Schreiben, Rechnen und eine gewisse Fertigkeit im Singen war jedenfalls alles, was ohne festen Plan und bestimmte Methode gelehrt wurde. Günstiger gestalteten sich die Verhältnisse der Schule beim Beginne des 16. Jahrhunderts, wo die Zahl ihrer Besucher in stetem Wachsen begriffen war. Damals lebte in Schneeberg der Zehendner Mag. Matthias Meiner, ein mit dem berühmten Philologen Petrus Mosellanus befreundeter, feingebildeter Mann. Derselbe interessierte sich in hohem Grade für die Schule und unterstützte sie in der opferfreudigsten Weise. Wie eifrig auch der Stadtrat für das Wohl der Schule und der an ihr wirkenden Lehrer bemüht war, bezeugt ein Schriftstück aus dem Jahre 1519, aus welchem hervorgeht, dass damals ein fremder Baccalaureus nach Schneeberg gekommen war und Privatunterricht erteilte. Da er dadurch der Schule Abbruch tat und die Lehrer in ihrem Gehalte benachteiligte, so beschwerten sich Richter und Schöppen bei den Landesfürsten, deren Räte dann bestimmten, dass der fremde Baccalaureus nicht mehr denn sechs Knaben unterrichten dürfe.
Die Reformation, welche den Wendepunkt nicht nur in der religiös-kirchlichen, sondern auch in der geistig-sittlichen Gesamtentwicklung der abendländischen Christenheit bezeichnet, bewirkte auch in dem Schulwesen eine vollständige Umwandlung. In ihr wurzeln die Anfänge des deutsch-evangelischen Schulwesens, von ihr erhielt es seine Anregung, seine kräftigste Förderung. Die Prinzipien der Reformation drängen ihrem innersten Wesen nach auf die Pflege der Erziehung und des Unterrichts: "Der Kirchenreformation musste die Schulreformation folgen." Im Erzgebirge fand die Reformation sehr leicht Eingang. Dass hier schon früher der Geist der Opposition gegen den Ablasshandel sich geregt hatte, beweist die Erzählung Meltzers von einem Schneeberger Bergmanne, der dem Ablasskrämer mit Reden so zusetzte, dass dieser ausrief: "Heute Ablass feil gehabt und die Römische Gnade verpartieret und, ob Gott will, mein Lebelang nimmer mehr". Schon im Jahre 1518 wurde in der St. Annenkapelle das Evangelium nach Luthers Leire und Weise verkündet. Die Bergleute hielten sich auf ihre Kosten ihren eigenen evangelischen Geistlichen, der ihnen an jedem Sonntage mit Widerlegung der papistischen Irrtümer vom Verdienste Christi und dem seligmachenden Glauben predigen musste. 1519-1521 predigte der mit Luther eng befreundete und von ihm hochgeschätzte Mag. Nicolaus Hausmann in Schneeberg das Evangelium. Um dem lauteren Worte Gottes eine würdige Stätte zu bereiten, förderte man nach Kräften den im Jahre 1516 begonnenen Bau der großen Kirche, welche noch heute die schönste Zierde Schneebergs bildet, und führte denselben lediglich aus eigenen Mitteln im Jahre 1540 zu Ende. Man kehrte sich nicht mehr an das Verbot. Freitags Fleisch zu essen, und der Schulmeister Thomas Pöpel, ein gottesfürchtiger, verständiger, fleißiger Mann, war der erste, der dasselbe überschritt; dem Pfarrer Mülfer gestattete man, sich zu verheiraten. Freilich zog man sich durch all diese Neuerungen den Zorn des Herzogs Georg an, welcher den Pfarrer absetzte und in seinen Reskripten an die Schneeberger die Anrede "Liebe Getreue" wegließ. Auf der andern Seite erregten die maßlosen Ausschreitungen der Anhänger Carlstadts, besonders des Pfarrers Georg Amandus Missfallen unter der Bürgerschaft, se dass in Folge der dadurch entstehenden Differenzen im Jahre 1522 der Schulmeister Thomas Pöpel mit dem Cantor Melchior Neumann und dem Baccalaureus Erasmus Forberger nach Joachimsthal ging und den Haspel zog, d.h. Bergknappendienste verrichtete, um leben zu können. So stand denn die Schule eine Zeit lang verwaist da. Im Jahre 1524 erschien Luthers Schrift an die Ratsherrn aller Städte Deutschlands, dass sin christlichen Schulen aufrichten und halten sollen. Zweierlei ist es hauptsächlich, was Luther in dieser von seiner treuen Fürsorge für die Jugend zeugenden Schrift hervorhob, einmal der Nutzen der alten Sprachen, um die evangelische Wahrheit aus lauterer, ungetrübter Quelle schöpfen zu können, sodann die Anschaffung von "guten Libereien". Im Jahre 1525 folgte Melanchthons "Visitationstüchlein" in welchen er einen ausführlichen, vom Kurfürsten sanktionierten Schulplan gab, an dem jedenfalls auch Luther seinen Anteil hatte. Dieser unter dem Namen "Kursächsische Schulordnung" bekannte Lehrplan war von umfassendstem und durchgreifendstem Einfluss auf die Gestaltung des Schulwesens besonders im nördlichen Deutschland.
Nach demselben soll der Schulmeister die Kinder nur lateinisch, "nicht deudsch oder grekisch oder ebreisch, wie ethliche bisher gethan", Lehren und die in drei Haufen teilen. Die Schüler des ersten Haufens lernen Lesen, das Vater unser, den Glauben, üben sich im Donat und Cato, im Schreiben und Musik; die des zweiten Haufens lernen Grammatik, den lateinischen Aesop, Terenz, einzelnes von Plautus; besonders ist mit ihnen Etymologie, Syntax und Prosodie zu üben. Ein Tag der Woche ist für Religion und Schrifterklärung bestimmt. Aus den Geschicktesten soll man den dritten Haufen bilden, der mit Virgil, Ovids Metamorphosen, Ciceros Offizien und Briefen, Grammatik und Metrik, endlich mit Dialektik und Rhetorik sich beschäftigt. Wir sehen also, dass an einigen Schulen schon früher Unterricht in der griechischen und hebräischen Sprache erteilt wurde, deren Studium damals im Aufblühen begriffen war. In Zwickau hatte im Jahre 1519 Georg Agricola eine griechische Schule errichtet, welche solche Aufmerksamkeit erregte, dass selbst Doktoren und Magistri sie als Schüler besuchten. Von dort kam etwa im Jahre 1525 der nachmals so berühmte Theologe Hieronymus Weller von Molsdorf als Rektor nach Schneeberg, und es liegt die Vermutung nahe, dass er den Unterricht in der griechischen Sprache an der Schule einführte, wenn sich auch nicht annehmen lässt, dass derselbe jetzt schon seinen Platz dauernd behauptete. Denn es war nichts seltenes in jener Zeit, dass ein Lehrer aus individueller Neigung einen Unterrichtsgegenstand einführte, der vielleicht schon von seinem Nachfolger wieder verbannt wurde. Ebenso mochte es sich mit dem Hebräischen verhalten, welches ohne Zweifel der schon oben erwähnte Baccalaureus Erasmus Forberger lehrte, denn er wird von den Chronisten ein "guter Ebraeus" genannt. Jedenfalls war also der Unterricht in beiden Sprachen damals nur ein sporadischer.
Bedeutungsvoll für die Schneeberger Schule wurde das Jahr 1534. Im Anfange desselben erschienen nämlich in Schneeberg die Visitatoren Christoph von der Planitz, Hauptmann zu Voigtsberg und Plauen, Erasmus Spiegel von Grünau, Joseph Levin Metzsch aus Mylau, Georg Spalatinus, Kurfürstlicher Hofprediger und Pfarrer zu Altenburg und Johann Reimann, Pfarrer zu Weida, um das Kirchen- und Schulwesen einer Revision zu unterwerfen.
Das Rektorat verwaltete damals Ambrosius Franz. In Betreff der Schule bestimmten die Visitatoren u.A.: "Man soll auch zu Verhütung allerley Unrichtigkeit hinfür nicht mehr denn eine gute deutsche Schule für die Knaben, vnd die andere für die Mägdlein dulden, auff dass die Knaben desto bass bey der lateinischen Schule und Sprachen bleiben mügen." Dass der im Jahre 1528 erschienene Schulplan auch hier zur Grundlage des Unterrichtes gemacht wurde, ist außer Zweifel. Wie überall, so ließen es sich auch in Schneeberg die Visitatoren angelegen sein, eine bessere ökonomische Stellung der Lehrer zu erzielen, und ihre Bemühungen waren nicht erfolglos. Während die Einkünfte der Lehrer, wie wir oben sahen, bis dahin nur im Schulgelde und einigen Akzidenzien bestanden, wurde ihre Besoldung jetzt fixiert. Der Schulmeister erhielt jährlich 40 fl, der Baccalaureus 30 fl, der Kantor 16 fl und Kostgeld. Daneben kamen ihnen die Akzidenzien nach wie vor zu Gute, vielleicht erhielten sie auch schon jetzt ein bestimmtes Quantum Holz. Diese Besoldungen sowie auch die der Geistlichen wurden aus dem sogenannten gemeinen Kasten genommen, einer Kasse, zu welcher schon in den ersten Zeiten der Stadt der Grund gelegt worden war, und deren Verhältnisse ebenfalls von den Visitatoren geordnet wurden. Auch mag man damals die Schülerkasse errichtet haben, in welche außer den Einkünften des Schülerchores durch die wöchentlichen Singumgänge in der Stadt und durch den Gesang am Neujahr- und Gregorius-Feste und bei sonstigen Gelegenheiten alle milden Stiftungen und Legate flossen, deren nicht wenige in der Folgezeit der Schule und ihren Lehrern vermacht wurden. Von den Zinsen dieser Kasse wurden teilweise die armen Schüler erhalten, teilweise auch Besoldungen ausgezahlt.
Für die innere Reorganisation der Schule war schon zwei Jahre zuvor durch die Berufung von Johannes Rivius zum Rektorate in Schneeberg gesorgt worden. Dieser um die Einrichtung des sächsischen Gelehrtenschulwesens hochverdiente Gelehrte hielt sich damals mit einigen seiner Schüler in Marienberg auf, wo er, da gerade keine Lehrstelle an der Schule für ihn offen war, Privatunterricht erteilte. Der Wittenberger Professor Dr. Caspar Cruciger nahm ihn von dort im Herbste 1535 mit nach Schneeberg und empfahl ihn dem Berghauptmann Hans von Weißenbach und dem Rate so nachdrücklich, dass sie ihn unter Versprechung einer ansehnlichen Besoldung und verschiedener anderer Vorteile zum Rektor wählten. Leider haben wir über seine Wirksamkeit hier keine Nachrichten; dass sie für die Schule von der höchsten Bedeutung war, wie an allen Orten, denen er seine Dienste widmete, ist außer allem Zweifel. Jedenfalls war er es, der den griechischen Unterricht in der Schule einbürgerte. Unter ihm legte der berühmte Caspar Eberhard, welcher in der Mitte des nächsten Jahrzehntes als Baccalaureus an der Schule wirkte, den Grund für die umfassende Kenntnis der griechischen Sprache, welche es ihm ermöglichte, später mit seinen Schülern in Joachimsthal und Gottesgab den Ajax des Sophokles und die Nubes des Aristophanes in der Ursprache aufzuführen. Mit Rivius begann für die Schule eine Periode stetig fortschreitender Entwickelung und fröhlichen Wachstums. Eine ganze Reihe der besten Namen, deren Träger in den nächsten Jahrzehnten an der Schule tätig waren, bezeugt dies. Als Rivius 1537 von Herzog Heinrich nach Freiberg berufen wurde, folgte ihm im Rektorate Hieronymus Nopus, ein ausgezeichneter Interpret griechischer Dichter. Nach dessen Abgange 1540 schickte Rivius seinen Freund und Schüler Matthias Marcus Dabercusius von Freiberg nach Schneeberg zurück, ut praesentia quidem Rivii abesart, sed ratio institutionis et disciplinae eadem maneret atque hoc modo lenivit illis sui desiderium. Dabercusius war einer der Wiederhersteller der Wissenschaften in Sachsen und ein ausgezeichneter Philologe. Albinus rechnet ihn unter die gelehrtesten und namhaftesten Männer, die der Jugend löblich gedient und trefflichen Nutzen geschafft haben. Unter seinem Rektorate wurde 1541 ein zweiter Baccalaureus angestellt, sodass also nun vier Lehrer an der Schule wirkten und die Vermuthung nahe liegt, dass man eine vierte Klasse errichtete. Keinen von den erwähnten bedeutenden Schulmännern vermochte, wie wir sehen, Schneeberg dauernd zu fesseln; erst Dabercusius. Nachfolger Mag. Christoph Baldauff, der später so berühmte Rektor von Schulpforta, hielt eine längere Reihe von Jahren (1543-1555) in seinem Amte tapfer aus. Er führte 1554 in Schneeberg die Promotion ein "dazu die führnehmen Leuthe alhie geladen werden, do der Schulmeister oder ein ander Erstlich ein Oration helt hernach den Jenigen knaben, so dasselbe Jhar vber wol studiret vnnd fortgesetzt worden, Schöne krentze aussgeteilet vnnd zu gleichen vund mehren fleis angereitzet, vnnd durch den pfarherr vnd Schulmeister auch mündtlich Vermahnet werden, vand Ihr voriger fleis gepreiset wirdt, Dorinnen die Erbarn Gerichte an den Unkosten sich nicht erwinden lassen". Jedenfalls rühren von ihm auch die anderen Einrichtungen in der Schule her, welche Albinus an derselben Stelle erwähnt. Die leges scholasticae waren öffentlich angeschlagen und wurden von Zeit zu Zeit vorgelesen und erklärt. Ausser den täglichen Repetitionsstunden wurde jeden Freitag eine "Censura" gehalten, bei welcher die Schüler über das in der ganzen Woche Gelernte Rechenschaft ablegen mussten. Die Examina waren halbjährig und öffentlich. Auch der Aufführung deutscher und lateinischer Schulkomödien gedenkt Albinus. Das stetig wachsende Ansehen der Schule zog bald viele fremde Schüler herbei, welche für die "öffentliche Information" kein Schulgeld zu bezahlen brauchten. Für die armen Schüler wurde sowohl vom Rate als auch von den Bürgern treulich gesorgt. Sie erhielten unentgeltlich Bücher, Kleider und Beköstigung und wohnten teils bei den Bürgern, teils in dem Gebäude, in welches die Schule im Jahre 1564 verlegt worden war.
Der Schülercötus war nämlich so stark geworden, dass das bisher benutzte Gebäude nicht mehr ausreichte. Der Rat wandte sich deshalb an den Kurfürsten August, und dieser, ein eifriger Förderer der Schulen, schenkte der Stadt das sogenannte Fürstenhaus, welches ehemals von den Fundgrübnern an Kurfürst Johann Friedrich verkauft und auf dessen Befehl im Jahre 1535 umgebaut worden war. Auf Kurfürstlichen Befehl wurden zwei Priesterhäuser für 120 und 100 fl verkauft und von diesem Gelde 184 fl 4 Pf zur neuen Einrichtung der Schule verwendet. Die Einweihung fand 1564 am Tage Viti im Beisein des Rats und der Geistlichkeit unter Instrumental- und Vokalmusik und mit feierlicher Ansprache an die Schüler statt. An der Schule wirkten damals als Rektor Paul Obermeier, ein tüchtiger Philologe und Schulmann, als Kantor Matthias Weißmann, als erster Baccalaureus Johann Hart, welcher 1478 der erste Konrektor in Schneeberg wurde, als zweiter Baccalaureus Johannes Beck. Der Schülercötus belief sich auf 330 Köpfe. Über dem Eingang zur Schule stand folgendes Epigramm von Obermeier:
Saxoniae dux Augustus Septemvir in Aula
Hospitium Musas jussit habere suas.
Huc ades ingeniose puer, studioque fideli
Discite literulas cum pietate bonas.
Hoc deus, hoc genitor tuus, hoc Respublica suadet,
Augusti pietas postulat ipsa Ducis.
Meltzer beschreibt das Haus, in welchem auch der Rektor seine Wohnung hatte, folgendermaßen: "Sonsten hat solches Hauss uff jeder Seite unterm Dach gehabt zween Ercker, so stattlich und reinlich ausgetäfelt gewesen; item, feine Gemächer wie Cellen in Klöstern gegen den Gleessberg zu, nebst einem stattlichen Saal, in gleichen unten starke Gewölber. Vor der Thür aber ist uff freyen Platz gestanden ein Röhrkasten, neben welchen ein grosser Gang hinauff von der Halden uff das Hauss gegangen, dass man keine Treppen steigen dürffen." Es stand da, wo sich jetzt die königliche Kaserne befindet. In das frühere Schulhaus wurde die "Mägdel-Schule" verlegt.
Wir haben nun auch der Schulbibliothek zu gedenken. Eine Bibliothek wird schon 1494 erwähnt, zu welcher in demselben Jahre ein Cardinal Johannes de Turri cremata bei Gelegenheit eines Besuches in Schneeberg einige Bücher geschenkt haben soll. Dies waren vielleicht die Anfänge der Kirchenbibliothek. Die Gründung der Schulbibliothek setzt Meltzer etwa in das Jahr 1564, damals sei sie „von etlichen Bürgern angefangen und sofort mit feinen neuen Büchern vermehrt worden". Doch liegen Beweise vor, dass schon früher Bücher zu einer Schulbibliothek geschenkt wurden. Noch jetzt befinden sich in derselben zwei in Holz gebundene Bücher, von denen das eine, die Elegantiae Laurentii Vallae, 1509, laut Inschrift von dem ehemaligen Schulmeister Ambrosius Franz im Jahre 1549, das andere, die Chronologia Funccii, 1545 und Marliani urbis Romae topographia, 1544 enthaltend, von Caspar Eberhard im Jahre 1556 geschenkt wurde. Auf Veranlassung des Gerichtsschreibers Michael Cardinal und des Gerichtsschöppen Paul Lobwasser wurden im Jahre 1597 aus der oben erwähnten Kirchenbibliothek, die durch Beiträge der Einwohner zu einer nicht unbeträchtlichen Büchersammlung angewachsen war, mit Genehmigung des damaligen Pfarrers Michael Musculus und des Stadtrates diejenigen Bücher ausgewählt, die für die Bestimmung einer Schulbibliothek am tauglichsten erschienen. Die Zahl derselben belief sich auf 152 gedruckte Bücher und 17 Manuskripte; sie waren so ausgewählt, wie Luther in seinem Schreiben an die Ratsherrn aller Städte Deutschlands geraten hatte. Es waren Bibeln in ihrer Grundsprache, wie auch in deutscher und lateinischer Übersetzung, Werke die Auslegung der Bibel betreffend, griechische und römische Klassiker, griechische Wörterbücher, Schriften über freie Künste, Geschichte und Geographie. Diese Bücher wurden anfangs in der Schule untergebracht, im Jahre 1614 aber in das Gemach über der Sakristei der Hauptkirche verlegt, wo sie wenigstens vor Feuersgefahr gesichert waren. So aufbewahrt scheint diese Bibliothek wieder vergessen worden zu sein, bis sie 1668 durch ein Vermächtnis des Dr. Christoph Pierer Luthers Werke in lateinischer und deutscher Sprache erhielt.
Der Melanchthon'sche Schulplan, welcher nicht nur den Vorzug der Einfachheit und Durchsichtigkeit, sondern auch der Entwicklungs- und Fortbildungsfähigkeit besaß, fand diese weitere Ausführung und Fortbildung in der durch ihre Klarheit und Wärme ausgezeichneten Kursächsischen Schulordnung vom Jahre 1580. Lehrplan und Methode sind reicher und fester gegliedert, eine gleichmäßige, bestimmte Ordnung wird eingeführt. Die vollständig entwickelten "Partikularschulen" bestanden dieser Ordnung nach aus fünf Klassen, die von der Prima (der untersten) bis zur Quinta gezählt wurden; auch diejenigen Schulen, welche nicht sämtliche Klassen hatten, konnten diesem Plane folgen und bildeten gewissermaßen Vorbereitungsanstalten für die fertigen Schulen. Die Schneeberger Schule hatte bereits vier Classen und behielt dieselben auch noch ein ganzes Jahrhundert hindurch. Nach der Bestimmung der Schulordnung begann der Unterricht im Griechischen in Quarta, Hebräisch war ausgeschlossen. Wenn wir nun gleichwohl die Tatsache bestimmt bezeugt finden, dass an der hiesigen Schule nicht nur der Unterricht in der griechischen Sprache über das durch jenen Plan vorgezeichnete Ziel hinaus ging, sondern auch, dass Hebräisch gelehrt wurde, so müssen wir annehmen, dass dies auf dem Wege des Privatunterrichts geschah, wie ja überhaupt neben den öffentlichen Lektionen Privatstunden zur Ergänzung mehr und mehr in Gebrauch kamen." Vom Hebräischen gilt jedenfalls auch in dieser Periode noch, was wir oben bemerkten. Die der Schulordnung gemäß auch in Schneeberg eingesetzte Inspektion bestand jedes mal aus dem Oberpfarrer, oder wenn dieser aus irgend welchen Gründen die Pflichten dieses Amtes nicht erfüllen konnte, aus irgend einem anderen "tapferen" Kirchendiener und zwei ehrbaren, womöglich studierten Ratsmitgliedern. Die Anstellung der Lehrer hing von einer Prüfung bei dem Konsistorium zu Leipzig ab. Die vermittelnde Instanz zwischen dem Schneeberger Rate und dem Leipziger Konsistorium bildete die Superintendentur zu Zwickau.
Über die Wirksamkeit der nächsten Nachfolger Obermeiers bis zum Ende des 16. Jahrhunderts sind wir nicht unterrichtet. Schellhammer, welcher im Jahre 1589 auf sechs Jahre zum Rektorate berufen worden war, verließ trotzdem seine Stellung schon im nächsten Jahre wieder und zwar wegen Differenzen mit seinen Kollegen und der Geistlichkeit. Auch die Rektoren Crusius und Schade blieben nicht lange in Schneeberg, vermutlich, weil beide im Verdachte des Krypto-Calvinismus standen. Was die Gehaltsverhältnisse der Lehrer am Ende des 16. Jahrhunderts betrifft, so erhielten sie außer freier Wohnung oder 5 fl Mietzins, freiem Holze nebst Fuhrlohn und den üblichen Akzidenzien folgende feste wöchentliche Besoldungen: der Rektor 2 fl, der Konrektor 1 fl 3 gr, der Kantor 20 gr, der Baccalaureus 18 gr Die Besoldung des Rektors blieb bis zum Ende dieser Periode (1677) dieselbe, die der übrigen Lehrer wurde im Laufe des 17. Jahrhunderts erhöht. Wie viel der Konrektor bekam, lässt sich nicht ermitteln, da die Vokationen zum Konrectorat für diese Zeit fehlen. Der Kantor erhielt 1 fl 6 Ngr und „jedes Quartal anstatt eines Honorars soviel, dass er wöchentlich zur festen Besoldung noch 3 gr hatte" der Baccalaureus 1 fl 3 gr.
Unter Johannes Förster, welcher mit Beginn des 17. Jahrhunderts das Rektorat über nahm, stand die Schneeberger Schule in hohem Ansehen, namentlich wurde sie von vielen auswärtigen Schülern besucht. Förster war ein ausgezeichneter Lehrer der orientalischen Sprachen, in denen er den berühmten Johannes Zechendorf unterrichtete. Er war der erste, der in Schneeberg lateinische Einladungsprogramme zu den beiden halbjährigen Schulprüfungen schrieb, die er teils in Leipzig, teils in Zwickau drucken ließ. Denn in Schneeberg wurde eine Druckerei erst im letzten Jahrzehnt des 17. Jahrhunderts von Christian Pfützner errichtet. Vorübergehend hatte schon am Ende des 15. Jahrhunderts Antonius Coburger aus Nürnberg der dort grassierenden Pest wegen seine Druckerei hierher verlegt, war aber bald wieder in seine Heimat zurückgekehrt. Förster schrieb auch Tragödien, welche er von den Schülern aufführen ließ. Sie erregten solchen Beifall, dass ihm der Rat eine Summe Geldes als Zeichen seines Wohlwollens zuerkannte und dabei die Erwartung aussprach, dass er dauernd in Schneeberg bleiben möchte, eine Erwartung, die sich jedoch nicht erfüllte, da Förster schon 1603 aus seiner Stellung schied. Wenn sowohl er als sein Schüler Johannes Zechendorf, 1614-1617 Rektor in Schneeberg, neben dem Unterricht im Hebräischen auch dem in der syrischen, chaldäischen und arabischen Sprache Eingang verschafften, so mochte dieser Umstand das Ansehen der Schule nach außen hin erhöhen und viele fremde Schüler herbeiziehen, jedenfalls wurde aber dadurch anderen wichtigeren Disziplinen Abbruch getan. Zechendorf war es, der die Matrikel der Schneeberger Schule anlegte.
Der unter seinem Nachfolger Mag. Christoph Kerl an der Schule tätige Kantor Heinrich Spillner führte mit seinen Schülern zu wiederholten Malen auf offenem Markte Komödien auf, z.B. am 6. und 7. März 1617 zwei Komödien von Frischlin, deutsch und lateinisch; im Jahre 1625 eine Komödie "von Dr. Luthers Beständigkeit, als er nacher Worms citiret gewesen, auch auf freyen Marckte vor der Bürgerschafft und einer Volckreichen Versammlung mit herrlichen Ornat und Ceremonien, welches Schauspiel nach Gelegenheit derselbigen Zeit etwas sonderlichs gewesen ist". - Der Zeitraum von 1620-1650 war für die Schule jedenfalls die traurigste Periode, die sie je erlebt hat. Am 10. Juli 1623 zündete der Blitz in Schneeberg an zwei Stellen, und unter den Häusern, welche der Wut des Feuers zum Opfer fielen, war auch das Schulgebäude, das bis auf die Grundmauern niederbrannte. Es verbrannten dabei auch die Bücher und Kleider der armen fremden Schulknaben nebst 17 Betten und der nicht unansehnlichen Bibliothek des Rektor Kerl. Die Fürsorge des Rates machte es möglich, dass schon am 23. Juli 1623 die Schule in das Funk`sche Haus, welches im Jahre 1539 erbaut worden war und als Münze gedient hatte, verlegt wurde. Man gab dafür jährlich 59 fl Mietzins. Der Neubau der Schule wurde zwar zu wiederholten Malen in Angriff genommen, aber trotz der Bewilligung des nötigen Bauholzes durch den Kurfürsten Johann Georg und der Stiftung eines Legates von 100 fl zum Schulbau konnte man ihn in Folge ungünstiger Verhältnisse nicht ausführen. Man kaufte daher unter dem 15. November 1631 das Funk`sche Haus für 2000 fl, wovon die Hälfte sofort, der Rest in jährlichen Raten zu 100 fl bezahlt wurde. Der Rektor und sämtliche Kollegen sollten darin ihre bequeme Wohnung haben. Das Haus stand da, wo sich jetzt die Bürgerschule befindet. Die alte Schulstätte wurde für 150 fl verkauft und erst nach fünfzig Jahren wieder bebaut. Die Einfälle der kaiserlichen General Holk 1632 und Hatzfeld 1633, sowie die in demselben Jahre wütende Pest und der Einfall des schwedischen Generals Königsmark 1640 brachten unsägliches Elend über Schneeberg. Während die Bevölkerung 1580 sich auf 3500 Köpfe belief, zählte sie 1633 nur noch 2000. In der ersten Zeit des dreissigjährigen Krieges hatte Schneeberg 600 bewohnte Häuser, 1640 etwa noch 100. Auch die Schule wurde bei diesen Einfällen so arg zugerichtet, dass niemand sich darin aufhalten konnte, und die Schuldiener Privatwohnungen beziehen mussten. Zu ihrer Wiedereinrichtung wurden aus der Schülerkasse 200 fl genommen. Der Rückgang der Schule lässt sich am besten aus dem Umstande erkennen, dass der tüchtige Konrektor Michael List bei seiner Übersiedelung nach Altenburg 1651 eine ziemliche Anzahl Schüler nach sich zog. Dazu kam noch, dass der Rektor Kerl wegen Altersschwäche seine Amtspflichten nicht gehörig erfüllen konnte. Man sah sich deshalb genötigt, den Konrector Mag. Johann Fuchs 1652 zum Prorektor zu ernennen, der im Jahre 1655 nach dem Tode Kerls ihm in seinem Amte nachfolgte. Zwar hob sich unter seiner tüchtigen Leitung die Schule wieder, aber bald lag sie wieder so sehr danieder, dass sie in einem Schreiben des Rates an das Konsistorium zu Leipzig als "gänzlich ruinirt" bezeichnet wurde. Als Grund dieses traurigen Zustandes wird die "Einmischung der Schulbedienten in die bürgerliche Nahrung durch Brauen, Schenken und Gästesetzen" angegeben. Besonders sei der Konrektor Mag. Friedrich Schindler dadurch nicht wenig an seiner Schularbeit, "namentlich in seinen meditationibus und praeparationibus domesticis gehindert worden, der vielfältigen Zänkereien und Schlägereien, in die er verwickelt, zu geschweigen".
Schließlich geben wir noch ein Verzeichnis der Legate und milden Stiftungen, welche der Schule und den an ihr wirkenden Lehrern bis zum Jahre 1677 vermacht wurden:
1.) 400 fl zur Erhaltung eines Predigers oder Schuldieners von Eberhard Petzold und seiner Frau 1531
2.) 50 fl den Schuldienern von Christoph Bucher 1581
3.) 30 fl den Schülern von Margaretha Seiler 1589
4.) 100 fl den Schülern von Anna Hoffmann 1596
5.) 25 fl den armen Schülern von Maria Funk 1597
6.) 50 fl den Schülern von Wolfgang Hänel 1598
7.) 100 fl den Schülern von Jacob Reibold 1598
8.) 50 fl den Schülern von Samuel Müller 1602
9.) 80 fl den 4 Schuldienern von Paul Lobwasser 1606
10.) 100 fl den Schülern von demselben 1606
11.) 100 fl der Schülerkasse von Margaretha Kühn 1608
12.) 20 fl den Schülern von Anna Höflich 1617
13.) 50 fl den Schülern von Peter Pöpel 1617
14.) 100 fl den Schülern von Franz Brehm 1621
15.) 80 fl den Schülern von Paul Brehm 1621
16.) 100 fl zum Schulbau von Melchior Kühn 1623
17.) 500 fl den Schuldienern von Jacob Seeling 1626
18.) 50 fl den Schülern von Carl Krohe 1628
19.) 30 fl dem Gotteskasten zum Kirchen- und Schulbau von Oswald Nitzsche 1632
20.) 2000 fl den vier Schuldienern von Johann Burkhardt 1651
21.) 100 fl den Schuldienern "wegen seines Hauses, wenn sie zum Neuen-Jahre gehen" von demselben 1651
22.) 100 fl den Schuldienern, "wenn sie das Gregorius-Fest celebrirten" von demselben 1651
23.) 20 fl den Schülern von Catharina Grimm 1655
24.) 200 fl den armen Schulknaben von Antonius Agricola 1659
25.) 114 fl 6 gr den vier Schuldienern von Christian Horlemann 1660
26.) 114 fl 6 gr den Schülern von demselben 1660
27.) 200 fl den vier Schuldienern von Christoph Pierer 1668
28.) 200 fl den vier Schuldienern von Maria Pierer 1669
29.) 100 fl den armen Schülern zu Büchern "und nicht denen, welche vermögende Eltern haben" von Juliana Pfenner 1677
30.) 300 fl den armen Schülern von Maria Kohlreuter
31.) 20 fl den Schülern von Christoph Schmidt
Die Stiftungsjahre der beiden letzten Legate sind nicht bekannt.