Cabaran

Daya saing yang tinggi menyebabkan Muzium Kesultanan Melayu Melaka perlu bersaing dengan muzim atau bangunan bersejarah lain yang terdapat di Malaysia seperti Kota A Famosa, The Stadthuys, Gereja St John dan lain-lain serta secara tidak langsung menjana pertumbuhan ekonomi yang tinggi. Produktiviti tempat menjadi semakin mencabar dan dinamik. Untuk berdaya saing dengan tempat lain, muzium tersebut perlu mempunyai keunikan yang spesifik, dan identiti yang tersendiri. Lokasi muzium itu juga merupakan faktor yang penting. Hal ini kerana pengunjung akan memilih tempat yang berkumpul paling banyak bangunan bersejarah untuk memendekkan masa perjalanan mereka supaya mereka mempunyai masa yang berlebihan untuk melawat muzium-muzium lain.

Proses pemeliharaan dan pemuliharaan Muzium Kesultanan Melayu Melaka memerlukan kos yang amat tinggi. Pihak Lembaga Muzium Melaka telah menghadapi masalah kewangan untuk mengadakan pameran memandangkan kos untuk mendapatkan bahan-bahan binaan adalah tinggi terutamanya dalam usaha penambahbaikan bangunan Muzium Kesultanan Melayu Melaka yang dijalankan pada tahun 1958. Pihak Lembaga Muzium Melaka hanya dapat membuat penambahbaikan berdasarkan peruntukan yang sedia ada. Pihak Lembaga Muzium Melaka banyak bergantung kepada sumbangan pihak awam dan jualan salinan dokumen sejarah yang disimpan di dalam muzium untuk mendapatkan dana dan sumber pendapatan.

Pihak Lembaga Muzium Melaka telah menghadapi kesukaran untuk mendapatkan bahan pameran kebudayaan kerana terpaksa bergantung kepada pembelian dan sumbangan daripada pihak awam. Muzium ini juga bergantung kepada sumbangan dan pinjaman bahan-bahan pameran daripada masyarakat tempatan dan Muzium-Muzium Negeri di Tanah Melayu. Misalnya, sumbangan koleksi gambar ketika Parameswara menerima kunjungan Laksamana Cheng Ho daripada Gabenor Melaka, koleksi syiling daripada Tun Tan Cheng Lock dan koleksi keris antik yang dibeli daripada Puan Bain.