مجتبی فخریان در طول دوران حرفه‌ای خود در فوتبال ایران، افتخارات زیادی کسب کرده است. او عمدتاً در تیم‌های لیگ برتری ایرانی به ویژه در باشگاه سپاهان اصفهان موفق عمل کرده و با این تیم به مقام‌های مختلفی دست یافته است. فخریان در مسابقات لیگ برتر ایران به عنوان یکی از هافبک‌های کلیدی شناخته می‌شود و توانسته در چندین دوره قهرمانی لیگ برتر، جام حذفی و سوپر جام با سپاهان مشارکت داشته باشد. همچنین، فخریان در دوران حضور خود در تیم‌های مختلف، عملکرد درخشانی از خود به نمایش گذاشته و به عنوان یکی از هافبک‌های با کیفیت و تاثیرگذار لیگ ایران شناخته می‌شود. 

نخستین گل وی در لیگ برتر خلیج فارس در تاریخ ۱۸ فروردین ۱۴۰۳ با تیم شمس آذر قزوین در مقابل ذوب آهن بود.

فخریان سابقه گل زدن به استقلال تهران، ذوب آهن اصفهان، سپاهان اصفهان، تراکتور تبریز و پرسپولیس تهران را در سابقه کارنامه ورزشی خود نیز دارد.