Actualmente, la colección acoge cerca de 90.000 registros fósiles correspondientes a todos los períodos geológicos, que en conjunto suman alrededor de un millón de ejemplares. Este valioso patrimonio paleontológico constituye una fuente esencial para la investigación científica y para el conocimiento de la historia de la vida en la Tierra. La totalidad de los fondos ha sido informatizada, lo que facilita su consulta y gestión, permitiendo un acceso ágil y preciso a investigadores y especialistas.

El Museo es un centro de referencia para la comunidad científica internacional. Investigadores de todo el mundo visitan regularmente sus instalaciones para estudiar sus materiales de especialidad.

Asimismo, es frecuente la estancia de doctorandos e investigadores en formación, que revisan y analizan los fondos científicos, contribuyendo a la actualización sistemática y nomenclatural de los ejemplares. Esta labor continua garantiza el rigor científico de la colección y su permanente actualización según los avances de la disciplina.

Los colaboradores científicos del Museo desarrollan también una intensa actividad investigadora, que contribuye de forma constante a la revisión y actualización de la nomenclatura paleontológica. Como resultado de estas investigaciones, se ha constituido una extensa y valiosa colección de holotipos, que refuerza el carácter científico y patrimonial de la institución.