Penerapan disiplin pembelajaran tatap muka di kota Yogyakarta tidak mengalami kesulitan. Meskipun sekolah dinilai dapat menjalankan prokes dan mekanisme pembelajaran tatap muka terbatas dengan baik, namun Bapak Budi Ashrori tetap memastikan dengan berkoordinasi oleh Pemerintah DIY. Pelaksanaan PTM terbatas di jenjang SD dan SMP di Kota Yogyakarta sudah berlangsung selama sepekan terakhir. Siswa yang direkomendasikan mengikuti PTM terbatas adalah siswa yang sudah menjalani vaksinasi Covid-19 untuk SD yang direkomendasikan baru kelas 6, kelas 5 kebawah belum direkomendasikan. Berdasarkan data, capaian vaksinasi untuk pelajar di Kota Yogyakarta saat ini sudah mencapai lebih dari 85 persen.
Pemerintah Kota Yogyakarta menerapkan beberapa aturan selama pembelajaran tatap muka (PTM) terbatas agar tidak terjadi penularan Covid-19. Wakil Wali Kota Yogyakarta Bapak Heroe Poerawadi mengatakan, kunci keberhasilan dalam menggelar PTM di masa pandemi Covid-19 tidak hanya bergantung pada cakupan vaksinasi, tetapi juga menyangkut saat anak datang ke sekolah, lamanya sekolah, sampai dengan anak dijemput oleh orangtua. Oleh sebab itu Pemkot Yogyakarta mengantisipasi dengan berbagai cara seperti anak-anak atau siswa tidak diperbolehkan berbincang selama di luar kelas, kantin tidak diperbolehkan buka, sekolah maksimal tiga jam, dan memberlakukan sistem antar jemput.
Sementara itu, Sekretaris Daerah (Sekda) Daerah Istimewa Yogyakarta Bapak Kadarmanta Baskara Aji menyampaikan sekolah diminta untuk melihat situasi dan kondisi sekolah masing-masing. Misalnya jika sarana dan prasarana belum memungkinkan, kedisiplinan anak belum terbentuk lebih baik masih memberlakukan pembelajaran jarak jauh (pjj). Selain itu satgas Covid di tingkat satuan pendidikan wajib terbentuk terlebih dahulu sebelum sekolah menggelar PTM.
Di kota Yogyakarta belum ada laporan peserta didik atau guru yang berstatus positif Covid-19 sejak PTM berlangsung di Kota Jogja. Menurut Sekretaris Disdikpora Kota Jogja, Bapak Dedi Budiono, untuk mengantisipasi potensi munculnya kasus positif selama PTM, setiap harinya sekolah melakukan skrining wawancara pada anak dan orang tua. Beberapa pertanyaan terkait apakah sepekan terakhir sakit, apakah lingkungan keluarga dan tetangga ada yang positif, apakah sebelumnya pergi keluar kota, dan sebagainya.
Penerapan PTM terbatas pekan depan akan dilakukan secara bergiliran. Setiap siswa yang hadir dibatasi maksimal 50 persen dari kapasitas kelas. Siswa akan masuk bergantian. Kegiatan belajar mengajar maksimal dilakukan tiga jam tiap harinya. Sebelum penerapan PTM sekolah wajib memberi pemberitahuan kepada orang tua siswa. Siswa yang hendak mengikuti PTM harus membawa surat izin dari orang tua agar anaknya menjalani PTM di sekolah. Selain harus sudah vaksinasi Covid-19, mendapat izin dari orang tua siswa sekolah juga harus menerapkan protokol kesehatan dengan menggunakan masker, jaga jarak serta sering mencuci tangan.