Вважається, що він є ровесницею Великої Перемоги. Та його історія, згідно історико-краєзнавчого нарису В.Г. Хроленка, сягає ХVІІІ століття: «Білопільський комісар Терентовський у 1774 році показує, що при Іллінській церкві існувала школа, де вчилися граматиці, читанню, а також церковному співу. В ній працювало тоді двоє вчителів. Ця школа показана і в перепису 1732 року». Кам’яний храм був збудований у 1876 році, при ньому існувала однокласна церковно-приходська школа з трирічним навчанням. Тут здобували знання діти віком 8-11 років. Школа при церкві існувала до 1917 року. У 30-х роках ХХ століття храм було зруйновано, а приміщення школи перебудували під педагогічне училище, яке в 1947 році було переведене до міста Лебедина.

   Історія ліцею розпочалася в 1945 році. Після Перемоги у місті почалися відбудовчі роботи з ліквідації наслідків фашистської окупації. З евакуації із росії поверталися сім’ї спеціалістів Білопільського машинобудівного заводу, приїжджали з інших республік звільнені в запас військовослужбовці зі своїми родинами. Їхнім дітям важко було навчатися українською мовою. Батьківський комітет школи на чолі з колишнім директором машинобудівного заводу Браєрським прийняв рішення про клопотання перед вищими органами влади про дозвіл відкрити в місті Білопіллі школу з російською мовою навчання. Листи до Сумських та Київських органів влади були безрезультатними. Батьківський комітет прийняв рішення звернутися до Кабінету Міністрів СРСР та особисто до Й. Сталіна. Відповіді довго не було. Та 12 вересня 1945 року надійшов дозвіл відкрити в місті школу з російською мовою навчання. Частина учнів зі школи №2 погодилися продовжити навчання на російській мові, частина перейшла до школи №1. Навчатися російською виявили бажання й учні інших шкіл міста. Спочатку працювали в 2-3 зміни, при гасових лампах та свічках, які стояли на учительських столах, у зимовий період було холодно. До 1955 року школа містилася в декількох пристосованих невеличких приміщеннях теперішніх клубів – спортивно-технічного ТСОУ та фізкультурно-оздоровчого «Колос», в будівлі на вул. 8 Березня. З 1955 по 1959 рік школа знаходилася в сучасному приміщенні школи-інтернату. У будинку колишнього педагогічного училища в цей час містилася школа №3. З 1959 року школа «оселилася» в будівлі, яку займає й дотепер. У 1967 році здійснена добудова триповерхового приміщення на 13 навчальних кабінетів.

     Першим директором Білопільської середньої школи №2 була Кандиба Віра Матвіївна (1945 - 1951рр., людина з партизанським минулим, за фахом учитель хімії та біології. Саме вона у 1945 році очолила заклад, займалася підбором кадрів, облаштуванням приміщень. За професіоналізм і високі організаторські якості Віра Матвіївна була нагороджена медаллю «За трудовое отличие».

     Першими учителями були Литвинова Віра Зіновіївна, Ларионова Галина Ксенофонтівна (класоводи), Трифонова Олександра Григорівна, Федотова Валентина Василівна (вчителі російської мови), Рожок Параска Денисівна (вчитель української мови), Обозна Єфросинія Прокопівна (вчитель математики), Галун Олександра Омелянівна (вчитель фізики), Горяйнов Григорій Федорович (учитель фізкультури).

     Після Кандиби Віри Матвіївни в різні роки школу очолювали Свободна Олена Василівна (1951–1954 рр.), заслужений учитель України, Оніщенко Андрій Ілліч (1954–1957 рр.), Іскрицький Антон Васильович (1957–1967 рр.), Бровкін Олександр Георгійович (1967–1968 рр.), Скрипченко Катерина Андріївна (1968–1986 рр.), Іваненко Євгенія Семенівна (1986–2001 рр.). 

     У різні роки тут працювали учителі початкових класів Горлач Алла Вікторівна, Євтушенко Валентина Василівна, Дермільова Лариса Михайлівна, Ксенофонтова Зоя Борисівна, Курочка Тамара Степанівна, Теницька Людмила Митрофанівна, Шульга Людмила Іванівна, педагоги Алексенко Степан Кузьмич (учитель історії), Дорда Раїса Федосіївна, Карпич Надія Іванівна, Коберник Антоніна Павлівна, Молчанова Галина Антонівна Панікар Валентина Василівна, Пташек Валентина Степанівна (вчителі російської мови), Ганаза Валентина Іванівна, Назаренко Зінаїда Тимофіївна, Шакарянц Михайло Іванович (учителі математики), Демидов Іван Іванович, Клименко Тамара Миколаївна (учителі хімії), Пучка Петро Маркович (учитель фізики), Могильова Тетяна Миколаївна (учитель української мови та літератури) та інші, також Смолянінова Раїса Трохимівна та Хом’як Інна Максимівна – Заслужені вчителі України.

  У 50–60-ті роки школа працювала за бригадним методом, широко застосовувався Липецький метод навчання, коли учитель у кінці уроку ставив загальну підсумкову оцінку. Для 70-х років характерним було широке використання технічних засобів навчання. У ці роки почалася атестація педагогічних працівників. Першим учителем-методистом стала Кушнерова Ганна Сергіївна (учитель біології). Педагогічний колектив школи завжди забезпечував учнів високим рівнем знань, застосовуючи новітні методи і технології навчання, тому проблем з набором ніколи не було. У 80-х роках налічувалося 900 учнів у 32 класах-комплектах.

     З 80-х років почали працювати класи з поглибленим вивченням англійської мови (викладачі Шумахер Олександра Петрівна та Топчійова Любов Миколаївна); з 1996 по 2007 працювала фізико-математична школа Харківського аерокосмічного університету ім. М.Є. Жуковського (ХАІ) (викладачі Андрієнко Марія Володимирівна та Андрієнко Ігор Олексійович), понад сто сорок слухачів якої стали студентами вищеназваного закладу.

     У 2003–2005 роках у закладі працював ліцейний клас коледжу Сумського національного аграрного університету, було відкрито перші профільні класи суспільно-гуманітарного напрямку, налагоджена робота з Корпусом Миру – учням допомагав опановувати англійську мову волонтер зі Сполучених Штатів Америки Метью Тейлор. Щороку школа випускає зі своїх стін учнів-медалістів. здійснюється комп’ютеризація навчального процесу, підключення до лінії виходу в Інтернет, пошук коштів на оновлення матеріально-технічної бази школи.

    Навчальний заклад забезпечений педагогічними кадрами на 100%. На початок 2016 року у школі працює 42 педагоги: 2 вчителів-методистів; 9 старших учителів; 7 нагороджені знаком «Відмінник освіти України»; 20 учителів мають вищу кваліфікаційну категорію; 14 учителів нагороджені Почесною Грамотою МОН України.

   Білопільський ліцей №2 імені С. М. Гордієнка пропонує вчителеві й учневі варіативність у виборі напрямів і способів навчальної роботи, різноманітні програми, диференційовану, допрофільну і профільну освіту.

При формуванні профілів пріоритетними є суспільно-гуманітарний, філологічний та технологічний напрями. Із 2011-2012 н. р. функціонують такі профільні класи:

• історичного профілю суспільно-гуманітарного напряму;

• профілю іноземної філології філологічного напряму;

• інформаційно-технологічного профілю технологічного напряму,

• біологотехнологічного профілю.

У процесі профільного навчання здійснюється орієнтація на майбутню професію, відповідно до освітніх потреб, нахилів, інтересів та здібностей учнів. Учителі школи у своїй роботі використовують інноваційні педагогічні технології:

• технологія проблемного навчання;

• програмоване навчання;

• технологія інтерактивного навчання;

• технологія особистісно орієнтованого навчання;

• технології інтегрованого навчання.

Технологія інтерактивного навчання пердбачає, що навчальний процес відбувається за умови постійної, активної взаємодії всіх учнів. Це співнавчання, взаємонавчання, де учень і вчитель є рівноправними, рівнозначними суб’єктами навчання. Колектив Білопільського ліцею №2 імені С. М. Гордієнка ставить за мету виявити й допомогти учневі розвинути інтелектуальні та творчі здібності, природні задатки, створити сприятливі умови для розвитку здібностей школярів, підвищити соціальний статус обдарованої молоді. Для досягнення поставленої мети у школі створена й постійно вдосконалюється система роботи з обдарованою молоддю, яка є сукупністю змісту, методів, форм, прийомів та засобів, які ставлять дитину в умови суб’єкта творчої діяльності. З цією метою розроблена програма роботи з обдарованою молоддю.

Відповідно до структури роботи з обдарованою молоддю дана робота проводиться як в груповій так і індивідуальній формах, а також забезпечується допрофільна підготовка учнів. У школі організована робота секцій, предметних гуртків, гуртків за інтересами. Ведеться робота по залученню учнів до інтелектуальних конкурсів: Міжнародного конкурсу знавців української мови ім. Петра Яцика, Міжнародного математичного конкурсу «Кенгуру», Всеукраїнського фізичного конкурсу «Левеня», Всеукраїнського інтерактивного природничого конкурсу «Колосок», Всеукраїнському конкурсі з українознавства «Патріот», участь учнів у науково-дослідницькій роботі в рамках МАН. Однією з ефективних форм роботи з обдарованою молоддю нашого закладу є створення умов для отримання освіти в позашкільних закладах. Школа співпрацює з Будинком дітей та юнацтва, юнацько-спортивною школою, студією спортивного бального танцю «Грація».

З метою якісної та ефективної організації, проведення систематичної колективної та індивідуальної методичної роботи з педагогічними кадрами, в школі працюють методичні структури: 10 методичних об’єднань вчителів, методична рада школи, психолого-педагогічний семінар, творча група вчителів іноземних мов, окружні методичні об’єднання вчителів. Проводяться предметні і тематичні тижні, де педагоги й учні удосконалюють знання з навчальних дисциплін, представляють свої надбання з різних галузей навчально-виховного процесу.

У ліцеї функціонує краєзнавчий музей. Головним надбанням експозиції музею є експонати періоду Черняхівської культури.

Методика навчання й самоосвітня діяльність вчителів є однією із проблем, над вирішенням якої працює педагогічний колектив ліцею. Постійно підвищуючи свій професійний рівень, вчителі працюють над покращенням методики викладання предметів, підвищенням якості навчально-виховного процесу. 

У 2009 році Білопільський №2 імені С. М. Гордієнка занесений до обласної мережі шкіл сприяння здоров'ю. 2016 рік знаменний тим, що школі присвоєно звання колишнього випускника, кавалера Ордену Богдана Хмельницького ІІІ ступеня, загиблого учасника АТО Гордієнка Сергія Миколайовича.

Головною метою роботи ліцею є забезпечення необхідних умов функціонування й розвитку загальної середньої освіти у відповідності з чинним законодавством України, створення умов для здобуття повної загальної освіти, виховання морально й фізично здорового покоління. Головним завданням закладу є формування патріотичних почуттів, національної свідомості, громадянської свідомості, власної гідності, готовності до самостійної трудової діяльності; розвиток природних позитивних нахилів, здібностей і обдарованості, творчого мислення. Провідним напрямом у діяльності ліцею став пошук, навчання й виховання обдарованої особистості, здатної самостійно діяти й приймати рішення в динамічних нестандартних ситуаціях.