コイ目 Cypriniformes

コイ科 Cyprinidae

・コイ（飼育型）Cyprinus carpio Linnaeus 1758

・ゲンゴロウブナCarassius cuvieri Temminck & Schlegel 1846

・ギンブナCarassus sp.

・ヤリタナゴ Tanakia lanceolata (Temminck & Schlegel 1846)

・アブラボテ Tanakia limbate (Temminck & Schlegel 1846)

・ヤリタナゴ×アブラボテT. lanceolata×T. limbate

・カネヒラ Acheilognathus rhombeus (Temminck & Schlegel 1846)

・シロヒレタビラ Acheilognathus tabira Jordani Arai, Fujikawa & Nagata 2007

・イチモンジタナゴ Acheilognathus cyanostigma Jordan & Fowler 1903

・タイリクバラタナゴ Rhodeus ocellatus ocellatus (Kner 1866)

・ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus Jordan & Thompson 1914

・カゼトゲタナゴ Rhodeus smithii atremius (Jordan & Thompson 1914)

・オイカワ Opsariichthys platypus (Temminck & Schlegel 1846)

・ハス Opsariichthys uncirostris uncirostris (Temminck & Schlegel 1846)（標本）

・カワムツ Nipponocypris temminckii (Temminck & Schlegel 1846)

・ヌマムツ Nipponocypris sieboldii (Temminck & Schlegel 1846)

・カワバタモロコ Hemigrammocypris neglecta (Stieler 1907)

・ワタカ Ischikauia steenackeri (Sauvage, 1883)（標本）

・モツゴ Pseudorasbora parva (Temminck & Schlegel 1846)

・ムギツク Pungtungia herzi Herzenstein 1892

・カワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus variegatus (Temminck & Schlegel 1846)（標本）

・タモロコ Gnathopogon elongatus elongatus (Temminck & Schlegel 1846)

・コウライニゴイ Hemibarbus labeo (Pallas, 1776)

・ズナガニゴイ Hemibarbus longirostris (Regan, 1908)

・コウライモロコ Squalidus chankaensis tsuchigae (Jordan & Hubbs 1925)

・カマツカ Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel 1846)

・ナガレカマツカ Pseudogobio agathonectris Tominaga & Kawase 2019

・ツチフキ Abbottina rivularis (Basilewsky 1855)（標本）

・ゼゼラ Biwia zezera (Ishikawa 1895)

・ヨドゼゼラ Biwia yodoensis Kawase & Hosoya 2010

ドジョウ科 Cobitidae

・ドジョウ Misgurnus anguillicaudatus (Cantor 1842)

・オオシマドジョウ Cobitis sp. BIWAE type A

・ニシシマドジョウ Cobitis sp. BIWAE type B

・オオガタスジシマドジョウ Cobitis magnostriata Nakajima 2012

・チュウガタスジシマシマドジョウ Cobitis striata striata Ikeda 1936

・オオガタスジシマドジョウ×チュウガタスジシマドジョウ

フクドジョウ科 Nemacheilidae

・ホトケドジョウ Lefua echigonia Jordan & Richardson 1907

ナマズ目 Siluriformes

ギギ科 Bagridae

・ギギ Tachysurus nudiceps (Sauvage 1883)

アカザ科 Amblycipitidae

・アカザ Liobagrus reinii Hilgendorf 1878

ボラ目 Mugiliformes

ボラ科 Mugilidae

　　・ボラ Mugil cephalus cephalus Linnaeus 1758（標本）

ダツ目 Beloniformes

メダカ科 Adrianichthyidae

・ミナミメダカ Oryzias latipes (Temminck & Schlegel 1846)

スズキ目 Perciformes

ドンコ科 Odontobutidae

・ドンコ Odontobutis obscurus (Temminck & Schlegel 1845)

ハゼ科 Gobiidae

・ウキゴリ Gymnogobius urotaenia (Hilgendorf 1879)

・ゴクラクハゼ Rhinogobius similis Gill, 1859

・シマヒレヨシノボリ Rhinogobius tyoni Suzuki, Kimura & Shibukawa 2019

・カワヨシノボリ Rhinogobius frumineus (Mizuno 1960)

タニシ目 Viviparida

　タニシ科Viviparidae 

　　・ヒメタニシSinotaia quadrata histrica (Gould, 1859)

　カワニナ科Semisulcospiridae 

　　・カワニナ属の一種Semisulcospira sp.

イガイ目Mytiloida

　イガイ科 Mytilidae

　　・カワヒバリガイLimnoperna fortunei (Dunker,1857)（死殻）

マルスダレガイ目 Veneroida

　シジミ科 Corbiculidae

　　・シジミ属の一種Corbicula sp.

ゴクラクハゼ Rhinogobius similis Gill, 1859（大阪府産）

シマヨシノボリ Rhinogobius nagoyae Jordan and Seale, 1906（福井県産，沖縄県産）

ルリヨシノボリ Rhinogobius mizunoi Suzuki, Shibukawa & Aizawa 2017（高知県産）

アヤヨシノボリ Rhinogobius sp. MO（沖縄県産）

アオバラヨシノボリ Rhinogobius sp. BB（沖縄県産標本）

オオヨシノボリ Rhinogobius fluviatilis Tanaka, 1925（高知県産）

ケンムンヒラヨシノボリ Rhingobius yonezawai Suzuki et al., 2020（鹿児島県奄美大島産標本）

ヤイマヒラヨシノボリ Rhingobius yaima Suzuki et al., 2020（沖縄県西表島産標本）

オガサワラヨシノボリ Rhinogobius ogasawaraensis Suzuki et al., 2011（東京都小笠原諸島産）

クロヨシノボリ Rhinogobius brunneus (Temminck and Schlegel, 1845)（兵庫県淡路島産，沖縄県産，西表島産）

キバラヨシノボリ Rhinogobius sp. YB（鹿児島県奄美大島産，徳之島産，沖縄県久米島産，沖縄島産；いずれも標本）

イリオモテパイヌキバラヨシノボリ Rhinogobius aonumai aonumai Suzuki et al., 2022（沖縄県西表島産標本）

イシガキパイヌキバラヨシノボリ Rhinogobius aonumai ishigakiensis Suzuki et al., 2022（沖縄県石垣島産標本）

クロダハゼ Rhinogobius kurodai (Tanaka, 1908)（東京都産，栃木県産）

トウヨシノボリ Rhinogobius sp.（北海道産，青森県産，秋田県産，福島県産，茨城県産，千葉県産，長野県産，福井県産，岐阜県産，島根県産，山口県産，広島県産，愛媛県産，佐賀県産，長崎県五島列島福江島産，熊本県産，鹿児島県産）

カズサヨシノボリ Rhinogobius sp. KZ（千葉県産）

オウミヨシノボリ Rhinogobius sp. OM（滋賀県産，大阪府産）

トウカイヨシノボリ Rhinogobius telma Suzuki et al., 2019（岐阜県産）

シマヒレヨシノボリ Rhinogobius tyoni Suzuki et al., 2019（静岡県産，兵庫県淡路島産，三重県産，滋賀県産，京都府産，奈良県産，大阪府産）

ビワヨシノボリ Rhinogobius biwaensis Takahashi and Okazaki, 2017（滋賀県産）

トウカイヨシノボリ×シマヒレヨシノボリ Rhinogobius sp.（三重県産）

シマヒレヨシノボリ×オウミヨシノボリ Rhinogobius sp.（滋賀県産，奈良県産）

シマヒレヨシノボリ×オウミヨシノボリ×ビワヨシノボリ Rhinogobius sp.（滋賀県産）

カワヨシノボリ無斑型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960) Blotch-lack type（三重県産，京都府産，兵庫県淡路島産，愛媛県蒼社川水系産，高知県産，山口県産）

カワヨシノボリ斑紋型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960) Blotch type（島根県産，佐賀県産）

カワヨシノボリ富士型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960) Fuji type（山梨県産，静岡県産）

カワヨシノボリ赤石型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960) Akaishi type（静岡県産）

カワヨシノボリ壱岐佐賀型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960) Iki-Saga type（福岡県産，佐賀県産）

カワヨシノボリ不明型 Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960)（長野県天竜川水系産，信濃川水系産，福井県産）

シロヒレタビラ Acheilognathus tabira tabira Jordan and Thompson, 1914（滋賀県産）

タカハヤ Rhynchocypris oxycephala jouyi (Jordan and Snyder, 1901)（静岡県産）

イトモロコ Squalidus gracilis gracilis (Temminck and Schlegel, 1846)（滋賀県産）

アジメドジョウ Cobitis delicata Niwa, 1937（京都府産）

ヤマトシマドジョウ Cobitis sp. "yamato" complex（鹿児島県産）

イッセンヨウジ Coelonotus leiaspis (Bleeker, 1854)（沖縄島産）

イズミハゼ Mugilogobius sp. 1（沖縄島産）

ミナミヒメミミズハゼ Lucigobius ryukyuensi （沖縄島産）

スジエビ  Palaemon paucidens De Haan, 1844（広島県産）

カワリヌマエビ属の一種 Neocaridina sp.（京都府産）

ミゾレヌマエビ Caridina leucosticta Stimpson, 1860（山口県産）

カワニナ属の一種 Semisulcospira sp.（滋賀県産）

ヤツメウナギ目 Petromyzontiformes

ヤツメウナギ科 Petromyzontidae

・スナヤツメ種群 Lethenteron spp.

ウナギ目  Anguilliformes

ウナギ科Anguillidae

・オオウナギ Anguilla marmorata Quoy & Gaimard 1824

コイ目 Cypriniformes

コイ科 Cyprinidae

・ヤリタナゴTanakia lanceolata (Temminck & Schlegel 1846)

・アブラボテ Tanakia limbate (Temminck & Schlegel 1846)

・カネヒラ Acheilognathus rhombeus (Temminck & Schlegel 1846)

・ミナミアカヒレタビラ Acheilognathus tabira Jordani Arai, Fujikawa & Nagata 2007

・タナゴ Acheilognathus melanogaster Bleeker 1860

・イチモンジタナゴ Acheilognathus cyanostigma Jordan & Fowler 1903

・タイリクバラタナゴ Rhodeus ocellatus ocellatus (Kner 1866)

・ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus kurumeus Jordan & Thompson 1914

・カゼトゲタナゴ Rhodeus smithii atremius (Jordan & Thompson 1914)

・オイカワ Opsariichthys platypus (Temminck & Schlegel 1846)

・カワムツ Nipponocypris temminckii (Temminck & Schlegel 1846)

・ヌマムツ Nipponocypris sieboldii (Temminck & Schlegel 1846)

・ウグイ Pseudaspius hakonensis (Günther 1877)

・アブラハヤ Rhynchocypris lagowskii steindachneri (Sauvage 1883)

・タカハヤ Rhynchocypris oxycephala jouyi (Jordan & Snyder 1901)

・カワバタモロコ Hemigrammocypris neglecta (Stieler 1907)

・モツゴ Pseudorasbora parva (Temminck & Schlegel 1846)

・ムギツク Pungtungia herzi Herzenstein 1892

・カワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus variegatus (Temminck & Schlegel 1846)

・ビワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus microoculus Mori 1927

・タモロコ Gnathopogon elongatus elongatus (Temminck & Schlegel 1846)

・ズナガニゴイ Hemibarbus longirostris (Regan 1908)

・コウライモロコ Squalidus chankaensis tsuchigae (Jordan & Hubbs 1925)

・イトモロコ Squalidus gracilis gracilis (Temminck & Schlegel 1846)

・デメモロコ Squalidus japonicus japonicus (Sauvage 1883)

・カマツカ Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel 1846)

・ナガレカマツカ Pseudogobio agathonectris Tominaga & Kawase 2019

・ツチフキ Abbottina rivularis (Basilewsky 1855)

・ゼゼラ Biwia zezera (Ishikawa 1895)

・ヨドゼゼラ Biwia yodoensis Kawase & Hosoya 2010

ドジョウ科 Cobitidae

・ドジョウ Misgurnus anguillicaudatus (Cantor 1842)

・オオシマドジョウ Cobitis sp. BIWAE type A

・ニシシマドジョウ Cobitis sp. BIWAE type B

・ヤマトシマドジョウ種群 Cobitis sp. ‘yamato’ species complex

・オオヨドシマドジョウ Cobitis sakahoko Nakajima & Suzawa 2015

・アリアケスジシマドジョウ Cobitis kaibarai Nakajima 2012

・オオガタスジシマドジョウ Cobitis magnostriata Nakajima 2012

・サンヨウコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii minamorii Nakajima 2012

・ビワコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii oumiensis Nakajima 2012

・トウカイコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii tokaiensis Nakajima 2012

・サンインコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii saninensis Nakajima 2012

・チュウガタスジシマドジョウ Cobitis striata striata Ikeda 1936

・アジメドジョウ Cobitis delicata Niwa 1937

フクドジョウ科 Nemacheilidae

・ホトケドジョウ Lefua echigonia Jordan & Richardson 1907

・ナガレホトケドジョウ Lefua torrentis Hosoya, Ito & Miyazaki 2018

・エゾホトケドジョウ Lefua nikkonis (Jordan & Fowler 1903)

ナマズ目 Siluriformes

ナマズ科 Siluridae

・ナマズ Silurus asotus Linnæus 1758

ギギ科 Bagridae

・アリアケギバチ Tachysurus aurantiacus (Temminck & Schlegel 1846)

アカザ科 Amblycipitidae

・アカザ Liobagrus reinii Hilgendorf 1878

ダツ目 Beloniformes

メダカ科 Adrianichthyidae

・ミナミメダカ Oryzias latipes (Temminck & Schlegel 1846)

・キタノメダカ Oryzias sakaizumii Asai, Senou & Hosoya 2012

トゲウオ目 Gasterosteoidei

ヨウジウオ科 Syngnathidae

・テングヨウジ Microphis (Oostethus) brachyurus brachyurus (Bleeker 1854)

スズキ目 Perciformes

フエダイ科 Lutjanidae

・ゴマフエダイ Lutjanus argentimaculatus (Forsskål 1775)

クロホシマンジュウダイ科 Scatophagidae

・クロホシマンジュウダイ Scatophagus argus (Linnæus 1766)

イットウダイ科 Holocentridae

・ナミマツカサ Myripristis kochiensis Randall & Yamakawa 1996

フサカサゴ科 Scorpaenidae

・ネッタイミノカサゴ Pteropterus antennata (Bloch 1787)

カジカ科 Cottidae

・カジカ種群 Cottus pollux species complex

・ウツセミカジカ Cottus reinii Hilgendorf 1879

ケツギョ科 Sinipercidae

・オヤニラミ Coreoperca kawamebari (Temminck & Schlegel 1843)

シマイサキ科 Terapontidae

・コトヒキ Terapon jarbua (Fabricius 1775)

シクリッド科 Cichlidae

・ムブナ（ゼブラシクリッド） Pseudotropheus zebra (Boulenger 1899)

・コンビクトシクリッド Amatitlania nigrofasciata (Günther 1867)

・ペルヴィカクロミス・プルチャー Pelvicachromis pulcher (Boulenger 1901)

ドンコ科 Odontobutidae

・ドンコ Odontobutis obscurus (Temminck & Schlegel 1845)

カワアナゴ科 Eleotridae

・チチブモドキ Eleotris acanthopoma Bleeker 1853

・タメトモハゼ Giuris tolsoni (Bleeker 1854)

・タナゴモドキHypseleotris everetti (Boulenger 1895)

ハゼ科 Gobiidae

・ウキゴリ Gymnogobius urotaenia (Hilgendorf 1879)

・トウヨシノボリ Rhinogobius sp.

・オウミヨシノボリ Rhinogobius sp. OM

・ビワヨシノボリ Rhinogobius biwaensis Takahashi & Okazaki 2017

・シマヒレヨシノボリ Rhinogobius tyoni Suzuki, Kimura & Shibukawa 2019

・トウカイヨシノボリ Rhinogobius telma Suzuki, Kimura & Shibukawa 2019

・シマヨシノボリ Rhinogobius nagoyae Jordan & Seale 1906

・アヤヨシノボリ Rhinogobius sp. MO

・カワヨシノボリ Rhinogobius flumineus (Mizuno 1960)

・ヌマチチブ Tridentiger brevispinis Katsuyama, Arai & Nakamura 1972

・ミミズハゼ Luciogobius guttatus Gill 1859

・イドミミズハゼ（淡水型） Luciogobius pallidus Regan 1940

・クモハゼ Bathygobius fuscus (Rüppell 1830)

・クツワハゼ Istigobius campbelli (Jordan & Snyder 1901)

・タネハゼ Callogobius tanegasimae (Snyder 1908)

・ウチワハゼ Mangarinus waterousi Herre 1943

・ナンヨウボウズハゼ Stiphodon percnopterygionus Watson & Chen 1998

・ヒスイボウズハゼ Stiphodon alcedo Maeda, Mukai & Tachihara 2012

・ヨロイボウズハゼ Lentipes armatus Sakai & Nakamura 1979

・コンテリボウズハゼ Stiphodon atropurpureus (Herre 1927)

・チャガラ Pterogobius zonoleucus Jordan & Snyder 1901　　

・ハゴロモハゼ Myersina macrostoma Herre 1934

・アカハチハゼ Valenciennea strigata (Broussonet 1782)

フグ目 Tetraodontiformes

フグ科 Tetraodontidae

・サザナミフグ Arothron hispidus (Linnæus 1758)

鯨偶蹄目 Cetartiodactyla

シカ科 Cervidae

・ホンシュウジカ Cervus Nippon aplodontids (Haude, 1884)

有尾目 Urodela

イモリ科 Salamandridae

・アカハライモリ Cynops pyrrhogaster

吸腔目 Sorbeoconcha

カワニナ科 Pleuroceridae

・ヤマトカワニナ Semisulcospira niponica (Smith 1876)

・トキタマカワニナ Semisulcospira watanabei Sawada in Sawada & Fuke 2022 [“2023”]

・チクブカワニナ Semisulcospira nakanoi Sawada in Sawada & Fuke 2022 [“2023”]

・コンペイトウカワニナ Semisulcospira salebrosa Sawada in Sawada & Fuke 2022 [“2023”]

・イボカワニナ Semisulcospira decipiens (Westurland 1883)

・カゴメカワニナ Semisulcospira reticulata Kajiyama & Habe 1961

・クロダカワニナ Semisulcospira kurodai Kajiyama & Habe 1961

・ハベカワニナ Semisulcospira habei Davis 1969

・カワニナ種群 Semisulcospira libertina group

ヤツメウナギ目 Petromyzontiformes

ヤツメウナギ科 Petromyzontidae

　・スナヤツメ南方種 Lethenteron sp. S

ウナギ目 Anguilliformes

ウナギ科 Anguillidae

・ニホンウナギ Anguilla japonica Temminck & Schlegel, 1846

コイ目 Cypriniformes

コイ科 Cyprinidae

　・ヤリタナゴ Tanakia lanceolata (Temminck & Schlegel, 1846) 

　・アブラボテ Tanakia limbata (Temminck & Schlegel, 1846) 

・カネヒラ Acheilognathus rhombeus (Temminck & Schlegel, 1846)

・シロヒレタビラ Acheilognathus tabira tabira Jordan & Tompson, 1914

・オイカワ Opsariichthys platypus (Temminck & Schlegel, 1846)

・カワムツ Nipponocypris temminckii (Temminck & Schlegel, 1846)

　・ウグイ Pseudaspius hakonensis (Günther, 1877)

・アブラハヤ Rhynchocypris lagowskii steindachneri (Sauvage, 1883)

　・モツゴ Pseudorasbora parva (Temminck & Schlegel, 1846)

・ムギツク Pungtungia herzi Herzenstein, 1892

　・カワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus variegathus (Temminck & Schlegel,1846)

・ビワヒガイ Sarcocheilichthys variegatus microoculus Mori, 1927

・タモロコ Gnathopogon elongatus (Temminck & Schlegel, 1846)

・コウライニゴイ Hemibarbus labeo (Pallas, 1776)

・コウライモロコ Squalidus chankaensis tsuchigae (Jordan & Hubbs, 1925)

・カマツカ Pseudogobio esocinus (Temminck & Schlegel, 1846)

・ナガレカマツカ Pseudogobio agathonectris Tominaga & Kawase, 2019

・ツチフキ Abbottina rivularis (Basilewsky, 1852)

・ヨドゼゼラ Biwia yodoensis Kawase & Hosoya, 2010

 ドジョウ科 Cobitidae

・ドジョウ Misgurnus anguillicaudatus (Cantor, 1842)

　・オオシマドジョウ Cobitis sp. BIWAE type A

・ニシシマドジョウ Cobitis sp.BIWAE type B 

　・オオガタスジシマドジョウ Cobitis magnostriata Nakajima, 2012

・ビワコガタスジシマドジョウ Cobitis minamorii ouminnsis Nakajima, 2012

・チュウガタスジシマドジョウ Cobitis striata striata Ikeda, 1936

・アジメドジョウ Cobitis delicata  Niwa, 1937

 フクドジョウ科 Nemacheilidae

・ナガレホトケドジョウ Lefua torrentis Hosoya, Ito & Miyazaki, 2018

ナマズ目 Siluriformes

ナマズ科 Siluridae

・ナマズ Silurus asotus Linnaeus, 1758

・ビワコオオナマズ Silurus biwaensis (Tomoda, 1961)

・イワトコナマズ Silurus lithophilus (Tomoda, 1961)

アカザ科 Amblycipitidae

・アカザ Liobagrus reini Hilgendorf, 1878

ダツ目 Beloniformes

メダカ科 Adrianichthyidae

・ミナミメダカ Oryzias latipes (Temminck & Schlegel, 1846)

スズキ目 Perciformes

カジカ科 Cottidae

・ウツセミカジカ Cottus reinii Hilgendorf, 1879

ケツギョ科 Sinipercidae

・オヤニラミ Coreoperca kawamebari (Temminck & Schlegel, 1843)

 ドンコ科 Odontobutidae

・ドンコ Odontobutis obscurus (Temminck & Schlegel, 1845)

ハゼ科 Gobiidae

・ウキゴリ Gymnogobius urotaenia (Hilgendorf, 1879)

・ホクリクジュズカケハゼ Gymnogobius sp. 2

・ゴクラクハゼ Rhinogobius similis Gill, 1859

・オウミヨシノボリ Rhinogobius sp. OM

・シマヒレヨシノボリ Rhinogobius tyoni Suzuki, Kimura & Shibukawa 2019

・ビワヨシノボリ Rhinogobius biwaensis Takahashi & Okazaki, 2017

　・カワヨシノボリ Rhinogobius flumineus (Mizuno, 1960)

・ヌマチチブ Tridentiger brevispinis Katsuyama, Arai & Nakamura, 1972

タウナギ目 Synbranchiformes

タウナギ科 Synbranchidae

・タウナギ Monopterus albus (Zuiew, 1793)