Dalam rangka mendukung proses pembangunan di provinsi ke-34, Provinsi Kalimantan Utara, melalui penyaluran dana APBN, pimpinan Direktorat  Jenderal Perbendaharaan membentuk Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tanjung Selor bersamaan dengan Kanwil Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Utara.

Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan PMK 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal DJPb, jajaran pimpinan di Ditjen Perbendaharaan menerbitkan Peraturan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor PER-20/PB/2017 tentang Langkah-Langkah Operasionalisasi Kanwil Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Utara dan KPPN Tanjung Selor.

Atas dasar peraturan dimaksud, KPPN Tanjung Selor bersama-sama dengan Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Utara mempersiapkan operasionalisasi pelayanan pada tahun anggaran 2018. Tepat pada tanggal 1 Januari 2018, KPPN Tanjung Selor secara resmi mulai beroperasi dengan mengambil lokasi di Jalan Sutoyo Nomor 1, Tanjung Selor satu gedung dengan Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Utara. Gedung tersebut merupakan gedung milik Pemerintah Kabupaten Bulungan dengan status pinjam pakai. Hal ini sebagai wujud sinergi antara Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Utara, KPPN Tanjung Selor dan Pemerintah Kabupaten Bulungan demi kemajuan di Provinsi Kalimantan Utara.