Stacks最新バージョンインストール(Ubuntu)

・biocondaには古いバージョンが置いてあるので、公式HP（https://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/）からインストールする

・間違えている箇所があれば、メールいただければ幸いです (k.takata013(a)gmail.com)

1)     古いバージョンを削除 (biocondaでインストールした場合は、bioconda経由で削除: conda uninstall stacks)

2)     適当なディレクトリに移動

　cd dist

3)     公式HPからgzファイルをダウンロード

　wget https://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/source/stacks-2.66.tar.gz

4)     ファイルを解凍

　tar xfvz stacks-2.66.tar.gz

5)     ファイルへ移動

　cd stacks-2.66

6)     コンパイル

　bash configure

＊エラー(configure: error: could not find the zlib library)が出る場合、次のコマンドを実施: sudo apt-get install zlib1g-dev

7)     スレッド数指定

　make -j 16

8)     インストール

　sudo make install

9)     無事にインストールできているか、ustacks等のバージョンを確認

　ustacks -v

参考文献

・Stacks（https://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/）

・Stacksのインストール方法（https://qiita.com/YF_bio/items/70226957b2d378c54cc3）

・configureエラー（https://askubuntu.com/questions/1169754/configure-error-could-not-find-the-zlib-library）