Durante la Conspiración de Querétaro (1809-1810), en la casa de Josefa Ortiz de Domínguez se realizaban reuniones secretas disfrazadas de tertulias literarias. En ellas participaban figuras como Miguel Hidalgo, Ignacio Allende, Juan Aldama e Ignacio Pérez, quienes planeaban un levantamiento armado para el 1 de octubre de 1810. Josefa tuvo un papel muy activo en la organización y comunicación entre los conspiradores. La noche del 13 de septiembre de 1810, las autoridades descubrieron la conspiración y el corregidor Miguel Domínguez fue obligado a encerrar a Josefa en su habitación. Aun así, ella golpeó el piso con su zapato para avisar al alcaide Ignacio Pérez, quien cabalgó hasta San Miguel el Grande para informar a Allende, y así el aviso llegó a Miguel Hidalgo, quien decidió adelantar el movimiento, dando lugar al Grito de Dolores el 16 de septiembre de 1810. Como consecuencia, Josefa fue encarcelada durante tres años en el Convento de Santa Catalina de Siena y luego trasladada a otros lugares de reclusión hasta 1817. Estuvo separada de su familia, pero nunca renunció a sus ideales de independencia ni aceptó beneficios a cambio de retractarse.