Destacan as 22.000 parellas de gaivotas patiamarelas (Larus michahellis) que constitúen a colonia máis grande do mundo e é a especie dominante nas Cíes.
Séguena o corvo mariño cristado, ((Phalacrocorax) con 1.000 parellas, un dos maiores enclaves do mundo desta especie; está cataloga como en Perigo no Libro Vermello das Aves de España.
Gaivota patiamarela
Corvo mariño
Arao dos cons
En 1960 censáronse 400 parellas de arao dos cons, (Uria aalge) case extinguido nas illas.
En Cíes e Ons aniñan o andurón e a noitebra. Atópanse outras especies como o falcón peregrino, e o gabián entre as aves rapaces, pardelas, mascatos, rulas, paxaros carpinteiros e outros paxaros de diferentes clases, que aniñan nas árbores e nos cantís como a choia biquivermella (Pyrrhocorax pyrrhocorax).
Así mesmo, numerosos e variados tipos de aves invernan ou descansan nas súas viaxes migratorias. No Alto dá Campá (Illa do Faro) e no Faro do Peito (San Martiño), existen observatorios ornitolóxicos. Tamén hai na Illa do Faro unha aula da natureza.
No lago de Cíes nas charcas, praias e zonas rochosas é habitual a presenza de garzas, picapeixes, mazaricos e outras aves limícolas. A abundancia de alimentos e os refuxios no lago favorecen a existencia de gran variedade de fauna piscícola: abadexo, maragotas, sargos, cabriñas.
Ourizo cacho
Os mamíferos silvestres que máis abundan son os coellos, ourizos cacho e as londras, e ratos de campo ou morcegos.
Os fondos mariños son dunha gran importancia ecolóxica. Albergan unha gran variedade e crustáceos, poliquetos, moluscos e equinodermos. Ademais, as tartarugas e os mamíferos mariños tamén se soen achegar ó litoral das illas.
Vieira
Nos fondos de area hai poboación de bivalvos como navallas, ameixas ou berberechos, a vieira ou voandeira (Aequipecten Opercularis); e peixes planos que se mimetizan nos fondos: a solla, a raia ou o rodaballo.
Ademais hai poboacións salientábeis de esponxas vermellas, laranxas, brancas e mesmo amarelas, e moitas especies de corais como “as mans do morto” (Alcyonium digitatum).
Mans do morto
Esgonzo ibérico
Hai que destacar a abundancia de réptiles nas illas, favorecida polo clima seco.
Hai réptiles lagartos e cobras; anfibios como píntegas e sapos e invertebrados como os caracois, arañas, escaravellos e bolboretas.
O lagarto arnal é o máis grande de Europa, chega a medir ata 18 Cm. Ademais habitan no arquipélago o escáncer e o esgonzo tridáctilo. Nas Cíes é exclusivo o esgonzo ibérico (Chalcides bedriagai), ou escáncer, réptil da familia dos ánguidos, pequeno e de corpo moi fino, de cor gris prateada ou castaña, con patas moi reducidas. Está en perigo no Libro Vermello dos Anfibios e Réptiles de España. (Chalcides bedriagai) É unha especie de lagarto da familia dos escíndios, endémico da península Ibérica.