Il est conseillé de réaliser tous vos échanges en lettre recommandée avec accusé de réception et de garder une copie de vos envois.
Cette année une plateforme dématérialisée a été mise en place pour le 67.

Concernant le motif 4 'existence d'une situation propre à l'enfant', après ces quelques années de recul, il apparait que devez la formuler et faire apparaître dans votre projet éducatif que vous en tenez compte.

En tout cas plusieurs familles ont reçu des refus car leur projet 'ne faisait pas apparaître de situation propre motivant le projet éducatif', sans connaître la validité légale de ce motif de refus.

Le motif 4 indique : "L'autorisation mentionnée au premier alinéa est accordée pour les motifs suivants, sans que puissent être invoquées d'autres raisons que l'intérêt supérieur de l'enfant"

Construire votre projet autour de l'enfant et pour lui en expliquant en quoi cela lui est bénéfique correspond sans doute plus à ce qui est demandé que d'exposer les convictions pédagogiques des parents par exemple.

Pour la demande d'autorisation vous avez jusqu'au du 1er mars au 31 mai (inclus) précédant l'année scolaire, cachet de la poste faisant foi.

En plus de votre AR, le DASEN doit accuser réception de votre demande en indiquant: quand il l'a reçue, le délai de réponse (et le fait le silence vaut acceptation sous deux mois), ainsi que les coordoonées du service en charge de votre dossier. C'est votre date d'AR qui fait foi pour déclencher le délai des deux mois.
Soyez vigilants, car dans ces courrier l'éducation nationale fait souvent un amalgame et souhaite démarrer ces deux mois a date d'émission du dit courrier réponse. 

Si votre dossier est incomplet le délai de deux mois commence à partir de la date de complétude du dossier. Soit à date de réception des pièces complémentaires nécessaires. Le délai pour faire parvenir ces pièces est fixé à 15 jours maximum.

Une fois le délai de deux mois après réception de votre demande écoulé, l'autorisation d'IEF est implicite (le silence vaut acceptation) et vous pouvez demander votre attestation. Le DASEN est sensé vous faire parvenir un courrier sans délai de cette acceptation et des modalités légales de l'IEF. 

A priori il ne s'agit pas d'un délai franc d'après le site service-public qui explicite la règle du 'Silence vaut accord', même si les textes de lois ne précisent rien.
Néanmoins, les avocats des associations font part que si il y a litige au sujet des "deux mois vaut accord", le juge tend en général en en faveur des administrations.

Un courrier du DASEN qui atteste que votre dossier est complet ne rompt pas le silence. Le silence c'est "l'absence de décision de l'administration ou de réponse invitant l'usager à compléter son dossier". 

Si vous obtenez l'autorisation, vous n'avez rien à déclarer en mairie. Si vous déménagez après l'avoir obtenue, vous informez l'académie (sous huit jours) qui renvoie l'information aux communes concernées et à la nouvelle académie.

Attention pour vos envois en recommandé en ligne avec impression par la poste, une jurisprudence met en garde sur le fait qu'il y a un délai d'impression par les services de la poste !

Attention pour vos envois par voie électronique c'est la date de l'accusé réception ou accusé d'enregistrement qui fait foi, pas votre date d'envoi !