Por ser um recurso de caráter tecnológico e estruturalmente diferenciado do modelo convencional de ensino-aprendizado (livros didáticos), os hipertextos tendem a trazer, juntamente com sua implementação no ambiente escolar, algumas dificuldades, sendo essas: problemas com a ausência de materiais necessários; dificuldade na implantação de atividades que fogem da estrutura linear de ensino; problemas com a adaptação da didática com o uso dos novos recursos. Em contrapartida, o uso da ferramenta como material didático em sala de aula proporciona uma experiência de aprendizado e memorização mais eficaz.
Em 2014, realizou-se em Londrina - PR uma pesquisa de mestrado da UTFPr por Gilberto Chudzik em uma escola de ensino técnico, onde utilizou-se com uma turma de 23 alunos do 4° ano do curso técnico Integrado, o uso dos smartphones para visualização de hipertextos no ensino sobre Fungos e bactérias, na matéria de Biologia. Constatou-se que, a utilização do recurso incomum em sala aumentou significativamente o interesse dos alunos pelo assunto proposto, pois permitiu acesso aos conceitos de forma mais atraente, com maior números de ilustrações e interatividade do aluno com o recurso utilizado. Realizou-se ao final da experiência uma avaliação de aprendizado com os hipertextos no smartphone, onde chegou-se aos seguintes percentuais:
77,8% de acertos nas questões avaliadas com o uso do hipertexto nos Spartphones;
60% de acerto nas questões avaliadas sem o uso do hipertexto nos Smartphones.
A pesquisa aponta que, apesar do resultado satisfatório, notou-se que um fator culminante no processo de aprendizado desses alunos foi o uso de um objeto diferenciado de aprendizagem. Também ressalta-se que houve maior empenho nas atividades realizadas devido a mudança de modelo de ensino utilizada, que possibilitou maior liberdade de escolha aos alunos.
Existem inúmeras possibilidades para o uso dos hipertextos no contexto educacional, desde o ensino infantil até o enino superior. Plataformas de educação a distância (EAD) são desenvolvidas e implementadas na grade curricular de cursos superiores como forma de aprendizagem complementar, reforçando o conteúdo de forma individualizada. Neste modelo de ensino, observa-se a forte presença de hipertextos e hipermídia. Também desenvolvem-se programas de computador e smartphone para o uso pedagógico na educação infantil, com conteúdos adaptados e ilustrados de forma chamativa para a criança, trabalhando em sala sob a condução do professor e proporcionando uma experiência mais significativa.