Einer der Gründe, warum sich die Katharer um Geheimhaltung bemühten, war ihre Lehre von den zwei Christuswesen. Da war der eine, der im heiligen Land lebte und gekreuzigt wurde. Dieser irdische Christus wurde keineswegs nur positiv gesehen. Nach Katharer-Überzeugung war er sündig geworden, weil er mit Maria Magdalena in wilder Ehe lebte und mehrere Kinder zeugte... Aus diesem Grund wurde er gekreuzigt. Der andere Christus durfte aber nicht mit seinem irdischen Pendant verwechselt werden. Er war eine Art Geistwesen ohne fleischliche Bedürfnisse, benötigte weder Speise noch Trank. Er kam in einer unsichtbaren Form zur Welt, wo er ebenfalls gekreuzigt wurde.

Gleichzeitig gab es eine weitere Lehrmeinung, die von der ersten abwich. Demnach hatte Gott zwei Söhnen: Christus und Satan. Beide wurden gekreuzigt: Christus auf Erden, Satan im Himmel. Der irdische Christus wurde als gefallene Seele bezeichnet. Er gleiche jedem Sünder irdischer Herkunft, wurde gelehrt. 

Es gab keine einheitliche kirchliche Front gegen die Katharer. Sie fanden selbst in den Reihen hochangesehener Bischöfe verschiedener Städte Unterstützung. Das ging sogar so weit, dass sich hohe geistliche Würdenträger immer wieder für den Geheimbund einsetzten und aktiv eine Verfolgung verhinderten.

Die Organisation der Kirche der Katharer basierte auf vier Bischöfe mit Sitz in Albi, Toulouse, Carcassonne und Agen. Diese Bischöfe nahmen in der katharischen Kirche jedoch keine hierarchische Funktion wahr. Wichtiger war die Unterscheidung zwischen den Vollkommenen (Perfecti) und den Gläubigen (Credentes).

Als Reaktion auf die sittliche Dekadenz der katholischen Geistlichen waren die Vollkommenen gehalten, ein vorbildliches Leben nach den Prinzipien von Armut, Keuschheit, Demut und Geduld zu führen. Als Reine, denen das Heil gewiss war, wurden sie von den einfachen Gläubigen sehr verehrt.

Die katharische Kirche teilte nur ein einziges Sakrament aus, das sog. Consolamentum (Tröstung). Der Ritus hing davon ab, ob es sich um die Ordination eines Vollkommenen oder die Segnung eines im Sterben liegenden Gläubigen handelte, die allein ihm die Pforte zum Reich des Lichts öffnen konnte. Darüber hinaus versammelten sich die Katharer zu gemeinsamen Andachten.

Die Überzeugungen, Lebensregeln und Riten der Katharer waren der katholischen Mentalität jedoch zutiefst zuwider. Die Ablehnung der traditionellen Sakramente Taufe und Ehe sowie recht freie Sitten und Einstellungen (insbesondere zu Geld und Handel) führten zu heftigen Auseinandersetzungen mit der katholischen Geistlichkeit und war dieser ein Dorn im Auge. Die aus der Sicht der katholischen Kirche sog. "Häresie" konnte sich zunächst in den Städten, den kulturellen und wirtschaftlichen Zentren des Landes, ausbreiten. Dann fasste sie auch auf dem Lande Fuss und grosse Fürsten, wie Roger Trencavel, der Vicomte von Béziers und Carcassonne, und Graf Raymond Roger von Foix, beschützten die Katharer. Die Angst der Katharer vor der Verfolgung war gross. Mancher Parfait befürchtete, sein einmal abgelegtes Gelübde nicht einhalten zu können.

Er zog es dann vor seinem Leben ein Ende zu bereiten. Diese bewusst herbeigeführte Selbsttötung wurde als "Endura" bezeichnet. Man zog sich in eine abgeschiedene Region zurück und nahm keinerlei Nahrung mehr zu sich und verhungerte somit. 

Im Jahre 1150 zog Bernhard von Clairvaux in das Gebiet bei Albi, um die Katharer zu bekehren. Angesichts seiner geringen Erfolge wurde 1179 auf dem 3. Laterankonzil entschieden, weltliche Mittel einzusetzen. Ab 1204 sandte Papst Innozenz III. drei Legaten aus, die gegen die Katharer predigten und den Grafen von Toulouse, Raymond VI., überzeugen sollten, auf die Unterstützung dieser zu verzichten. Dieser weigerte sich jedoch und wurde deshalb exkommuniziert. 1208 wurde einer der drei päpstlichen Legaten ermordet, und sogleich wurde Raymond VI. des Mordes angeklagt.

Dieser Vorfall war Auslöser für den 1. Kreuzzug gegen die Katharer, zu dem Papst Innozenz im März 1208 aufrief. Unter der Führung des Priesters Arnaud-Amaury de Citeaux und später unter Simon de Montfort vereinigten sich die Ritter der Ile-de-France, der Normandie, der Picardie, aus Flandern, der Champagne und dem Burgund sowie rheinische, friesische, bayerische und sogar österreichische Adlige. Der "heilige Krieg" sollte mehr als 20 Jahre dauern. 1209 gab es in Béziers ein Blutbad mit 30 000 Toten. Im August 1209 wurde Carcassonne belagert, Wassermangel zwang die Eingeschlossenen zu Aufgabe. 

1242 unternahm Pierre-Roger de Mirepoix, Herr der Festung Montségur, welche die Hochburg der katharischen Lehre war, einen Feldzug nach Avignonet, um die Mitglieder eines Inquisitionstribunals zu töten. Gleichzeitig liessen sich ca. 6000 Kreuzritter am Fusse der Burg Montségur nieder.

Montségur, in der Region des Languedoc im Süden Frankreichs, nahe bei den Pyrenäen gelegen, thront auf einem wahrhaft imposanten Fels und wirkt wie ein zu Stein gewordenes Adlernest. Der Zahn der Zeit hat im Verlauf der Jahrhunderte an dem mysteriösen Bau genagt und doch versteht man auch heute noch, warum er Montségur genannt wurde.  Der Begriff leitet sich von "Mont Sur" ab: sicherer Berg. Und die Katharer fühlten sich in ihrer Festung sehr sicher. Hier meinten sie, seien sie unerreichbar für die Inquisition. Hier hielten sie die wichtigen Rituale ihres Geheimordens ab, die niemals Uneingeweihten anvertraut wurden. Sie sind uns daher unbekannt geblieben (die Katharer haben das Geheimnis lachend und singend mit sich auf die Scheiterhaufen genommen). Man weiss heute, dass es in Montségur ein "Sonnenzimmer" gab. Wie mögen die Zeremonien ausgesehen haben, die in jenem Raum feierlich begangen wurden?

Im Jahre 1244 umzingelte eine ganze Armee den Berg von Montségur. Die päpstlichen Offiziere waren davon überzeugt, nur durch einen schnellen militärischen Sieg ans Ziel kommen zu können.

In der Nacht zum 1. März standen die Belagerer unmittelbar auf dem Gipfel. Vor ihnen türmte sich die Burg in den pechschwarzen Himmel. Man nahm die Festung aber nicht ein. Den Verteidigern wurde eine Frist von zwei Wochen eingeräumt. Freiwillig sollten sie ihren "sicheren Ort" aufgeben und ihrem Glauben abschwören. Andernfalls werde man sie öffentlich bei lebendigem Leibe verbrennen.