Berbicara tentang lingkungan hidup tentu tidak terhindar dari bencana-bencana alam yang terjadi misalnya masyarakat yang bertempat tinggal di lereng gunung tentunya harus waspada dengan bencana alam gunung meletus atau tanah longsor, sementara masyarakat yang bermukim pada daerah rawan banjir harus hati-hati dengan kedatangan bencana banjir, seperti di desa Sangatta Selatan didaerah bantaran sungai sering terjadi banjir. Walaupun keadaan saluran pembuangan limbah cair / air kotor cenderung lancar, dampak pencemaran limbah industri sampai saat ini belum terasa, tetapi dengan maraknya penebangan kayu ilegal secara besar-besaran yang terjadi disekitar areal hutan dan wilayah Taman Nasional Kutai (TNK) serta keberadaan perusahaan pertambangan Migas Pertamina EP. Sangatta, yang sebagian berlokasi diwilayah desa Sangatta Selatan, sedikit banyaknya turut mempengaruhi kelestarian lingkungan di desa ini. Dalam 3 tahun terakhir sudah 4 kali terjadi bencana banjir di desa Sangatta Selatan dan tercatat 215 KK (900 jiwa) yang bermukim dikawasan rawan banjir ini. Tercatat pula adanya gangguan hidup setahun terakhir berupa pencemaran air, polusi udara serta berkurangnya ruang terbuka hijau yang diadukan ke Kepala Desa, sedangkan keberadaan tambang Migas sudah sejak lama mencemari areal hutan dan rawa termasuk hutan Negara dan lahan sawah yang sementara tidak diusahakan.