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About AI technologies (Free, 一部上位版は有料)

※これらのサービスを使用する際には、個人情報などの機密情報や著作権で保護されたファイルのアップロードは禁止されていますので注意してください。

• perplexity : 論文情報をもとに回答してくれるサービス。ChatGPTなどと同様に使えますが、PubMed情報などを拾ってくれるので有益。RNA-seqで得られた遺伝子名を羅列することで、[遺伝子名]、[PubMedに含まれる〇〇（遺伝子名）と△△（疾患名）の文献数]、[代表的な文献の情報]などを表にまとめるように指示することで、大雑把な理解につなげたりすることができます。

• Elicit : 検索文に関して、短いサマリー（無料版では引用は4報まで）の作成と関連論文を回答してくれるサービス。引用数の情報も得られるため、引用論文の検索に活用できます。

• ChatGPT : 言わずも知れた生成AI。研究内容に関する検索は得意ではないですが、教科書的な「クエン酸回路について教えて」や「英文校正」、「要約」などは得意です。何か文章を作るとき（推薦文、メール文、Cover letterなど）のたたき台を作るのにも活用できます。

• DECIMER : 画像やPDF中の化学構造式を認識して検索できるサービス。すごいのは、構造式の画像（.png）だけでなく、molファイル（.mol）と抽出した化合物すべてのsmiles（.txt）が出力可能なところ。構造式の画質が悪いor表内の部分構造などは使えないので注意。

• Shaper : PDFの文章をコピペした際の改行を除いてくれる優秀なサービス。英文をそのままDeepLに持ち込んで和訳できるのも特徴ですが、PDF内の文章を別ファイルにまとめたいとき（論文セミナーの資料作成でFigure legendをコピペするときなど）に非常に便利。

For DNA, protein and cellular experiments (Free)

[DNA]

• All-IN-ONE SEQ-ANALYZER : DNAやタンパク質の配列の表示を修正する際に便利なサービス。[plain seq] 配列情報から改行を除く。[Comp. seq] リバース側プライマー発注用に1クリックで変換。[Upper case] 小文字で記載の配列を大文字に変換。[Translate] 塩基配列からアミノ酸配列への変換。

• GenomeNet : 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターが提供するゲノムネットデータベースリソースに関するサービス。塩基配列、アミノ酸配列などの検索に便利。

• CLUSTALW (GenomeNet) : FASTA形式で記載した複数の配列をアライメントしてくれるサービス。

• GeneCards : ヒト遺伝子に特化したデータベースサービス。必要な情報は大体ここから抽出できる。

• THE HUMAN PROTEIN ATLAS : ヒトの器官、組織、細胞におけるタンパク質の発現および局在に関するデータベースサービス。がん研究においては、複数のがん種における発現と生存率との関係（Kaplan-Meier plot）などの情報も収載されている。

• gnomAD : The Genome Aggregation Database。大規模シーケンスプロジェクトから得られたエクソームおよびゲノムシーケンスデータを集約したプロジェクト。SNPs情報やその頻度などの情報について網羅的に得ることができる。

• Takara Cut-Site Navigator : 塩基配列から制限酵素切断配列をサーチするサービス。クローニングの際の制限酵素の選択に便利。

[Protein]

• PolyPhen-2 : アミノ酸置換がヒトタンパク質の構造と機能に及ぼす可能性のある影響について予測するサービス。

• RCSB : タンパク質の3次元構造データ (PDB) を集約したサービス。日本版PDBjも同様。

• BIOVIA Discovery Studio Visualizer : タンパク質立体構造の可視化できる無料ソフトの中では圧倒的に使いやすく、視覚的にも綺麗。メールアドレスなど個人情報の登録必要。少しファイルが重たいので注意。

• AlphaFold : Google DeepMindによって開発されたタンパク質の1次配列から立体構造を予測するサービス。Uniprot accession番号などでも検索可。

• SWISS-MODEL : アミノ酸配列の相同性に基づく立体構造予測サービス。Templateが複数選択できることや、予測構造のアセスメント（Ramachandran PlotやMolProbity Results）も表示できる。

• IDEAL : 天然変性タンパク質のデータベース。相互作用部位や変性位置、複合体構造などが収録されている。天然変性タンパク質特有の折りたたみに関わる領域 (Protean Segment, ProS) が液-液相分離 (LLPS) と関連性があることから、LLPS関連のデータベースとしても活用できる。

• BioGRID : タンパク質相互作用データベース。公開文献情報から得られたデータで主要なモデル生物をカバーしている。

[Cell]

• CellAge : 細胞老化に関する遺伝子のデータベース。[Downloading CellAge]からCSVファイルとしてすべての遺伝子の情報も抽出できる。

• Localizatome：酸化ストレス応答に着目したタンパク質局在変化に関するデータベース (2024/5/23時点、8,055種)

• Image J : National Institutes of Health (NIH) が配布しているフリーの画像処理ソフトウェア。ウエスタンブロットや共焦点顕微鏡の画像解析などに使用できる。

• Fiji : Image Jの拡張版。様々なpluginやマクロによってより便利に使用することができる。

For chemical information

• PhaKinPro : 化合物の構造式からの動態パラメーター予測サービス。肝安定性、ミクロソーム中半減期、腎クリアランス、BBB透過性、Caco2膜透過性、血漿中半減期が予測できる。原著論文はRath et al., J. Med. Chem., 67, 8, 6508-18 (2024).

• SMARTCyp : Cytochrome P450s (CYPs) による代謝予測サービス①。

• SuperCYPsPred : Cytochrome P450s (CYPs) による代謝予測サービス②。

Omunibus

• BioRENDER : 生命科学研究のイラスト作成サービス（一部無償版で使用可）。

• 文章比較ツール : 新旧の文章を比較し、差分を表示しれくれるサービス。指導教員に文章を上塗りされたときなどに修正箇所がすぐに分かるので学習効果も高い。

• Heatmapper : Heatmapの作成。網羅的な数値データを可視化する際に使用。信州大学農学部分子細胞機能学研究室HPのプロトコルが分かりやすい。

• 蛋白質科学会アーカイブ : 実用的な実験プロトコールのアーカイブ。タンパク質研究者必見で、細かいこつなどのTipsも。

• Protocols for autophagy analysis : 新学術領域研究「オートファジーの集学的研究　分子基盤から疾患まで」HPで提供されているオートファジー研究のプロトコール集。

• Chem-Station (ケムステ) : 日本最大の化学ポータルサイト。化学の枠にとどまらない幅広い内容で、化学者だけでなく生物系研究者でも楽しめる。

• Amazon URL かんたん短縮メーカー : Amazon商品の長いURLを短縮してくれるサービス。SNSやメールなどにコピペするときにすっきりできるので便利。

• がん種別 治療薬（米国）：一般社団法人 日本癌医療翻訳アソシエイツ(JAMT) が運営する「海外がん医療情報リファレンス」。米国食品医薬品局（FDA）に承認された特定のがん種別薬剤リストが掲載された、米国国立がん研究所（NCI） ページにリンクされている。

Tips

• EndNoteの参考文献リストの出力について: ジャーナルを指定しても要求した形式で文献情報が出力されないことがあります。その時には、Journal Term Listを更新することで改善されます（参照：USACO HP FAQ）。