La Fundación Sur Joven fue creada el 28 de noviembre de 2003, por la Comunidad Salesiana Cristo Rey. Su motivación surge ante la necesidad de ofrecer respuestas concretas a los múltiples riesgos que enfrentan los niños y niñas en situación de extrema necesidad, quienes se ven obligados a trabajar desde temprana edad, saliendo a las calles a ganarse la vida y ayudar a su familia. Inicialmente, el desarrollo del programa de Formación Integral diseñado por la Fundación Sur Joven se vio afectado por la falta de un espacio físico adecuado, pero la Comunidad Salesiana proporcionó un local inicial de 20 metros de largo por 8 metros de ancho, llamado "La casita vieja".
En noviembre de 2004, la Fundación Jóvenes del Tercer Mundo de España (JTM) - actualmente Jóvenes y Desarrollo (JyD) - visitó Barahona y, al constatar las extremas necesidades presentes en el contexto, decidió apoyar a la Fundación Sur Joven. Al constatar las exigencias de los niños y niñas del proyecto y la falta de espacios físicos para operar, JTM decide buscar recursos para financiar la construcción de un edificio que permita la puesta en funcionamiento de los programas pedagógicos, promocionales y de capacitación que conforman la respuesta integral de la Fundación a las limitaciones de sus niños y niñas, que se encuentran en las peores situaciones de riesgo, causadas por la pobreza extrema de la región. Por su parte, la Sociedad Salesiana adquirió terrenos para el proyecto de construcción de la nueva sede y, en abril de 2006, firmó un acuerdo con JTM para garantizar la ejecución del mismo. En el periodo comprendido entre 2006 y 2007, en el marco de un proyecto financiado por la Comunidad de Madrid y Castilla la Mancha, a través de JTM, se inició con la construcción de los dos primeros niveles de un nuevo edificio. En la ceremonia del primer picazo, las palabras inaugurales fueron pronunciadas por el Padre Juan Linares, el Padre Ángel Sánchez y el Señor Gobernador Provincial. Concluida la construcción, la Fundación se encargó de la adquisición de equipamientos y del desarrollo de los procesos pedagógicos previstos. El 26 julio del 2007 se inauguran los primeros dos pisos del nuevo edificio donde encontrará su ubicación oficial la Fundación Sur Joven.
Entre el 2007 y el 2009 el proceso de construcción sigue, con el objetivo de ampliar el edificio y los espacios a disposición de la Fundación, con la finalidad de mejorar y aumentar la oferta de programas y servicios dirigidos a los jóvenes y sus familias. El 18 noviembre 2009 se inauguran las dos últimas plantas del edificio que es hoy la sede la Fundación.
En los últimos años, en el edificio se han ido realizando remodelaciones, adaptaciones, equipamiento y diferentes mejoras. Actualmente el edificio cuenta con varias oficinas, salones y diferentes talleres de formación técnico-profesional.