OS関連

1. Ubuntu： LinuxのDebian系ディストリビューション。早く市民権を得て欲しいものです。有償のWindowsでサポート切れの度に振り回されたくはないので。（オリジナル日本語ページ）
2. Wubi： UbuntuをWindows上で動かすためのソフトウェア。これを使うとHDDのパーティションを分ける必要がありません。（オリジナルページ）

数値計算関連

1. Scilab： フリーウェア。行列計算に特化したオープンソースの数値計算プログラミング言語。MATLABクローン。（オリジナルページ、日本語ページ）
2. FreeMat： フリーウェア。行列計算に特化したオープンソースの数値計算プログラミング言語。MATLABに似ている（のでは）。（オリジナルページ）
3. Octave: フリーウェア。行列計算に特化したオープンソースの数値計算プログラミング言語。MATLABと互換性が良い。（オリジナルページ）
4. Freefem++： フリーウェア。有限要素法の計算に特化したプログラミング言語。（オリジナルページ）

画像・動画処理関連

1. GIMP： フリーの画像処理ソフトウェア。機能はかなり充実していて、Photoshopの代わりとして使えます。（オリジナルページ）
2. WMF2EPS： フリーの画像変換ソフトウェア。LaTeXで用いる図を作成するのに重宝します。Power Pointで図を作成し、WMF形式→EPS形式に変換することできれいな図ができます。（オリジナルページ） ※ 残念ながらWindows 8以降では使えません。
3. Pazera Free MP4 to AVI： MP4 / M4V / MP4V ファイルを、AVI / MPEG-1 / MPEG-2 に変換してくれるソフトウェア。画像サイズの変換など使い勝手が良いです。（オリジナルページ）

CAD関連

1. Creo Elements/Direct Modeling Express： フリーで使えるの3次元CAD。製品版もあるようですが、無料版でも十分な高機能です。（オリジナルページ）
2. AutoDesk： 簡単に3Dモデリング出来るフリーウェア。安価で3Dプリンターが買える時代になったので必見では。（オリジナルページ）

PDF関連

1. CubePDF： フリーのPDF作成・変換ソフト。他にも色々と良いものがあり使ってみましたが、最終的にこれに落ち着きました。（オリジナルページ）
2. pdf_as： フリーのPDFの編集ソフト。結合や分割などが行えます。（ダウンロードページ）

論文執筆支援関連

1. Zotero： フリーの参考文献管理ソフトウェア。論文執筆の参考文献の引用をサポートしてくれます。Zotero本体とZotero Connectorをインストールして使います。論文執筆が随分と楽になりました。（オリジナルページ）

LaTex関連

1. TeXインストーラ3： Tex本体のインストーラ。その他必要な出力ソフトなども同時にインストールできます。（オリジナルページ）
2. Texmaker： Texのエディタ。（オリジナルページ）（修正版ページ）

データベース

1. CoolProp： 流体データベースとしてはNISTのREFPROPが有名ですがCoolPropはフリーです。（オリジナルページ）