application

PhyloStudioは、再現可能な系統解析と論文用出力の作成を支援する統合プラットフォームです。現在、ベータ版として公開しています。配列データの整理、IQ-TREEやMrBayesなどの外部系統解析プログラムの利用、Appendix作成、系統樹出力、人間による確認工程を一つのワークフローとして支援します。なお、PhyloStudioは研究者による判断を置き換えるものではありません。出力されたAppendix、アライメント、系統樹、図表ファイルは、論文やSupplementary materialに使用する前に、必ずユーザー自身で内容を確認してください。

PhyloStudio is currently available as a public beta version. It is designed to support reproducible phylogenetic analysis and manuscript-ready output generation by integrating sequence curation, external phylogenetic programs such as IQ-TREE and MrBayes, and human review steps into a single workflow. Please note that PhyloStudio does not replace critical scientific judgment. All generated appendices, alignments, phylogenetic trees, and figure files should be carefully checked by the user before they are used in manuscripts, supplementary materials, or publications.

　Scientific English Phrase Trainer for Researchers（SciPhrase）は、生命科学分野の研究者・大学院生のために開発した無料の科学英語学習アプリです。研究論文を読む、自分の研究内容を説明する、ゼミで質問する、英語で議論する、論文を書くといった研究活動に必要な英語表現を、実際の研究文脈に基づいて体系的に学習できます。本アプリが対象とする主な分野は、分類学、系統学、進化生物学、形態学、生態学、植物科学、ゲノム科学などです。単なる一般英単語ではなく、研究論文や発表で頻繁に使われる動詞、形容詞、短いフレーズ、読解構文、質疑応答表現を重点的に収録しています。

　SciPhrase v3.0では、1000項目からなる研究英語データセットに加えて、研究活動の具体的な場面に対応した5つの学習モードを新たに搭載しました。各項目には、英語表現、日本語訳、実践的な例文、自然な和訳、使い方の説明を付けています。語彙を暗記するだけでなく、その表現をどのような研究場面で使うのかまで学べるように設計しています。さらに設問とそれに対する解答は、英語から日本語、日本語から英語の両方向に対応しています。選択式問題に加えて記述式問題も搭載しているため、英語表現を見て理解するだけでなく、日本語の意味から英語表現を思い出す訓練ができます。記述式問題では、完全一致だけでなく、曖昧採点にも対応しています。表記ゆれ、軽微なスペルミス、語形変化、同義的な日本語訳などを一定程度許容し、回答を Correct, Almost correct, Incorrect の3段階で判定します。これにより、意味は合っているのに機械的に不正解になる問題を減らし、より実践的な学習ができます。また、不正解だった項目や未学習の項目は、次回以降に優先して出題されます。短時間の学習でも、苦手な表現を効率的に復習できるように設計しています。学習履歴はユーザーのローカル環境に保存され、開発者へ自動送信されることはありません。現在は、macOS版とWeb版を公開しています。macOS版はアプリ形式で利用でき、Web版はブラウザ上で動作します。アプリ本体は相対パスで動作するように構成しており、特定の開発環境や個人フォルダには依存しません。現時点ではAppleによる公証を受けていないmacOSアプリとして配布しています。そのため、初回起動時にmacOSのセキュリティ警告が表示される場合があります。起動できない場合はSciPhrase.app を右クリックして 開くを選択し、表示された確認画面でもう一度 開くを選んでください。あるいは、システム設定 > プライバシーとセキュリティ からアプリの起動を許可してください。