Berdasarkan Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan No 21 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Obat dan Makanan, Deputi Penindakan terdiri dari unit kerja berikut:
1. Direktorat Cegah Tangkal
2. Direktorat Intelijen Obat dan Makanan
3. Direktorat Siber Obat dan Makanan
4. Direktorat Penyidikan Obat dan Makanan