Keadaan santri Dayah Terpadu Darul Mukhlisin berjumlah 565 orang, seluruh santri diwajibkan menetap tinggal (mondok) di asrama yang telah dipersiapkan dayah, santri Dayah Terpadu Darul Mukhlisin Burnijimet terbagi ke dalam 2 tingkat pendidikan, yaitu tingkat wusṭā setingkat dengan Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan tingkat ʻUlyā setingkat dengan Madrasah Aliyah (MA).
Perkembangan data santri Dayah Terpadu Darul Mukhlisin Burnijimet sejak berdirinya mengalami perkembangan, dan jumlah santri saat ini tahun ajaran 2019/2020 mengalami peningkatan dari sebelumnya tahun ajaran 2018/2019 yang hanya berjumlah 494, perkembangan data santri per tahun tetap berada di angka rata-rata 565, sangat sulit bagi dayah untuk menambah jumlah yang lebih besar. Hal ini dikarenakan semakin menjamurnya dayah-dayah di Kabupaten Aceh Tengah dan di Aceh, “pertumbuhan dayah saat ini di kabupaten Aceh Tengah berjumlah 27 dayah, 17 dayah bertipe dan 10 dayah non tipe” .
Masa studi di Dayah Terpadu Darul Mukhlisin Burnijimet adalah 6 tahun, yang terbagi ke dalam 2 tingkat, yaitu: kelas wusṭā 3 kelas setara dengan kelas 1- 2-3 Madrasah Tsanawiyah dan tingkat ʻulyā setara dengan kelas 1-2-3 Madrasah Aliyah, penghitungan kelas di dayah dimulai dari kelas satu hingga kelas enam dengan rincian 1-2-3-4-5-6. Akan tetapi, santri akan mengikuti kelaziman masa studi berdasarkan masa studi pada tingkat Madrasah Tsanawiyah (MTs) selama 3 tahun dan tingkat Madrasah Aliyah (MA) 3 tahun. Setelah menyelesaikan pendidikan tingkat MTs atau Aliyah, maka santri akan memilih keluar dan tercatat sebagai alumni. Maka alumni Dayah Terpadu Darul Mukhlisin Burnijimet adalah santri yang telah menempuh dan menyelesaikan studinya 3 tahun untuk tingkat ʻulyā atau 6 tahun untuk santri tingkat wusṭā lanjut ke tingkatʻulyā.