Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il utilise le métabolisme et les constituants pour se répliquer. Le nom virus est emprunté au latin uirus (« suc, jus, humeur ; venin, poison, mauvaise odeur, infection »). La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes.
On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades :
une forme extracellulaire (unité matérielle indépendante dite virion, quand il y a une capside ou, pour quelques formes, viroïde). Ils sont alors des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'un acide nucléique, souvent englobé dans une capside de protéines ;
une forme intracellulaire (virus intégré sous forme dormante, ou détournant activement la machinerie cellulaire au profit de sa réplication). Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques qui peuvent se répliquer en parasitant tout ou partie du métabolisme de la cellule hôte, que ce soit intégré à un chromosome du génome hôte (on parle alors de provirus) ou parallèlement à lui (cas par exemple des usines à virions).
Pour les humains, sur les environ 5 000 espèces décrites, seules 129 sont pathogènes.
Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert. Selon de nombreuses définitions9 du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation, nutrition, reproduction), les virus ne sont pas des êtres vivants. Cependant en élargissant la définition du vivant à une entité qui diminue le niveau d'entropie et se reproduit en commettant des erreurs, les virus pourraient être considérés comme vivants.
Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent l'Homme depuis des siècles. Des hiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique ; des écrits de l’Antiquité gréco-romaine et d’Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales.
À la fin du xixe siècle, la conception d’agents infectieux qui ne fussent ni des bactéries, ni des champignons, ni des parasites, et que l’on ne pût déceler au microscope optique, était encore difficile. Le médecin testerin Jean Hameau avait fait un premier exposé sur les virus en 1837 devant la Société royale de médecine de Bordeaux, Réflexions sur les virus, puis devant l’Académie nationale de médecine en 1843. Son Mémoire sur les virus est présenté en séance de l’Académie de médecine le 14 avril 1850.
Comprendre les virus en les comparant aux bactéries (vidéo ci-après)
En 2018, on recense 129 espèces de virus impliqués dans des maladies humaines.
Le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la mononucléose infectieuse sont des exemples de pathologies humaines relativement courantes d'origine virale. On connaît d'autres exemples plus nocifs comme le SIDA, certains coronavirus (SRAS, covid-19), la grippe aviaire, la variole, ou la maladie à virus Ebola, fièvre hémorragique causées par le virus Ebola.
Quelques exemples de virus pathogènes pour Homo sapiens :
Virus de la variole
Virus de la grippe
Virus de la fièvre jaune
Virus de l'Hépatite C
Virus simien 40 ou SV40
Coronavirus (SRAS, MERS et COVID-19)
Dangerosité d'un virus : selon le professeur Arnaud Fontanet, épidémiologiste, qui dirige l’unité d’épidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur de Paris, les caractéristiques d'un virus dangereux :
transmission respiratoire ;
taux de reproduction de base supérieure à 2 ;
taux de mortalité supérieur à 1/1000 ;
temps de génération inférieure à trois jours ;
contagion avant l'apparition des symptômes.
On sait, depuis la fin du XXe siècle, que l'océan mondial est un immense réservoir de virus, de la surface aux évents hydrothermaux en passant par l'Arctique et les sédiments marins. Dans l'eau de mer, la concentration en particules virales est de 106 à 108 particules par millilitre. En surface et près des rivages, les concentrations en virus habituellement rencontrées sont de l'ordre de 107 virus par millilitre (soit dix mille virus par millimètre cube (un millième de mililitre)) ; la concentration décroissant avec la profondeur et la distance au rivage. Des concentrations plus élevées (108 à 109 / cm3) se rencontrent dans les sédiments marins proches de la surface.
Ces virus jouent dans l'océan un rôle majeur dans le contrôle des blooms planctoniques, ainsi que dans les cycles biogéochimiques, en particulier dans le cycle du carbone océanique (quotidiennement environ 20 % des organismes constituant la biomasse microbienne océanique totale est tuée par des virus ; ces derniers s'attaquent massivement au phytoplancton et au zooplancton, mais aussi aux bactéries et cyanophycées).
Grâce aux progrès de la cytométrie en flux et de l'analyse génétique (métagénomique notamment), en quelques décennies les chercheurs ont inventorié près de 200 000 types de populations virales en mer (en 2019, on en comptait 195 728 exactement, un chiffre douze fois plus élevé que celui de l'évaluation faite en 2016) ; 90 % des virus identifiés en mer entre 2016 et 2019 étaient jusqu'alors inconnus de la science. Remarque : on ne parle pas ici d'espèces mais de populations, au sein desquelles il y a plus de flux de gènes dans un groupe qu'entre groupes de virus (si les virus séquencés partagent au moins 95 % de leur ADN, alors ils sont classés dans une même population distincte des autres).
En 2007 on a estimé qu'il pourrait y avoir environ 1030 virus dans l'océan ; étirés et mis bout à bout, ils formeraient une ligne s'étendant au-delà des 60 galaxies les plus proches. Et chaque seconde il y aurait environ 1023 infections virales dans l'océan, jouant un rôle majeur dans l'évolution et l'entretien de la biodiversité marine. L'abondance virale semble liée à l'abondance et à la productivité en procaryotes, mais cette relation varie selon les environnements marins, notamment en fonction de la température.
L'information génétique de ces virus est stockée sous forme d'ADN.
Groupe I – Virus à ADN à double brin
Ordre des Caudovirales (bactériophages à queue).
Famille des Myoviridae - exemple phage T4
Famille des Podoviridae
Famille des Siphoviridae - exemples : phage λ ; phage T5
Non attribué
Famille des Ascoviridae
Famille des Adenoviridae - exemples kératites, angines ou diarrhées
Famille des Asfiviridae
Famille des Baculoviridae
Famille des Corticoviridae
Famille des Fuselloviridae
Famille des Guttaviridae
Famille des Herpesviridae - exemples les virus humains de l'herpès ou le VZV (virus varicelle-zona)
Famille des Iridoviridae
Famille des Lipothrixviridae
Famille des Nimaviridae
Famille des Marseilleviridae
Famille des Mimiviridae - exemples Mimivirus (Acanthamoeba polyphaga mimivirus) ou Tupanvirus
Famille des Papovaviridae - exemples Papillomavirus ou Polyomavirus (virus simien 40)
Famille des Phycodnaviridae
Famille des Plasmaviridae
Famille des Poxviridae - exemples virus de la vaccine, virus de la variole
Famille des Rudiviridae
Famille des Tectiviridae
Groupe II – Virus à ADN à simple brin
bactériophages non classés
Famille des Inoviridae
Famille des Microviridae
Virus non classés
Famille des Geminiviridae
Famille des Circoviridae
Famille des Nanoviridae
Famille des Parvoviridae - exemple Parvovirus B19 (qui dépend d'une co-infection à adénovirus pour la croissance)
Genres non classés
Anellovirus - exemple Torque teno virus
L'information génétique est stockée sous forme d'ARN.
Groupe III – Virus à ARN à double brin
Famille des Birnaviridae
Famille des Chrysoviridae
Famille des Cystoviridae
Famille des Hypoviridae
Famille des Partitiviridae
Famille des Reoviridae - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus
Famille des Totiviridae
Genres non classés
Endornavirus - exemple Vicia faba endornavirus
Groupe IV – Virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager)
Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")
Famille des Arteriviridae
Famille des Coronaviridae - exemple Coronavirus 🦠
Famille des Roniviridae
Non attribué
Famille des Astroviridae
Famille des Barnaviridae
Famille des Bromoviridae
Famille des Caliciviridae - exemple virus de Norwalk
Famille des Closteroviridae
Famille des Comoviridae
Famille des Dicistroviridae
Famille des Flaviviridae - exemples virus de la fièvre jaune, virus du Nil occidental, virus de l'hépatite C, virus de la dengue
Famille des Flexiviridae
Famille des Hepeviridae - exemple virus de l'hépatite E
Famille des Leviviridae
Famille des Luteoviridae
Famille des Marnaviridae
Famille des Narnaviridae - virus à ARN nus
Famille des Nodaviridae
Famille des Picornaviridae - exemples virus de la Poliomyélite, Rhinovirus, virus de l'hépatite A, Coxsackie A virus et Coxsackie B virus
Famille des Potyviridae
Famille des Sequiviridae
Famille des Tetraviridae
Famille des Togaviridae - exemple Rubivirus (virus de la rubéole)
Famille des Tombusviridae
Famille des Tymoviridae
Famille des Virgaviridae, regroupant six genres5 :
Genre Furovirus - espèce-type Soil-borne wheat mosaic virus
Genre Hordeivirus - espèce-type Barley stripe mosaic virus
Genre Pecluvirus - espèce-type Peanut clump virus
Genre Pomovirus - espèce-type Virus de la fasciation de la pomme de terre (Potato mop-top virus)
Genre Tobamovirus - espèce-type Virus de la mosaïque du tabac (Tobacco mosaic virus)
Genre Tobravirus - espèce-type Tobacco rattle virus
Genres non classés
Genre Benyvirus - exemple Beet necrotic yellow vein virus
Genre Cheravirus - exemple Cherry rasp leaf virus
Genre Idaeovirus - exemple Raspberry bushy dwarf virus
Genre Machlomovirus - exemple Maize chlorotic mottle virus
Genre Ourmiavirus - exemple Ourmia melon virus
Genre Sadwavirus - exemple Satsuma dwarf virus
Genre Sobemovirus - exemple Southern bean mosaic virus, panachure jaune du riz
Genre Umbravirus - exemple Carrot mottle virus
Groupe V – Virus à ARN simple brin à polarité négative
Ordre Mononegavirales (virus à polarité négative non-segmentés)
Famille des Bornaviridae - Borna disease virus
Famille des Filoviridae - exemple virus Ebola, virus Marburg
Famille des Paramyxoviridae - exemples virus de la rougeole, virus des oreillons
Famille des Rhabdoviridae - exemples virus de la rage
Virus à polarité négative segmentés
Famille des Arenaviridae - exemples virus de la fièvre de Lassa, virus Junin (fièvres d'Amérique du Sud)
Famille des Bunyaviridae - exemple Bunyavirus, Phleboviruset Hantavirus
Famille des Orthomyxoviridae - virus de la grippe (A, B, C, D)
Genres non classés
Genre Deltavirus - exemple virus de l'hépatite delta
Genre Ophiovirus - exemple Citrus psorosis virus
Genre Tenuivirus - exemple Rice stripe virus
Genre Varicosaivirus - exemple Lettuce big-vein associated virus
Source page Wikipedia "virus" et "classification des virus"