Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont il utilise le métabolisme et les constituants pour se répliquer. Le nom virus est emprunté au latin uirus (« suc, jus, humeur ; venin, poison, mauvaise odeur, infection »). La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes.

On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades :

1. une forme extracellulaire (unité matérielle indépendante dite virion, quand il y a une capside ou, pour quelques formes, viroïde). Ils sont alors des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'un acide nucléique, souvent englobé dans une capside de protéines ;

2. une forme intracellulaire (virus intégré sous forme dormante, ou détournant activement la machinerie cellulaire au profit de sa réplication). Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques qui peuvent se répliquer en parasitant tout ou partie du métabolisme de la cellule hôte, que ce soit intégré à un chromosome du génome hôte (on parle alors de provirus) ou parallèlement à lui (cas par exemple des usines à virions).

Pour les humains, sur les environ 5 000 espèces décrites, seules 129 sont pathogènes.

Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert. Selon de nombreuses définitions⁹ du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation, nutrition, reproduction), les virus ne sont pas des êtres vivants. Cependant en élargissant la définition du vivant à une entité qui diminue le niveau d'entropie et se reproduit en commettant des erreurs, les virus pourraient être considérés comme vivants.

Histoire

Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent l'Homme depuis des siècles. Des hiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique ; des écrits de l’Antiquité gréco-romaine et d’Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales.

À la fin du xix^e siècle, la conception d’agents infectieux qui ne fussent ni des bactéries, ni des champignons, ni des parasites, et que l’on ne pût déceler au microscope optique, était encore difficile. Le médecin testerin Jean Hameau avait fait un premier exposé sur les virus en 1837 devant la Société royale de médecine de Bordeaux, Réflexions sur les virus, puis devant l’Académie nationale de médecine en 1843. Son Mémoire sur les virus est présenté en séance de l’Académie de médecine le 14 avril 1850.

Comprendre les virus en les comparant aux bactéries (vidéo ci-après)

Maladies humaines

En 2018, on recense 129 espèces de virus impliqués dans des maladies humaines.

Le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la mononucléose infectieuse sont des exemples de pathologies humaines relativement courantes d'origine virale. On connaît d'autres exemples plus nocifs comme le SIDA, certains coronavirus (SRAS, covid-19), la grippe aviaire, la variole, ou la maladie à virus Ebola, fièvre hémorragique causées par le virus Ebola.

Quelques exemples de virus pathogènes pour Homo sapiens :

• VIH, virus du SIDA

• Virus coxsackie A

• Virus Ebola

• Virus de la variole

• Virus de la grippe

• Virus de la fièvre jaune

• Virus du Nil occidental

• Cytomégalovirus

• Rotavirus

• Virus de l'Hépatite C

• Virus simien 40 ou SV40

• Coronavirus (SRAS, MERS et COVID-19)

Dangerosité d'un virus : selon le professeur Arnaud Fontanet, épidémiologiste, qui dirige l’unité d’épidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur de Paris, les caractéristiques d'un virus dangereux :

• transmission respiratoire ;

• taux de reproduction de base supérieure à 2 ;

• taux de mortalité supérieur à 1/1000 ;

• temps de génération inférieure à trois jours ;

• contagion avant l'apparition des symptômes.

Omniprésence des virus

On sait, depuis la fin du XX^e siècle, que l'océan mondial est un immense réservoir de virus, de la surface aux évents hydrothermaux en passant par l'Arctique et les sédiments marins. Dans l'eau de mer, la concentration en particules virales est de 10⁶ à 10⁸ particules par millilitre. En surface et près des rivages, les concentrations en virus habituellement rencontrées sont de l'ordre de 10⁷ virus par millilitre (soit dix mille virus par millimètre cube (un millième de mililitre)) ; la concentration décroissant avec la profondeur et la distance au rivage. Des concentrations plus élevées (10⁸ à 10⁹ / cm³) se rencontrent dans les sédiments marins proches de la surface.

Ces virus jouent dans l'océan un rôle majeur dans le contrôle des blooms planctoniques, ainsi que dans les cycles biogéochimiques, en particulier dans le cycle du carbone océanique (quotidiennement environ 20 % des organismes constituant la biomasse microbienne océanique totale est tuée par des virus ; ces derniers s'attaquent massivement au phytoplancton et au zooplancton, mais aussi aux bactéries et cyanophycées).

Grâce aux progrès de la cytométrie en flux et de l'analyse génétique (métagénomique notamment), en quelques décennies les chercheurs ont inventorié près de 200 000 types de populations virales en mer (en 2019, on en comptait 195 728 exactement, un chiffre douze fois plus élevé que celui de l'évaluation faite en 2016) ; 90 % des virus identifiés en mer entre 2016 et 2019 étaient jusqu'alors inconnus de la science. Remarque : on ne parle pas ici d'espèces mais de populations, au sein desquelles il y a plus de flux de gènes dans un groupe qu'entre groupes de virus (si les virus séquencés partagent au moins 95 % de leur ADN, alors ils sont classés dans une même population distincte des autres).

En 2007 on a estimé qu'il pourrait y avoir environ 10³⁰ virus dans l'océan ; étirés et mis bout à bout, ils formeraient une ligne s'étendant au-delà des 60 galaxies les plus proches. Et chaque seconde il y aurait environ 10²³ infections virales dans l'océan, jouant un rôle majeur dans l'évolution et l'entretien de la biodiversité marine. L'abondance virale semble liée à l'abondance et à la productivité en procaryotes, mais cette relation varie selon les environnements marins, notamment en fonction de la température.

Les familles de virus

Virus à ADN

L'information génétique de ces virus est stockée sous forme d'ADN.

Groupe I – Virus à ADN à double brin

• Ordre des Caudovirales (bactériophages à queue).

  • Famille des Myoviridae - exemple phage T4

  • Famille des Podoviridae

  • Famille des Siphoviridae - exemples : phage λ ; phage T5

• Non attribué

  • Famille des Ascoviridae

  • Famille des Adenoviridae - exemples kératites, angines ou diarrhées

  • Famille des Asfiviridae

  • Famille des Baculoviridae

  • Famille des Corticoviridae

  • Famille des Fuselloviridae

  • Famille des Guttaviridae

  • Famille des Herpesviridae - exemples les virus humains de l'herpès ou le VZV (virus varicelle-zona)

  • Famille des Iridoviridae

  • Famille des Lipothrixviridae

  • Famille des Nimaviridae

  • Famille des Marseilleviridae

  • Famille des Mimiviridae - exemples Mimivirus (Acanthamoeba polyphaga mimivirus) ou Tupanvirus

  • Famille des Papovaviridae - exemples Papillomavirus ou Polyomavirus (virus simien 40)

  • Famille des Phycodnaviridae

  • Famille des Plasmaviridae

  • Famille des Poxviridae - exemples virus de la vaccine, virus de la variole

  • Famille des Rudiviridae

  • Famille des Tectiviridae

Groupe II – Virus à ADN à simple brin

• bactériophages non classés

  • Famille des Inoviridae

  • Famille des Microviridae

• Virus non classés

  • Famille des Geminiviridae

  • Famille des Circoviridae

  • Famille des Nanoviridae

  • Famille des Parvoviridae - exemple Parvovirus B19 (qui dépend d'une co-infection à adénovirus pour la croissance)

  • Genres non classés

    • Anellovirus - exemple Torque teno virus

Virus à ARN

L'information génétique est stockée sous forme d'ARN.

Groupe III – Virus à ARN à double brin

• • Famille des Birnaviridae

  • Famille des Chrysoviridae

  • Famille des Cystoviridae

  • Famille des Hypoviridae

  • Famille des Partitiviridae

  • Famille des Reoviridae - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus

  • Famille des Totiviridae

• Genres non classés

  • Endornavirus - exemple Vicia faba endornavirus

Groupe IV – Virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager)

• Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")

  • Famille des Arteriviridae

  • Famille des Coronaviridae - exemple Coronavirus 🦠

  • Famille des Roniviridae

• Non attribué

  • Famille des Astroviridae

  • Famille des Barnaviridae

  • Famille des Bromoviridae

  • Famille des Caliciviridae - exemple virus de Norwalk

  • Famille des Closteroviridae

  • Famille des Comoviridae

  • Famille des Dicistroviridae

  • Famille des Flaviviridae - exemples virus de la fièvre jaune, virus du Nil occidental, virus de l'hépatite C, virus de la dengue

  • Famille des Flexiviridae

  • Famille des Hepeviridae - exemple virus de l'hépatite E

  • Famille des Leviviridae

  • Famille des Luteoviridae

  • Famille des Marnaviridae

  • Famille des Narnaviridae - virus à ARN nus

  • Famille des Nodaviridae

  • Famille des Picornaviridae - exemples virus de la Poliomyélite, Rhinovirus, virus de l'hépatite A, Coxsackie A virus et Coxsackie B virus

  • Famille des Potyviridae

  • Famille des Sequiviridae

  • Famille des Tetraviridae

  • Famille des Togaviridae - exemple Rubivirus (virus de la rubéole)

  • Famille des Tombusviridae

  • Famille des Tymoviridae

  • Famille des Virgaviridae, regroupant six genres⁵ :

    • Genre Furovirus - espèce-type Soil-borne wheat mosaic virus

    • Genre Hordeivirus - espèce-type Barley stripe mosaic virus

    • Genre Pecluvirus - espèce-type Peanut clump virus

    • Genre Pomovirus - espèce-type Virus de la fasciation de la pomme de terre (Potato mop-top virus)

    • Genre Tobamovirus - espèce-type Virus de la mosaïque du tabac (Tobacco mosaic virus)

    • Genre Tobravirus - espèce-type Tobacco rattle virus

  • Genres non classés

    • Genre Benyvirus - exemple Beet necrotic yellow vein virus

    • Genre Cheravirus - exemple Cherry rasp leaf virus

    • Genre Idaeovirus - exemple Raspberry bushy dwarf virus

    • Genre Machlomovirus - exemple Maize chlorotic mottle virus

    • Genre Ourmiavirus - exemple Ourmia melon virus

    • Genre Sadwavirus - exemple Satsuma dwarf virus

    • Genre Sobemovirus - exemple Southern bean mosaic virus, panachure jaune du riz

    • Genre Umbravirus - exemple Carrot mottle virus

Groupe V – Virus à ARN simple brin à polarité négative

• Ordre Mononegavirales (virus à polarité négative non-segmentés)

  • Famille des Bornaviridae - Borna disease virus

  • Famille des Filoviridae - exemple virus Ebola, virus Marburg

  • Famille des Paramyxoviridae - exemples virus de la rougeole, virus des oreillons

  • Famille des Rhabdoviridae - exemples virus de la rage

• Virus à polarité négative segmentés

  • Famille des Arenaviridae - exemples virus de la fièvre de Lassa, virus Junin (fièvres d'Amérique du Sud)

  • Famille des Bunyaviridae - exemple Bunyavirus, Phleboviruset Hantavirus

  • Famille des Orthomyxoviridae - virus de la grippe (A, B, C, D)

  • Genres non classés

    • Genre Deltavirus - exemple virus de l'hépatite delta

    • Genre Ophiovirus - exemple Citrus psorosis virus

    • Genre Tenuivirus - exemple Rice stripe virus

    • Genre Varicosaivirus - exemple Lettuce big-vein associated virus

Source page Wikipedia "virus" et "classification des virus"