Data de 1110 y en su exterior destaca la esbelta torre románica y el ábside gótico.
A principios del siglo XIII, como parte de un ambicioso plan arquitectónico, se construyó la cabecera de una nueva iglesia, pero su fábrica no pudo terminarse según se había concebido. Se concluyó con la adición de una sencilla nave cuyo espacio está dividido visualmente por arcos diafragma apuntados, cubierta con techumbre de madera y decorada con pinturas murales (desaparecidas a causa de un desgraciado revoque de los muros). Se conserva una inscripción pintada, según la cual tales pinturas fueron terminadas en 1284 por Gil de Castiello y Pedro de Osieto.
En 1621 fue donada a las monjas carmelitas calzadas, que construyeron el convento. Es por estas hermanas y por la advocación del santo titular de este convento por lo que se conoce popularmente a este centro como las Miguelas.
La iglesia dedicada a San Miguel fue fundada en 1110 en terrenos donados por Alfonso I el Batallador y fue centro de un conjunto asistencial, dependiente del cabildo catedralicio, que comprendía hospital, lazareto y cementerio. De la iglesia, terminada entre 1150 y 1160, en la actualidad sólo se conserva la torre campanario.