En el campo La Buena Suerte mientras esperaban al Juez, se realizo una prolija inspección ocular con la información que suministraba Banks, al finalizar se realizó el mismo procedimiento en El Trebol, en todo momento se evidenciaba contradicciones gravísimas, lo que les llevo a pensar que era imposible que los hechos se hubieran sucedidos en la forma que se relataba.

Luego sabrían los investigadores, y así lo afirma el Fiscal en la acusación que el peón en realidad había sido engañado por el hacendado que lo llevó hasta allí y le disparó para que no se interpusiera en sus planes. El cuerpo de Loiza, fue hallado días después. Mateo, insistió que los peones habían matado a sus familiares pero fueron declaraciones largas, ambiguas y confusas; colmadas de detalles y numerosas referencias acerca cómo encontró los cuerpos y cómo los asistió mientras agonizaban.

El 23 de abril cambió de versión. Dijo que la noche del crimen había estado tomando caña con Gaitán, y que en un momento tuvo una “sensación inexplicable de alegría”. Afirmó que estuvieron largo rato y que en un momento la conversación viró en un pacto de sangre. Él estaba enojado con sus hermanos y el peón le dijo “que había concluido con todos”. Entonces lo habría querido extorsionar, y cobrarle dos mil pesos por cada asesinato; motivo que él consideró suficiente para dispararle.

El 24 de abril de 1922, volvió a declarar. Esta vez confesó que fue “el único autor de las muertes” de sus hermanos, de su cuñada Julia Dillon y de sus sobrinas menores, Cecilia y Sarita. El motivo: “quedarse con las haciendas”. Dijo que les disparó con la escopeta Full ChoKed N 1399 con cabo de madera porque había sido descubierto en sus planes, y no podía dejar testigos. Después volvería sobre sus dichos, y diría que le habían sacado esa declaración bajo tortura.

En mayo de ese año, los médicos que lo peritaron en el Hospital Melchor Romero de La Plata determinaron que podría responder penalmente por esos hechos. En su informe fijaron: “1° Mateo B. no padece de enfermedad física alguna. 2° Mateo B. no padece de enfermedad mental. 3° En ningún momento de la vida de este sujeto ha existido un desórden (dixit) cerebral”.

Es la sentencia, la que narran los sucesos. El 12 de marzo de 1923, el jurado formado por Lisandro Salas, Armando Pessagno, y Aldo Bravo Almonacid lo condenó a prisión perpetua. Su defensor cuestionó la forma en la que se había incorporado prueba por lectura, sin que los testigos volvieran a estar en la sala y presentó un listado de casi 30 ausentes. El caso llegó a la Cámara de Apelación y de allí a la Suprema Corte provincial. Le dieron la razón y hubo un nuevo juicio. Esta vez, el 14 de junio de 1924, la Cámara 3era. de Apelaciones de La Plata le impuso la pena de reclusión perpetua por los homicidios; pero lo absolvió por la tentativa de envenenamiento y el delito de falsificación de instrumento público, que no consideraron lo suficientemente probado.

Banks ingresó a la Penitenciaría Nacional el 28 de marzo de 1925, procedente de la cárcel de La Plata. En febrero de 1926 fue trasladado a la cárcel del fin del mundo, en Tierra del Fuego, donde vivió 10 años. En 1936, por su avanzada edad, lo volvieron a llevar a la penitenciaría en la capital, donde permaneció hasta cumplir 20 años de prisión. Durante su encierro sólo sufrió una amonestación, y se ocupó de hacer buena letra, primero trabajando en “encuadernación y lavadero” y después “con regular aprovechamiento en tareas de limpieza”.

En 1942 Banks consiguió un permiso de libertad condicional; la pena le había sido reducida, por su buena conducta intracarcelaria. Había pagado su deuda con la sociedad y a ella se reintegraba.

Intentó regresar a Azul, pero la repulsa social se lo impidió. Su nombre y sus crímenes eran tan famosos que hasta habían inspirado dos tangos: Doctor Carús, de Martín Montes de Oca, y Don Maté 8 (léase "Mateocho", el apodo con el que lo había bautizado la prensa), con música de Domingo Cristino y letra de José Ponzio.

Para sobrevivir, Mateo Banks cambió de identidad y se trasladó a Buenos Aires. Con documentos falsos a nombre de Eduardo Morgan, alquiló una pieza sin baño en la pensión de la calle Ramón Falcón 2178, en el barrio de Flores. El mismo día de la mudanza, con una toalla y un jabón, se dirigió Mateo Banks hasta el final del pasillo, entró en el baño y cerró con llave. Se desnudó y al meterse en la bañera resbaló. El golpe en la cabeza le provocó la muerte. Tenía 77 años.

Es importante mencionar que Banks había escrito sus memorias, en mas de 1200 paginas y con instrucciones precisas para su difución; estos escritos quedaron en la caja fuerte del penal de Ushuaia, y en el que Mateo habría cumplido la totalidad de la pena, pero por avatares del destino nunca se supo bien que paso con las mismas, solo se dijo que esos documentos se perdieron.