Эффективность деятельности по реализации основной образовательной программы Лицея определяется посредством муниципальной системы оценки качества образования. Анализируя данные информационно-аналитических справок о результатах оценки качества образовательной деятельности муниципальных ОУ за три последних года можно наблюдать положительную динамику в показателях эффективности деятельности лицея. Лицей им. Г.Ф. Атякшева является школой года города Югорска (2015,2016,2017,2018) и занимает лидирующую позицию среди ОУ города по эффективности деятельности (2019).