Pada Musyawarah Besar PH-PPKM Al-Asy'ari Unisba ke-XVII Tahun Jihad 2000–2001 yang berlangsung di Kampus II Ciburial, BOM-PAI yang kala itu masih berstatus Badan Otonom (Badan Otonom Mentoring PAI) di bawah manajemen organisasi PH-PPKM Al-Asy'ari, resmi berpisah dan membentuk lembaga kemahasiswaan baru.
Lembaga baru ini diberi nama Badan Operasional Mentoring PAI (BOM-PAI) yang berkedudukan di bawah koordinasi Pembantu Rektor III (Bagian Kemahasiswaan) dengan status sebagai Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM).
Keputusan BOM-PAI untuk mandiri (berpisah dari PH-PPKM Al-Asy'ari) didasari oleh beberapa landasan historis utama, antara lain:
Bukan Karena Konflik: Dipastikan bahwa perpisahan ini sama sekali tidak didasari oleh adanya konflik antar-kedua lembaga.
Perluasan Garapan Dakwah: Semakin meluasnya jangkauan dakwah di lingkungan UNISBA menuntut hadirnya lembaga-lembaga yang lebih fokus pada sasaran strategisnya masing-masing.
PH-PPKM Al-Asy'ari memfokuskan diri pada Syiar Islam secara lebih luas kepada seluruh civitas akademika UNISBA.
BOM-PAI memfokuskan diri secara khusus pada pembinaan keislaman bagi Mahasiswa Baru.
Pertumbuhan Organisasi: Semakin bertambahnya jumlah pengurus, sehingga dibutuhkan wadah aktivitas baru yang terstruktur untuk menampung potensi seluruh kader.
Lambang BOM-PAI UNISBA (logo resmi) adalah gambar Ka'bah berwarna hitam yang dilingkari dengan nama lembaga "Badan Operasional Mentoring Pendidikan Agama Islam Unisba" berwarna biru muda, dan dibingkai dua bintang segi delapan berwarna hijau tua. Garis pada lapisan luar tebal dan garis pada lapisan dalam tipis.
Hijau Tua pada dua bintang segi delapan: Simbol sebagai pemancar keteduhan, artinya dapat memancarkan keteduhan dalam berpartisipasi dan berkontribusi kepada Islam di UNISBA.
Hitam pada gambar Ka'bah: Simbol keteguhan dalam menjalankan kehidupan sehari-hari berdasarkan Al-Qur'an dan As-Sunnah dan mudah menyerap ilmu yang ada.
Biru Muda pada lingkaran nama lembaga: Simbol kehidupan organisasi yang dinamis menyesuaikan dengan kondisi yang terjadi.
Bingkai dua bintang segi delapan: Simbol wujud partisipasi dan kontribusi kepada Islam di Unisba di seluruh penjuru mata angin (setiap melangkah ke arah mana pun).
Partisipasi direpresentasikan dengan garis pada lapisan dalam.
Kontribusi direpresentasikan dengan garis pada lapisan luar.
Gambar Ka'bah yang dilingkari nama lembaga: Simbol wujud afiliasi BOM-PAI UNISBA kepada Islam di UNISBA.