Llevar a Ellie hasta los Luciérnagas para que busquen una cura contra el Cordyceps. Una cepa mutada del hongo Cordyceps comenzó a propagarse a finales de septiembre de 2013. El Cordyceps se originó en América del Sur y llegó a los humanos a través de cultivos infectados.

El hongo crece mientras el huésped aún está vivo, y los huéspedes pasan por cuatro etapas de infección. La etapa uno comienza dentro de los dos días posteriores a la infección, en la que el huésped pierde su función cerebral superior (y con ella, su humanidad), lo que los vuelve hiperagresivos e incapaces de razonar o pensar racionalmente. En dos semanas, el huésped ingresa en la etapa dos de la infección, en la que el hongo comienza a alterar su vista como resultado del crecimiento progresivo de hongos sobre la cabeza y la corrupción de su corteza visual. Después de un año de infección, la infección entra en la etapa tres; dejándoles cicatrices en la cara y cegándolos, lo que provocó que desarrollaran una forma primitiva de ecolocalización para compensar. En casos muy raros, si el anfitrión sobrevive durante más de una década, alcanza la etapa cuatro. Desarrollan placas fúngicas endurecidas sobre la mayor parte de su cuerpo. Cuando el hongo mata al huésped, el cuerpo del huésped desarrolla proyecciones fúngicas similares a tallos que liberan esporas infecciosas. La infección también se puede propagar a través de mordeduras de huéspedes vivos. Los huéspedes solo pueden infectarse mientras están vivos, ya que el hongo no puede infectar cadáveres debido a su naturaleza parasitaria, aunque los muertos infectados pueden liberar esporas independientemente de la etapa. La infección parece incapaz de propagarse en áreas al aire libre, como el campo, aunque algunas de estas áreas poseen una alta población de infectados. La infección prospera principalmente en áreas subterráneas o cerradas que las personas suelen evitar, especialmente en alcantarillas, túneles subterráneos y algunos edificios.

Nos encontramos ahora en octubre de 2028 en la zona de cuarentena IES Al-Ándalus. 15 años después, se hace evidente que la pandemia ha destruido a la humanidad habiendo aniquilado a más de la mitad de la población mundial. Los supervivientes en España, que se ha convertido en un estado marcial bajo el control del ejército ante el colapso del gobierno democrático, viven en lugares designados como zonas de cuarentena en las cuales, bajo la menor sospecha de que haya un infectado, los militares están autorizados a ejecutar a esa persona, en asentamientos independientes o forman parte de grupos ambulantes. Los protagonistas de la aventura viven en Almuñécar, donde se ganan la vida como contrabandistas. Un día, en una misión de recuperación de un cargamento de armas robado por un traficante, se enteran de la existencia de un grupo paramilitar llamado Los Luciérnagas el cual se opone a la idea de vivir bajo la autoridad del ejército en las zonas de cuarentena y busca el restablecimiento del antiguo gobierno. La líder del grupo, Marlene, acuerda con los contrabandistas llevarse consigo a una adolescente misteriosa de nombre Ellie a una zona acordada en las afueras de la zona de cuarentena a cambio de obtener provisiones y comida entregando a la chica a unos miembros más de la organización. Los protagonistas acceden y mientras tratan de escapar, descubren que Ellie tiene una herida de mordedura ocasionada por un infectado. 

Normalmente una persona que haya sido mordida por un infectado, tardará dos días en mostrar los síntomas de infección comunes, pero en el caso de Ellie, ha transcurrido demasiado tiempo desde que fue mordida tres semanas antes y no muestra señales de cambios, por lo cual se cree que en ella está la cura que podría salvar a la raza humana por lo que se convierte en el objetivo principal de los protagonistas el protegerla. Nuestros supervivientes se cruzarán con hordas de infectados por el camino hasta el sitio señalado en donde se produciría el intercambio, pero desgraciadamente al llegar descubrirán que los miembros de los Luciérnagas que los estaban esperando, están muertos. El objetivo ahora será localizar el laboratorio secreto de los Luciérnagas, escondido en algún lugar, para llevar a Ellie ante el personal sanitario del mismo, encabezado por el doctor Anderson, y tratar de conseguir la tan ansiada cura.

A lo largo de la aventura se encuentran con diferentes objetos coleccionables. Cada vez que se encuentran uno se debe comunicar a Bill, para que pueda ser incorporado a la mochila. Algunos coleccionables se comunican directamente, y otros se tienen que hacer por uno mismo.

Casi siempre a simple vista permiten mejorar las habilidades de sigilo y uso de armas. Cada vez que se encuentra uno tendrán que demostrarle a Bill, mediante una grabación de vídeo o similar, y de la forma que se quiera, que se ha entendido y que se ha entrenado esa habilidad. En esa grabación se tiene que especificar qué manual se está entrenando. Hay varios tipos en función de la habilidad que desarrollan. 

Son manuales de sigilo y supervivencia: caza, nudos, primeros auxilios, química y supervivencia.

Son manuales de lucha corta distancia: armas blancas, lucha y técnicas de combate.

Son manuales de lucha larga distancia: armas, bombas y coktel molotov.

Existen multitud de armas diferentes, tanto de corta distancia como de larga. En función de la situación y del enemigo, tendrán que utilizar unas u otras.

Cada vez que se encuentren una, tendrán que comunicárselo a Bill, para que pueda ser incorporada a la mochila. Algunas armas se comunicarán directamente, y otras se tienen que hacer por uno mismo.

Hay armas muy potentes y por tanto difíciles de encontrar, como son el rifle, la escopeta y el lanzallamas. Si se poseen y se usan, aportarán una ventaja en el enfrentamiento.

A lo largo de los distintos capítulos son varias las amenazas con las que se pueden topar.  Principalmente destacan infectados, de todos los niveles de evolución, cazadores o merodeadores que no dudan en quitar todos los recursos que se llevan encima, y eliminarte en caso de oposición, y militares armados hasta los dientes. Para deshacerte de cualquiera de ellos, tienes que demostrar tus conocimientos en las investigaciones que se llevan a cabo.