Magerwiesen sind im Allgemeinen besonders nährstoffarme und somit nur niedrigwüchsige Wiesen. Je nach Feuchtigkeit und Boden entwickeln sich hier unterschiedlichste Pflanzengesellschaften. Magerwiesen zählen heute aufgrund der Eutrophierung (Überdüngung) zu den am stärksten bedrohten Lebensräumen Bayerns. Dadurch werden die konkurrenzschwachen, niedrigen und blütenreichen Pflanzengesellschaften von konkurrenzstärkeren, häufigen Arten verdrängt.
Magerwiesen zeichnen sich besonders durch eine hohe Pflanzenvielfalt aus. Besonders seltene Spezialisten wie Enziane, Orchideen, Ochsenaugen, Küchenschellen, Kugelblumen, Katzenpfötchen und Federgräser machen diese Wiesen auch für uns Menschen besonders reizvoll. Aufgrund der Blütenvielfalt findet man nämlich auch sehr viele verschiedene Insektenarten. Besonders Bläulinge, Scheckenfalter, Schmetterlingshaft, Widderchen oder rot- und bläuflügelige Ödlandschrecken sind nur hier zu finden. Auch seltenen Bodenbrütern, wie der Haubenlerche, aber auch Reptilien, wie Zaun- und Smaragdeidechsen oder Schlingnattern, bieten Magerwiesen einen idealen Lebensraum.
Viele Magerwiesen konnten sich erst durch eine extensive Beweidung entwickeln. Durch Intensivierung der Landwirtschaft und verstärkten Düngemitteleintrag können Magerwiesen nur durch eine richtige und regelmäßige schonende Mahd vor dem Verbuschen bewahrt werden.
Bei uns ins Bayern sind intakte Magerwiesen hauptsächlich noch in der fränkischen und schwäbischen Alb zu finden.
Auwälder zählen zu den artenreichsten Habitaten Europas. Im Allgemeinen sind Auwälder Laubwälder, die in regelmäßigen Abständen überschwemmt werden oder zumindest einen sehr hohen Grundwasserspiegel haben. Grundsätzlich kann man Auwälder in Hartholz- und Weichholzauen unterscheiden.
Die von Eschen und Ulmen dominierte Hartholzaue wird seltener überschwemmt und stellt einen wichtigen Lebensraum für viele hochgradig gefährdete Tier- (Würfelnatter, Schwarzstorch, Pirol, Rauhfußkautz) und Pflanzenarten (Pimpernuss, Blau- und Gelbstern und Straußfarn) dar. Die letzten Wäder dieser Art finden sich im Einzugsgebiet der Donau. Nur der Rainer Wald bei Straubing ist der letzte größere, intakte Hartholzauwald.
Weichholzauen sind meist lichtere Wälder, die häufig überschwemmt werden. Auf dem sumpfigen Boden gedeihen besonders Weiden und Erlen. Dieser Lebensraumtyp liegt meist in unmittelbarer Nachbarschaft zu Flüssen und enthält viele Kleingewässer. Hier wachsen Sumpfschwertlilien und Sumpfdotterblumen.
Durch die vielen Gewässer sind hier fast alle einheimischen Amphibienarten, viele Vogel- und Reptilien- als auch Fischarten anzutreffen.
Auf Grund großflächiger Trockenlegung und der Begradigung und Eindeichung fast aller Flüsse fehlen die wichtigen, periodischen Überschwemmungen. Daher sind die ehemals großen Auwaldbestände auf winzige Reste zusammengeschrumpft. Die letzten zusammenhängenden Auwaldgebiete im östlichen Mitteleuropa werden durch Aufforstung mit nicht-einheimischen Hybridpapeln für die Papierindustrie zunehmend bedroht.
Da Auwälder die höchste Biodiversität aufweisen und auf wenige Reste zurückgegangen sind, bedürfen sie eines besonders intensiven Schutzes.
Ohne menschliches Zutun wäre ein Großteil Bayerns von Buchenwäldern bewachsen. Diese Laubwälder, die von der Buche dominiert werden, sind besonders insekten- und vogelreich. Gerade im Todholz entwickeln sich viele, heute hochgradig bedrohte Insekten- und Pilzarten. Charakteristische Arten, die fast ausschließlich in Buchenwäldern vorkommen sind Feuersalamander, Schwarzspecht oder der Alpenbockkäfer. Es gibt eine Vielzahl in Buchenwäldern wachsender Pflanzengesellschaften. Diese Wälder sind besonders reich an Frühblühern und Waldorchideen.
Die letzten zusammenhängenden natürlichen Bestände Bayerns liegen im Steigerwald und im Spessart.
Heutzutage werden jedoch zunehmend, nachdem die natürlichen Buchenwälder abgeholzt wurden, standortfremde Nadelgehölze (Douglasien, Fichten, Wymouth-Kiefer) aufgeforstet, was zum zunehmenden Verschwinden/Verdrängen des Buchenwaldes und seiner typischen Artengesellschaften führt.
Die intensiv genutzten Nadelbaummonokulturen sind schattiger, trockener und haben saure Böden, wodurch diese deutlich artenärmer sind.
Grundsätzlich gibt es zwei Arten von Mooren und einige Übergangsformen. Moore beherbergen nicht nur eine Vielzahl seltener, speziell angepasster Arten sondern leisten auch einen wichtigen Beitrag zur Eindämmung des Klimawandels. Im Torf, dem unverrotteten Pflanzenmaterial, sind große Mengen an CO2 gebunden (siehe auch "Trockenlegung von Feuchtgebieten"). In Hochmooren bildet sich aus abgestorbenen Torfmoosen sog. Weißtorf, im Niedermoor aus Seggen und ähnlichen Gräsern Schwarztorf.
Hochmoore sind meist etwas artenärmer, dafür finden sich hier extrem seltene, an saure und nährstoffarme Bedingungen angepasste Lebewesen wie fleichfressende Pflanzen (Sonnentau und Fettblatt) und seltene Libellenarten wie z.B. Moosjungfern.
Hochmoore sind meist deutlich saurer und nährstoffärmer als Niedermoore, in denen sich eine Vielzahl seltener Pflanzenarten findet.
Für Niedermoore sind Trollblume, Knabenkräuter der Gattung Dactylorhiza, sibirische Schwertlilie und der Moorfrosch typische Vertreter. Die meisten Moore Bayerns finden sich im Voralpenland, im Bayerischen Wald und im Fichtelgebirge. Hier handelt es sich oft nur noch um winzige Reste - der meiste Teil ist der Trockenlegung und dem Torfabbau zum Opfer gefallen.
Der Begriff Gewässer fasst eine Vielzahl unterschiedlichster, artenreicher Lebensräume zusammen. Eine grobe Einteilung kann in Fließgewässer und stehende Gewässer als auch in temporäre (nicht ganzjährig Wasser führende) und perennierende (ganzjährig Wasser führende) Gewässer vorgenommen werden. Diese Faktoren sind entscheidend, welche Arten sich hier ansiedeln.
Es gibt eine Vielzahl von an aquatische Lebensräume angepasste Arten, die entweder ihr gesamtes Leben oder wichtige Entwicklunsstadien im Wasser verbringen. Etliche Wasservögel (Reiher, Limikolen, Entenvögel, Eisvogel, ...) halten sich zur Nahrungssuche und Jungenaufzucht im oder im direkten Umfeld der Gewässer auf. Auch eine Vielzahl von Insekten ist bei ihrer Entwicklung auf Gewässer angewiesen, so z.B. Köcherfliegen, Libellen, Wasserkäfer, Rückenschwimmer, Mücken, ... .
Selbstverständlich bieten Gewässer auch einer Vielzahl bedrohter Fischarten einen Lebensraum. Diesen teilen sie sich mit Krebsen, Bibern, Ringelnattern uvm.
Fast alle unserer heimischen Amphibien (außer Alpensalamander) benötigen für ihre Kaulquappen bzw. Molchlarven kleinere Stillgewässer. Nicht zuletzt finden sich in Uferbereichen oder im Wasser selbst viele spezialisierte Pflanzenarten, so z.B. Froschlöffel, Teich- und Seerose, Wasserschlauch und Schwanenblumen oder Rohrkolben.
Für viele Tierarten ist aber nicht alleine das Gewässer sondern der umgebende Landlebensraum von Bedeutung. Somit sind Gewässer mit dem angrenzenden Umland stark vernetzt.
Typische Gefährdungsfaktoren sind das Trockenlegen oder Zuschütten der Gewässer; wasserbauliche Maßnahmen, wie Flußbegradigungen oder Querbauwerke, die den Fischen den Weg in die Laichgebiete verwehren.
Die Wasserqualität nimmt oft durch Überdüngungen (Eutrophierung) oder Kontamination mit Pestiziden oder anderen Giftstoffen deutlich ab.
Die Artenzusammensetzung von Gewässern wurde in der Vergangenheit aber auch besonders stark durch die Ansiedlung invasiver Fisch- und Krebsarten verändert und gefährdet. Blaubandbärblinge und Sonnenbarsche, die aus der Aquaristik oder Gartenteichen in die freie Wildbahn gelangen, vermehren sich oft massenhaft und führen nachweislich zum Aussterben heimischer Amphibien- und Fischarten.