Історія навчально-виховного закладу почалася у 1732 році з церковно–приходської школи при храмі Петра і Павла. Маючи велику і славну історію, школа вдало поєднує традиції із вимогами сьогодення. Рішенням 8 сесії Білопільської районної ради від 26.07.2011 року Білопільську загальноосвітню школу І-ІІІ ступенів №3 було реорганізовано у Білопільський навчально-виховний комплекс: загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів - дошкільний навчальний заклад №3. Білопільський НВК: ЗОШ І-ІІІ ступенів - ДНЗ №3 належить до комунальної власності Білопільської міської ради Сумської області. З вересня 2022 року заклад було переіменовано в Білопільську гімназію №3 Білопільської міської ради Сумської області.