Biro Pemerintahan dan Otonomi Daerah sebagai Sekretariat Tim Koordinasi Kerja Sama Daerah Provinsi Kalimantan Tengah bertugas untuk mendukung tugas dan fungsi TKKSD dalam koordinasi, pelaksanaan, dan pemantauan kerja sama daerah. Sekretariat TKKSD membantu dalam koordinasi berbagai bentuk kerja sama, seperti kerja sama antar daerah, kerja sama dengan pihak ketiga, hingga kerja sama dengan pemerintah/lembaga luar negeri agar berjalan efektif dan efisien. Pemantauan dan penyusunan laporan atas pelaksanaan kerja sama daerah yang telah disepakati juga dilakukan oleh Sekretariat TKKSD.