О чем курс
Курс посвящен методам создания новых белков при помощи новейших (state-of-the-art) алгоритмов Искусственного интелекта. Данные новые белки разрабатываются для применения в широком спектре задач от терапии и диагностики до переваривания пластика.
В течении курса вы научитесь как:
Создавать новые структуры и последовательности белков при помощи нейронных сетей и AlphaFold
Оценивать полученные результаты
Применять вычислительные методы молекулярной динамики для верификации полученных результатов.
Формат обучения
Курс проходит оффлайн, а также онлайн с записями занятий выложенных на платформу Stepik. Для обучения нужны ноутбук и доступ в интернет (для онлайн участников).
Курс длится 4 недели:
4 недели занятий (20.04.2024 - 18.05.2024) (27.04.2024 - 25.05.2024)
+ 2 недели на выполнение итогового проекта
Как устроены занятия: Каждую субботу проходит лекция и семинар, которые в сумме занимают не более 3-х часов. Все занятия загружаются на платформу Stepik вместе с домашним заданием на неделю. Время, требуемое на выполнение домашнего задания может варьироваться и как правило их сложность будет увеличиваться к концу курса.
Итоговый проект: это ваша большая самостоятельная работа, где на протяжении двух недель вы при помощи менторов разработаете новые белки.
Стоимость
Наш курс полностью бесплатный.
Необходимые знания
Для успешного прохождения нашего курса оптимальными будут считаться следующие знания:
Уверенное владение базовой биологией и химией белков
Молекулярной биологии / биофизики / биохимии
Основы программирования на Python (опционально)
Отбор
Заявки принимаются до 13 апреля 2024 года
Количество мест для очных участников: 20
Из-за ограниченного количества участников, на курс будет проводится отбор на основе мотивации кандидатов и их готовности работы (вы должны описать все это при подаче заявки).
Сертификаты
Студенты получают сертификат о прохождении курса в зависимости от баллов, которые они набрали за выполнение домашних заданий и выполнения итогового проекта.
Место проведения
Центр Передовых Технологий, город Ташкент, Алмазарский район, Университетская улица, 3А
Локация (ссылка на google maps).
Программа курса:
1 неделя: Введение в AlphaFold и Protein Design
Лекция: Введение в AlphaFold и Protein Design.
Семинар: Дизайн простых фолдов белка вручную.
2 неделя: ИИ в создании новых белков
Лекция: Введение в ИИ алгоритмы для создания новых белков.
Семинар: Создание мини белков при помощи ИИ.
3 неделя: Продвинутые алгоритмы в дизайне последовательностей
Лекция: Binder Design при помощи ИИ и AlphaFold.
Семинар: Улучшение качества структур при помощи ProteinMPNN.
4 неделя: Вычислительные методы верификации результатов
Лекция: Функции оценки AlphaFold. Молекулярная динамика в симуляции белков
Семинар: Скоринг белков, создание систем для молекулярной динамики.
Итоговый проект
TBA
Adress: 100174, Tashkent city, Almazar district, Universitet street, 3A
✈️ Telegram: @cat_protein_design_school
📧 email: baev.a.yu@gmail.com