主要針對蛋白質體分析、高流量蛋白質身分與後修飾鑑定提供服務，不接受非蛋白質 (protein) 或胜肽 (peptide) 樣品的送件。樣品前處理與質譜數據分析，原則上由送樣者自行負責處理，唯蛋白體與蛋白修飾分析公用質譜儀設施或可提供相關諮詢與協助。非蛋白相關樣品，或非經常性分析，在不影響整體運作的前提下，目前任職學術界質譜儀相關設施且具執行相關質譜分析能力的 PI 或研究人員，經本設施主持人認可後，可預約時段自行使用儀器進行分析實驗。

• 送樣者使用時數包含液相層析系統中管柱所需平衡與清洗時間。

• 送樣者需考慮其樣品前處理方式，所使用的溶液必須符合後續質譜分析之條件。

• 質譜資料檔案可選擇以mgf、pkl格式儲存，使用者亦可逕自分析raw data，或經由蛋白體與蛋白修飾分析公用質譜儀設施提供其他相關諮詢與協助。

• 質譜資料檔案需由使用者自行保存數據，因儲存設備硬碟空間有限，本設施只能存放3個月內的質譜資料檔案。

• 如有其他相關樣品前處理或質譜數據處理的問題，煩請送件前先來電洽詢。電話：27855696#4012 林淑妤博士或 27855696#4014 張惠雯小姐代轉。

• 使用時間至少3小時為最小單位，隨之增加以每一小時為一個單位。

• 預約時間單次以不超過168小時為原則，若尚有空檔得再繼續預約，若因實驗或樣品限制需連續使用較長時段，則與本單位討論後得由技術人員作適當之調整或安排。

• 使用者可預約未來三個月之質譜儀使用時間，但每月每個實驗室以不超過168小時為原則， 先預約者可先取得該時段。

• 預約完成後「儀器排程」會即時呈現於網頁上供使用者查詢，任何異動亦會另以 E-mail 方式通知。

• 若遇質譜儀因緊急事故必須臨時維修時，該時段原預約者需接受重新安排，無法順延時，可於隔週時段取得優先權，並以 E-mail 方式通知原預約者。

• 因故無法於預約時間送樣者，請務必在原預約時間72小時前通知本單位人員取消。若未於72小時前取消，又無其他使用者取代，則依原預約時數收費。屢次未能依規定儘早取消者，將報告質譜儀儀器委員會處理。

• 有預約取消情況出現時，本單位人員可經電話依序詢問下一位預約時間送樣者提前分析其樣品的意願，以便遞補空缺，充份使用儀器時間。

• 質譜儀使用壅塞時，使用者可向負責人員反應協商，再由負責人員提呈至質譜委員會審查討論，依據儀器使用近況與實際需求作全面性檢討與調整規範。

• 預約自行操作時間為預約當日早上10:00至隔日早上10:00，自行操作人員須在使用時段結束前將LC系統洗淨並經過benchmark確效完成後歸還管理者，如因不可抗力因素需延後使用時間，將視情況與設施管理者協調調整上機時段。