中央研究院蛋白體與蛋白修飾分析公用質譜儀設施具備數台搭配奈米級流速液相層析系統的整合型及創新性三合一型的Orbitrap質譜儀系列，專注於蛋白質體相關的定性/定量分析。Thermo LTQ-Orbitrap Velos 質譜儀，提供一般性蛋白質身份鑑定與複雜度較低的蛋白質體定性的初步分析，而高階的Orbitrap Fusion、Lumos 與 Ascend 質譜儀，則主要運用於系統性及全面性蛋白質體定性/定量分析、蛋白質轉譯後修飾鑑定、醣蛋白質體學分析及醣分析。 

本設施除儀器維護與調機測試之特定保留時段，及特定節日如農曆春節期間外(參照儀器排程表)，儀器開放使用時間以一星期七天，一天24小時制為原則，並且須遵守送測須知&相關規定。