至設施網址或來電諮詢送件須知以確認預分析之樣品是否符合分析標準。

網頁查看預定分析時間內「儀器排程」之狀況。

至預約管理系統進行“質譜儀案件申請”，並請貴實驗室負責PI登入預約管理系統進行審核。

管理者收到老師審核確認通知後，會以經由預約管理系統告知預定分析時間或是任何異動。

於預定分析時間前至蛋白體與蛋白修飾分析公用質譜儀設施(生化所401室)送交樣品。

前來取回質譜資料。質譜資料檔案會一律以原始檔、mgf 或 pkl 格式儲存以便於作 MASCOT search，如需以其他格式儲存，請於送件時預先告知。

依收費標準繳納分析費用(學術及儀器事務處儀管科協助收費)。

自行操作開放對象，以目前任職學術界質譜儀相關設施且具有3年以上質譜操作經驗之博士後、學生和助理為原則。請提出使用計畫及樣品特性予儀器管理員，由儀器管理員評估定。

取得本儀器操作權限：具有相關質譜操作經驗者，基於使用介面與管理等問題，須參加完整之訓練課程，累積40小時的操作時數後，再參加上機測試，通過後即可取得本儀器之操作權限。(具備獨立操作儀器/收集實驗數據/檢視儀器/瞭解儀器應注意事項/儀器狀況基本判斷力以及進行簡單之疑難排除)

40小時的操作時數累積，須要有技術員或具有操作權限的人監督完成。

累積操作時數及上機測試等，須在三個月內完成；若未於期限內完成，則此流程需重新開始。

操作時數累積，視同上機操作儀器，仍須收費。

使用儀器必須實際填寫紀錄本，以備查核儀器使用情況。

不符實驗安全規則者，或未依照規定操作使用儀器，將停止使用權利三個月。

有任何問題，隨時通知技術員處理，不可自行拆解儀器；若因人為不當處理造成損害，將追究賠償。

依收費標準繳納分析費用(學術及儀器事務處儀管科協助收費)。