Los partidarios de la hipótesis extraterrestre consideran el caso Roswell como uno de los acontecimientos ufológicos más importantes, ya que a partir de este suceso comenzó la historia de la ufología moderna.

Los escépticos alegan que la hipótesis, que afirma que en Roswell cayó una nave extraterrestre, se apoya en pruebas insuficientes, poco fiables, otras supuestamente destruidas y que presenta demasiadas incoherencias. Sostienen asimismo que existen otras explicaciones a los sucesos de Roswell que resultan mucho más admisibles que la hipótesis de naves extraterrestres. Además se debe tomar en consideración el lucro comercial, a través de la venta de libros, entrevistas, etc., que obtienen varios de los principales involucrados que apoyan la hipótesis extraterrestre.

Las descripciones de testigos, análisis realizados por personas que participaron en el diseño de los globos del proyecto Mogul, y sobre todo los informes desclasificados de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos en los años 90, apuntan según los escépticos a que lo estrellado en Roswell fue el vuelo n.º 4 del proyecto Mogul y que la necesidad de mantener el secreto de dicho proyecto provocó el supuesto incidente ufológico.