El Doctorado en Biotecnología es un Programa Interfacultades que tiene como propósito fundamental, formar investigadores que generen conocimiento original en el campo de la Biotecnología, en áreas como: salud, industria, ambiente, agricultura y ganadería. El Programa busca formar un recurso humano altamente calificado, crítico y reflexivo, en torno al uso integral de la biodiversidad para el desarrollo del país en aspectos como la prospección a nuevos o mejores fármacos, proposición de alternativas al uso de insecticidas de síntesis química para el control de plagas, innovación en tecnologías limpias que reemplacen tecnologías tradicionales, generación de nuevas variedades de plantas resistentes a factores ambientales, plagas y enfermedades, restauración y remediación de ecosistemas alterados por procesos industriales, empleo de herramientas de Biotecnología molecular para generar alternativas diagnósticas y terapéuticas en el campo biomédico, entre otros aspectos que son considerados prioritarios para que el país enfrente los fenómenos de globalización.

El Programa se sustenta en el desarrollo de más de 18 años en las áreas de Biotecnología agrícola y Bioprocesos que junto con el área de Biotecnología en salud, han sido sus pilares estratégicos de dimensionamiento, bajo el liderazgo del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia (IBUN).