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Marcadores moleculares
La caracterización de las comunidades microbianas se ha transformado mediante la aplicación de métodos de elaboración de perfiles de ARN ribosomal, que permiten la identificación independiente del cultivo de los componentes de la comunidad basada en secuencias de ARNr de subunidades pequeñas completas o parciales (16S ARNr) . El enfoque básico implica el uso de primers conservados utilizado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para amplificar los segmentos que contienen las regiones más variables del gen, que luego se secuencian mediante tecnologías como la vistas en los videos de l laboratorio anterior. Debido a las profundidades de lectura que ofrecen actualmente las plataformas de secuenciación de última generación, nos estamos acercando al punto en el que es posible catalogar todos los linajes dentro de una comunidad microbiana.
Figura 1. La figura muestra la estructura en dos dimensiones de 16S rARN de E. coli, que hacer parte constitutiva de la estructura del ribosoma. Abajo se muestran los pares de primers utilizados para amplificar distintas regiones de la molecular, la letra V, representa las regiones variables del gen que son utilizadas para los análisis de clasificación y/o relación evolutiva
Figura 2. Pasos en la generación de librerías de marcadores moleculares para el análisis de la composición de microorganimos.
Semana_3_Marcadores_moleculares.pptxTaller de Qiime2 en Google Colab
Guia de laboratorio preparada por María Camila Polanco y Dario Alejandro Romero
Guía Lab. Semillero DARMA(1).pdf
Qiime2 en Colab
El link que se encuentra de Colab, permite la instalación y ejecución de Qiime2 en el servidor de Colab, creando una maquina virtual linux, con 12 Gb de memoria y cerca de 60-100 Gb de dico duro. Lo que presenta una alternativa interesante para poder hacer los análisis de comunidades usando marcadores moleculares como el 16S ARNr.
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