Pascasarjana UIN Raden Mas Said Surakarta memiliki Program Studi Doktor (S3) yaitu :
DOKTOR (S3) MANAJEMEN PENDIDIKAN ISLAM (MPI)
Program Studi di atas sudah terakreditasi dan sudah memiliki izin untuk penyelengaraan. Adapun SK akreditasi maupun SK penyelenggaraan dapat di download dibawah ini
S3 MPI dengan akreditas Baik Sekali. SK Akreditasi dan sertifikat bisa didownload disini.Â