Pascasarjana UIN Raden Mas Said Surakarta memiliki 7 (tujuh) Program Studi Magister (S2) yaitu :

1. MAGISTER (S2) MANAJEMEN PENDIDIKAN ISLAM (MPI)

2. MAGISTER (S2) PENDIDIKAN AGAMA ISLAM (PAI)

3. MAGISTER (S2) PENDIDIKAN BAHASA ARAB (PBA)

4. MAGISTER (S2) HUKUM EKONOMI SYARIAH (HES)

5. MAGISTER (S2) MANAJEMEN BISNIS SYARIAH (MBS)

6. MAGISTER (S2) TADRIS BAHASA INGGRIS (TBI)

7. MAGISTER (S2) STUDI ISLAM (SI)

Program Studi di atas sudah terakreditasi dan sudah memiliki izin untuk penyelengaraan. Adapun SK akreditasi maupun SK penyelenggaraan dapat di download dibawah ini :

1. S2 MPI dengan akreditasi Unggul. SK Akreditasi dan sertifikat bisa didownload disini.

2. S2 PAI dengan akreditas B. SK Akreditasi dan sertifikat bisa didownload disini.

3. S2 PBA dengan akreditas B. SK Akreditasi dan sertifikat bisa didownload disini. 

4. S2 HES dengan akreditas Baik. SK Akreditasi dan sertifikat bisa didownload disini.

5. S2 MBS SK Penyelangaraan. SK Penyelenggaraan bisa didownload disini. 

6. S2 TBI SK Penyelengaraan. SK Penyelengaraan bisa didownload disini.