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鴨類DNA電泳分析
鴨類DNA電泳分析
Brief intro:
使用PCR技術擴增DNA訊號，並利用特殊引子辨認鴨子的性別與品系間親緣關係。
北京鴨(Pekin duck)
北京鴨(Pekin duck)
學名:Anas platyrhynchos domesticus
北京鴨是台灣民國43年由農復會引進後在台灣留存下來。
北京烤鴨是一道源自北京的菜餚，自帝王時代以來就一直在製作。這道菜的特點是其薄脆的皮，正宗的版本主要供應皮，肉很少，由廚師在用餐者面前切片。為了這道菜而飼養的鴨子在65天後被屠宰，調味後在封閉或懸掛的烤爐中烤制。通常，人們會用蔥、黃瓜和甜醬搭配薄餅一起食用。
番鴨(Muscovy duck)
番鴨(Muscovy duck)
學名:Cairina moschata
番鴨原產於南美祕魯，面部有紅色肉疣，嘴喙為淡粉紅色。肉質鮮美，具特殊香味。適合做薑母鴨，能夠消除寒氣、增強身體抵抗力、延年益壽。商代的名醫吳仲使用黑麻油炒鴨肉，然後加入薑母和燒酒燉煮，這道菜具有香鮮甘辛的特點，食用後能使人精神振奮，身體筋脈舒暢。至今薑母鴨被視為滋養和進補的聖品。
資料來源:http://www.kssh.tn.edu.tw/ezfiles/0/1000/img/17/154214868.pdf
土番鴨(Mule duck)
土番鴨(Mule duck)
學名:Cairina Anac
公正番鴨與褐色母菜鴨或改鴨隻雜交產物，本身不具生育能力，佔國內鴨肉市場百分之七十。近年以飼養三品種土番鴨為主，為優良之肉用品種
資料來源:教授講義
第一部份:聚合物連鎖反應(PCR)
第一部份:聚合物連鎖反應(PCR)
材料：
2X Powerpol MasterMix: 110μl 、 ddH₂O 300μl 、 不同鴨子的DNA、 Pekin, Mule, Muscovy 5μl each、 1.5ml Eppendorf 2個、 八連PCR管1個
引子：
5μl CHD primer (Forward)
5μl CHD primer (Reverse)
5μl CAUD006 primer (Forward)
5ul CAUD006 primer (Reverse)
PCR原理：
PCR技術的基本原理類似於DNA的天然複製過程，其特異性依賴於與靶序列兩端互補的寡核苷酸引子。
PCR由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成：
①模板DNA的變性：模板DNA經加熱至93℃左右一定時間後，使模板DNA雙鏈或經PCR擴增形成的雙股DNA解離，使之成為單鏈，以便它與引子結合，為下輪反應作準備。
②模板DNA與引子的退火(復性)：模板DNA經加熱變性成單鏈後，溫度降至55℃左右，引子與模板DNA單鏈的互補序列配對結合。
③引子的延伸：DNA模板--引子結合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP為反應原料，靶序列為模板，按鹼基互補配對與半保留複製原理，合成一條新的與模板DNA鏈互補的半保留複製鏈，重複循環變性--退火--延伸三過程就可獲得更多的「半保留複製鏈」，而且這種新鏈又可成為下次循環的模板。每完成一個循環需2～4分鐘，2～3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。
(資料來源：http://cht.a-hospital.com/w/%E8%81%9A%E5%90%88%E9%85%B6%E9%93%BE%E5%BC%8F%E5%8F%8D%E5%BA%94)
第二部份:DNA電泳分析
第二部份:DNA電泳分析
材料
TAE buffer 20mL
LE agarose powder 0.3g
Gel stain 1µL
電泳槽
原理
帶負電的DNA片段會被加到agarose的孔中，電泳槽通電後會施加電場，DNA片段便會隨著負極至正極的方向跑開，利用DNA片段移動速度的不同，分析樣本跑膠結果得到結論。
結果分析:
左邊四個Bar是在分析鴨子性狀，我們跑出的結果母北京鴨，母番鴨，公土番鴨加上negative control的兩條，然而助教的正確答案卻是母、公、母，並且negative control 理論上不應出現結果。我們討論後得出，應該是我們在加DNA時第二管與第三管順序顛倒，而negative control跑出的結果過於漂亮，推測是在加水時，或跑電泳時汙染到鴨子的DNA。
右邊三個Bar則是微衛星primer的結果，從結果可以得知第二管土番鴨是從北京鴨與番鴨的混合種，跑膠結果混合了北京鴨的Bar與番鴨的Bar。
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