연구소 기구는 소장의 총괄 하에 간사, 감사, 연구 위원, 연구원 및 연구 조교로 구성되어 있다.

연구조직은 4개 부서로 구성되어

① 약학에 관한 연구 활동,

② 정기간행물의 발행,

③ 연구 발표 및 강연회 개최,

④ 저명 외국학자의 초빙 및 연구원의 해외파견,

⑤ 기타 연구소의 설립 목적에 부합되는 사업 등을 수행한다.