■ 原著論文等（査読あり）
Borze´e A, Angulo A, Meredith H, Taguchi Y, Groffen J, Kohler DB, Abernethy JPD, Othman SN, Messenger K, Heo K, Wan L, Um TE, Zhang X, Shin Y, Bae Y, Wang Z, Qiu Z and Pearce R (2024) Protecting Japanese giant salamanders (Andrias japonicus) in the Nawa River Basin, Japan: policy recommendations addressing water pollution and waterway disruption. Front. Amphib. Reptile Sci. 2:1348251.
MASAHIRO NODA, SOTARO HARA, KANTO NISHIKAWA, NORIYUKI NONOUE, KOSHIRO HARA and YUKI TAGUCHI (2023) ANDRIAS JAPONICUS (Japanese Giant Salamander). MALFORMATION. Herpetological Review 54(4), 582
Takaya K, Taguchi Y and Ise T. (2023) Identification of hybrids between the Japanese giant salamander (Andrias japonicus) and Chinese giant salamander (Andrias cf. davidianus) using deep learning and smartphone images. Ecology and Evolution 13: e10698
Takaya K, Taguchi Y and Ise T. (2023) Individual identification of endangered amphibians using deep learning and smartphone images: case study of the Japanese giant salamander (Andrias japonicus). Scientific Reports 13: 16212
Anzai, W., Hara, K., Nonoue, N., Taguchi, Y., Kamada, H., Minamigata, N., Abe, K., & Minami, S. (2023). Profiling and comparing participants of online and on-site educational programmes: Case study of the symposium on giant salamander in Hiroshima City Asa Zoological Park, Japan. Journal of Zoo and Aquarium Research, 11(2), 274–282.
Ishikawa K, Taguchi Y, Kobayashi R, Anzai W, Hayashi T, Tokita M (2021) Cranial skeletogenesis of one of the largest amphibians, Andrias japonicus, provides insight into ontogenetic adaptations for feeding in salamanders. Zoological Journal of the Linnean Society 2021, XX, 1–16
Terry J, Taguchi Y, Dixon J, Kuwabara K, and Takahashi MK (2018). Preoviposition paternal care in a fully aquatic giant salamander: nest cleaning by a den master. Journal of Zoology 307(1): 36-42
Yamasaki H, Taguchi Y, Minami S, Kuwabara K, and Shimizu N (2017) Age determination by skeletochronology of the Japanese giant salamander Andrias japonicus (Amphibia, Urodela). Bulletin of the Hiroshima University Museum, 9: 41-47
近本翔太・田口勇輝・野田 亜矢子・野々上 範之・浅川満彦（2017）動物園飼育下オオサンショウウオ（Andrias japonicus）から得られた毛細線虫類の追加記録. 酪農学園大学紀要，42 (1): 67-69
Bletz M, Vences M, Sabino-Pinto J, Taguchi Y, Shimizu N, Nishikawa K, Kurabayashi A (2017) Cutaneous microbiota of the Japanese giant salamander (Andrias japonicus), a representative of an ancient amphibian clade.Hydrobiologia, 795: 153–167
田口勇輝（2017）オオサンショウウオの生態と保全の現状．安佐動物公園飼育記録集 40: 42-51
田中祥菜・田口勇輝・野田亜矢子・野々上範之・浅川満彦 (2017) 動物園飼育下オオサンショウウオ(Andrias japonicus)から得られたアタマビルHemiclepsis marginata (Hirudinida: Glossiphoniidae). 酪農学園大学紀要,41 (2):153-154
田中祥菜・田口勇輝・野田亜矢子・野々上範之・浅川満彦（2016）動物園飼育下オオサンショウウオ(Andrias japonicus)における寄生虫学的調査. 日本野生動物医学会誌, 21（4）: 137-140 （http://clover.rakuno.ac.jp/dspace/bitstream/10659/4874/1/S-2015-588_asakawa.pdf）
野田亜矢子・野々上範之・田口勇輝・南 心司（2016）超音波診断装置を用いたオオサンショウウオの性別判定法．動物園水族館雑誌, 57（1）：1-8
Omura A, Ejima K, Honda K, Anzai W, Taguchi Y, Koyabu D, Endo H. (2015). Locomotion pattern and trunk musculoskeletal architecture among Urodela. Acta Zoologica 96: 225-235.
（http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/azo.12070/epdf）
田口勇輝・夏原由博（2009）オオサンショウウオが遡上可能な堰の条件．保全生態学研究14（2），165-172
Requirements for small agricultural dams to allow the Japanese giant salamander (Andrias japonicus) to move upstream. Japanese Journal of Conservation Ecology 14 (2), 165-172
（http://ci.nii.ac.jp/els/110007503407）
田口勇輝（2009）オオサンショウウオの季節的な移動 －流水に棲む両生類による繁殖移動の可能性－．日本生態学会誌59（2），117-128
Seasonal movements of the Japanese giant salamander (Andrias japonicus) : Evidence for possible breeding migration by this stream-dwelling amphibian. Japanese Journal of Ecology 59 (2), 117-128
（http://ci.nii.ac.jp/naid/110007340218）
栃本武良・田口勇輝*・大沼弘一・川上徳子・清水邦一・土井敏男・柿木俊輔・夏原由博・三橋弘宗（2007）兵庫県におけるオオサンショウウオの分布情報．Human and Nature（兵庫県立人と自然の博物館 紀要論文）, No.18, 51-65
*corresponding author
（http://www.hitohaku.jp/publication/HN18_p51-65.pdf）
○ 博士論文（2009）
「オオサンショウウオの生息地評価と保全計画」
要旨 http://repository.kulib.kyoto-u.ac.jp/dspace/handle/2433/126602
http://repository.kulib.kyoto-u.ac.jp/dspace/bitstream/2433/126602/1/ytikk00065.pdf
○ 修士論文（2006）
「オオサンショウウオの繁殖移動と堰堤による移動の阻害」
要旨 http://rosa.envi.osakafu-u.ac.jp/research/05/taguchi05.pdf
○ 卒業論文（2004）
「丘陵地のため池における水生動物と環境特性の関係」
要旨 http://rosa.envi.osakafu-u.ac.jp/research/03/taguchi03.pdf
■ 著書
石川世奈・中園颯樹・田口勇輝・伊藤茂・西川完途（2024）オオサンショウウオの年齢査定: エピジェネティック手法への期待．遺伝: 生物の科学 78 (3)，220-224
田口勇輝（2021）1章 オオサンショウウオとは 2章 飼育方法，in 広島市安佐動物公園50周年記念 オオサンショウウオを知る・守る・そして共に．公益財団法人広島市みどり生きもの協会，7-32
田口勇輝（2019）オオサンショウウオの最新研究，in オオサンショウウオと暮らすための50のこと．清水則雄・山﨑大海（著），桑原一司・南 心司・田口勇輝（監），NextPublishing Authors Press，東京，48
田口勇輝（2014）オオサンショウウオの現状，in どうする？どうなる！外来生物‐とりもどそう 私たちの原風景‐，神奈川県立博物館，神奈川，86-89
田口勇輝（2013）オオサンショウウオの保全活動，in 新・ポケット版 学研の図鑑 爬虫類・両生類．大渕希郷（監），Gakken，東京，186-189
夏原由博・田口勇輝（2013）両生類，in 河川生態学．川那部浩哉・水野信彦（監），中村太（編），講談社，東京，144-150
田口勇輝（2012）階段を上るオオサンショウウオ，in WAKUWAKUときめきサイエンスシリーズ２『景観の生態史観 ─攪乱が再生する豊かな大地』．森本幸裕（編），京都通信社，京都，156-159
田口勇輝（2010）オオサンショウウオの調査法と保護．日本環境動物昆虫学会20周年記念講演会 環境アセスメント動物調査手法20，1-24
■ これまでの研究テーマ
【オオサンショウウオ関係】
《野外》
・季節的な移動（繁殖移動）
・堰による移動阻害
・生息地を分断する堰の保全対策
・兵庫県における分布
・生息適地の推定
・絶滅リスクの評価
・終夜行動 －効果的な調査時間－
・長期的な成長
《飼育下》
・繁殖行動
・繁殖巣穴の占有個体による食卵行動
・溶存酸素量と呼吸の関係
・摂餌と成長の関係
・外部形態による性別判定
・四肢の再生
・幼生や幼体の成長
・水温と有精卵発生の関係
・繁殖巣穴の占有個体による発生への効果
・広島市安佐動物公園におけるオオサンショウウオ研究・活動の総論
【その他】
・同所的に生息する2種のアカガエル（ナゴヤダルマガエルとツチガエル）の棲み分け
・ため池における水生昆虫とアメリカザリガニの関係