publication

home profile research publications Japanese ver.

List

Original articles
Reviews, books, Reports
Talks
Grants
Others（Awards, Patent, Organization etc.）

Original articles

(* indicates corresponding author)

・Yuya Arai, Ko Takahashi, Takaaki Horinouch, Koichi Takahashi, Haruka Ozaki*, " SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation" SLAS Technology, 28, 264-277, 2023.

・Naohiro Motozawa, Takuya Miura, Koji Ochiai, Midori Yamamoto, Takaaki Horinouchi, Taku Tsuzuki, Genki N. Kanda, Yosuke Ozawa, Akitaka Tsujikawa, Koichi Takahashi, Masayo Takahashi, Yasuo Kurimoto, Tadao Maeda and Michiko Mandai*. "Automated evaluation of retinal pigment epithelium disease area in eyes with age-related macular degeneration" Scientiific Reports, 12, 892, 2022.

・Ryutaro Kawai,Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu*. "Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution" Biotechnol. Bioeng., 119, 936-945, 2022.

・Takeshi D. Itoh†, Takaaki Horinouchi†, Hiroki Uchida, Koichi Takahashi*, Haruka Ozaki*†, "Optimal Scheduling for Laboratory Automation of Life Science Experiments with Time Constraints" SLAS Technology, 26, 650-659, 2021. († equally contributed)

・Koji Ochiai, Naohiro Motozawa, Motoki Terada, Takaaki Horinouchi, Tomohiro Masuda, Taku Kudo, Motohisa Kamei, Akitaka Tsujikawa, Kenji Matsukuma, Tohru Natsume, Genki N. Kanda, Masayo Takahashi, Koichi Takahashi*. "A variable-scheduling maintenance culture platform for mammalian cells" SLAS Technology, 26, 209-217, 2021.

・Tomoya Maeda*, Junichiro Iwasawa, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Masako Kawada, Takaaki Horinouchi, Aki Sakai, Kumi Tanabe, Chikara Furusawa*. "High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli" Nature Commun., 11, 5970, 2020.

・Tsuyoshi Esaki*, Takaaki Horinouchi, Yayoi Natsume-Kitatani, Yosui Nojima, Iwao Sakane, Hidetoshi Matsui. "Estimation of relationships between gene expression and chemical substructures: Adapting canonical correlation analysis for small sample data by gathered features using consensus clustering" Chem-Bio Info. J., 20, 58-61, 2020.

・Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa*. “Suppression of antibiotic resistance evolution by single-gene deletion”, Sci. Rep., 10, 4178, 1-9, 2020.

・Tomoya Maeda*, Takaaki Horinouchi, Natsue Sakata, Aki Sakai, Chikara Furusawa. “High-throughput identification of the sensitivities of an Escherichia coli ΔrecA mutant strain to various chemical compounds”, J. Antibiot., 72, 566-573, 2019.

・Takahiro Komori, Atsushi Shibai, Hiromi Saito, Yuya Akeno, Arnaud Germond, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Saburo Tsuru*. “Enhancement of K-strategy evolution in histidine utilization using a container with compartments”, Genes to Cells, 23, 893-903, 2018.

・Arno Germond, Taro Ichimura*, Takaaki Horinouchi, Hideaki Fujita, Chikara Furusawa, Tomonobu M. Watanabe*. “Raman spectral signature reflects transcriptomic features of antibiotic resistance in Escherichia coli”, Communications Biology, 1, 85, 2018.

・Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu*. “Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain”, Biotechnol. Bioeng., 115, 6, 1542-1551, 2018.

・Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Hazuki Kotani, Kumi Tanabe, Natsue Sakata, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa*. “Prediction of cross-resistance and collateral sensitivity by gene expression profiles and genomic mutations”, Sci. Rep., 7, 14009, 2017.

・Takaaki Horinouchi*, Aki Sakai, Hazuki Kotani, Kumi Tanabe, Chikara Furusawa*. “Improvement of isopropanol tolerance of Escherichia coli using adaptive laboratory evolution and omics technologies”, J. Biotechnol., 255, 47-56, 2017.

・Mari Yoshida, Sabrina Galiñanes Reyes, Soichiro Tsuda, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa & Leroy Cronin. “Time-programmable drug dosing allows the manipulation, suppression and reversal of antibiotic drug resistance in vitro”, Nature Commun., 8:15589, 2017.

・Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa. “Acceleration and suppression of resistance development by antibiotic combinations”, BMC Genomics., 18(1):328, 2017.

・Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa. “Expression profiling of antibiotic resistant bacteria obtained by laboratory evolution”, Methods Mol. Biol., 1520, 263-279, 2017.

・Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa. “Phenotypic changes associated with the fitness cost in antibiotic resistant Escherichia coli strains”, Mol. Biosyst.,12,2,414-420, 2016.

・Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa. “Phenotypic convergence in bacterial adaptive evolution to ethanol stress”, BMC Evol. Biol., 15:180, 2015.

・Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, “Suppression of antibiotic resistance acquisition by combined use of antibiotics”, J. Biosci. Bioeng., 120, 4, 467-469, 2015.

・Shingo Suzuki, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa. “Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles”, Nature Commun., 5, 5792, 2014

・Takaaki Horinouchi, Teruaki Minamoto, Shingo Suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa. “Development of an automated culture system for laboratory evolution”, J. Lab. Autom., 19, 5, 478-482, 2014.

・Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, "Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress", BMC genomics, 11, 579, 2010.

・Takaaki Horinouchi, Katsunori Yoshikawa, Risa Kawaide, Chikara Furusawa, Yoshihiro Nakao, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu, "Genome-wide expression analysis of Saccharomyces pastorianus orthologous genes using oligonucleotide microarrays", J. Biosci. Bioeng., 110, 602-607, 2010.

Reviews, books, Reports

Reviews

・堀之内貴明. “ロボティクス・AI技術が拓く細胞培養工学の未来", "バイオミディア", 生物工学, 101, 368, 2023

・Kazuma Uesaka†, Hiroya Oka†, Ryuji Kato†, Kei Kanie†, Takaaki Kojima†, Hiroshi Tsugawa†, Yosuke Toda†, Takaaki Horinouchi†*. “Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives”, J. Biosci. Bioeng., 134, 363-373, 2022 († equally contributed)

・堀之内貴明. “生物工学分野における実験自動化の今昔", "続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－", 生物工学, 100, 441-447, 2022

・堀之内貴明, 高橋恒一. “双腕型ロボットとAIによる自律細胞培養", "特集ーウィズコロナ, アフターコロナ", 日本ロボット工業会機関紙『ロボット』, 261, 38-41, 2021

・Takaaki Horinouchi*, Chikara Furusawa. “Understanding metabolic adaptation by using bacterial laboratory evolution and trans-omics analysis”, Biophys. Rev., 12, 677-682, 2020

・古澤力, 堀之内貴明. “微生物進化実験の定量解析：予測・制御・細胞状態論へ向けて", 生物物理, 59(5), 262-265, 2019

・堀之内貴明. “大規模データ取得のための実験自動化技術の現状と展望”, 生物工学, 97, 5, 269-272, 2019

・堀之内貴明, 兒島孝明, 蟹江慧. “特集生物工学分野におけるバイオインフォマティクスの利活用の現状と展望特集によせて”, 生物工学, 97, 5, 253, 2019

・Takaaki Horinouchi*, Tomoya Maeda, Chikara Furusawa*. “Understanding and engineering alcohol-tolerant bacteria using OMICS technology”, World J Microbiol Biotechnol.,34:157, 2018.

・Chikara Furusawa, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda. “Toward prediction and control of antibiotic-resistance evolution”, Curr Opin Biotechnol., 54, 45-49, 2018.

・古澤力, 鈴木真吾, 堀之内貴明. “大腸菌進化実験を用いた遺伝子発現量からの抗生物質耐性メカニズムの解析", バイオサイエンスとインダストリー, 72(2), 138-140, 2016

・堀之内貴明, 鈴木真吾, 古澤力. “微生物の適応進化過程の理解とその応用”, 生物工学, 93, 9, 536-538, 2015

・堀之内貴明, 古澤力. “ゲノムで進化の謎を解く! 第6回適応進化はどのように起こるのか? ~進化実験によるアプローチ~”, 細胞工学 33, 6, 666-669, 2014

・Chikara Furusawa, Takaaki Horinouchi, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu. “Systems metabolic engineering: the creation of microbial cell factories by rational metabolic design and evolution”, Adv. Biochem. Eng. Biotechnol., 131, 1-23, 2013.

・堀之内貴明, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, “エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析とストレス耐性賦与”, 化学工学会バイオ部会ニュースレター, 29, 9-12, 2012

Books

・堀之内貴明, "未培養微生物研究の最新動向" "第IV編第3章ロボティクス・AIによる自動化技術からのダークマター微生物研究へのアプローチと期待", 監修青柳秀紀, シーエムシー出版 pp 257-264 , 2023年4月.

・堀之内貴明, "実験医学別冊論文図表を読む作法 " "第7章 NGSなどを用いた網羅的解析", 編集牛島俊和, 中山敬一,羊土社, pp 192-193, 201-205, 219-221, 242-243 , 2022年6月.

・古澤力, 前田智也, 堀之内貴明. "実験医学別冊あなたのラボにAI（人工知能）×ロボットがやってくる研究に生産性と創造性をもたらすテクノロジー", "ラボ内での全自動実験室進化システムの構築", 編集夏目徹,羊土社, pp 112-115 , 2017年12月.

・河野暢明, 大上雅史, 黒木健, 堀之内貴明. "実験医学別冊あなたのラボにAI（人工知能）×ロボットがやってくる研究に生産性と創造性をもたらすテクノロジー", "AI・ロボットコミュニティレポート生命情報科学若手の会", 編集夏目徹,羊土社, pp 54-57, 2017年12月.

・堀之内貴明, 古澤力, “細胞工学別冊進化の謎をゲノムで解く”, “2章進化の仕組みと原動力をゲノムで探る適応進化はどのように起こるのか？ ~進化実験によるアプローチ~”, 監修:長谷部光康, pp 32-39 , 学研メディカル秀潤社, 2015年8月.

・古澤力, 堀之内貴明, 清水浩, “第2章大腸菌の長期植え継ぎ培養における表現型・遺伝子型の網羅的解析”, 高等研報告書1005 生物進化の持続性と転移, 財団法人国際高等研究所, 19-29, ISBN 978-4-906671-82-3, 2011

Reports and other articles

・堀之内貴明×兵庫県西脇井高等学校地学部生物部, "進化に失敗がある！？", BDR Times 研究者にズームイン, 2月2日, 2021.

・堀之内貴明, "生物工学若手研究者の集い第二回オンラインセミナー顛末記", 生物工学, 98, 710-711, 2020.

・江崎剛史, 堀之内貴明, 夏目やよい, 野島陽水, 坂根巌, 松井秀俊, 抗菌薬の化学構造と大腸菌の耐性獲得に関する遺伝子発現の相関推定, CBI学会誌, 8(4),37 ,2020.

・記事寄稿, "微生物との関わり", 理研ニュース, No447, 2018.

・尾崎遼, 河野暢明, 堀之内貴明, "生命情報科学若手の会との連携による若手人材ネットワークの形成", 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, 33, 3-4, 2018.

・記事寄稿, 産経新聞（京都・兵庫版）2018年2月8日朝刊24面 / 産経WEST web版

【理研が語る】研究を未来へつなぐＳＦ的想像

・堀之内貴明* “若手科学者ネットワークアニュアルレポート２０１６生命情報科学若手の会”, 日本学術会議若手アカデミー若手科学者ネットワーク分科会 , 30-31, 2017

・堀之内貴明*, 尾崎遼, 大上雅史. “小特集日本のAI 元気な若手の動き「生命情報科学若手の会」”, 人工知能学会誌, 32(2) , 270-271, 2017

Talks

As presenter (〇: presenter)

Conference

・〇Takaaki Horinouchi, Haruko Shimono, Kikumi Hata, Toutai Mitsuyama, "Quantitative evaluation of pipetting parameters in cell suspension by liquid handling system", SLAS2024 International Conference and Exhibition, ボストン, US, 2024年2月5日 (ポスター）

・〇堀之内貴明, 下野晴子, 秦喜久美, 光山統泰 “細胞懸濁におけるピペッティングパラメータの分注機による定量評価”, 第75回日本生物工学会大会, 第46回分子生物学会年会, 神戸, 2023年12月8日（ポスター・サイエンスピッチ）

・〇堀之内貴明, 林哲太郎, 八田知久, 久世真理子, 下野晴子, 秦喜久美, 笹川洋平, 松熊研司, 二階堂愛, 光山統泰 “ロボット連携システムによるRamDA-seqプロトコルの自動化” ,第46回分子生物学会年会, 神戸, 2023年12月8日（ポスター）

・〇堀之内貴明, 林哲太郎, 八田知久, 久世真理子, 下野晴子, 秦喜久美, 笹川洋平, 松熊研司, 二階堂愛, 光山統泰 “シングルセルRNA-seqプロトコルの自動化”,2023年日本バイオインフォマティクス学会年会第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）, 千葉, 2023年9月7-8日（ポスター）

・〇堀之内貴明, 下野晴子, 秦喜久美, 光山統泰 “自動分注ロボットによる細胞懸濁パラメータの定量評価”, 第75回日本生物工学会大会, 名古屋, 2023年9月5日（口頭）

・〇堀之内貴明, "進化工学とデータ駆動型アプローチによる微生物ストレス耐性の理解と制御, 日本生物工学会東日本支部新年交換会　オンライン/オフライン併催（東京大学）, 2023年2月3日（招待講演）

・〇堀之内貴明, "自動化がもたらす新たなデータサイエンス～大腸菌のハイスループット解析を例に～", 日本農芸化学会中部支部第190回例会ミニシンポジウム「バイオインフォマティクスが拓く新しい農芸化学」, オンライン/オフライン併催, 2021年9月18日（招待講演）

・〇堀之内貴明, "微生物継代培養の全自動化を通じてわかったこと", 第10回超異分野学会本大会「ここまで来た！ライフサイエンス実験のオートメーション」, オンライン/オフライン併催, 2021年3月5日（招待講演）

・〇堀之内貴明, 〇樫森啓真, "微生物の継代培養の全自動化～実装・運用・応用～", Laboratory Automation Developers conference 2020, オンライン/オフライン併催, 2020年10月3日（招待講演, ペアトーク）

・〇堀之内貴明, "若手主導で考えるポストコロナ研究の未来", 生物工学Webシンポジウム2020：「（WS11）理学・工学分野から若手主導で考える酵母研究の未来」, オンライン開催, 2020年9月3日（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, “全自動実験室進化システムと大規模計測を用いたストレス耐性大腸菌の育種”, 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第三回講演会～大規模計測技術とインフォマティクスと自動化～, 京都, 2019年11月20日（招待講演）

・〇堀之内貴明, “Suppression of antibiotic resistance evolution by single-deletion”, 第１９回異分野交流の夕べ in 横浜「奨励研究会成果報告会」横浜, 2019年10月25日（ポスター）

・〇堀之内貴明, “大腸菌の大規模実験室進化とオミクス解析による適応進化動態の解析”, 第35回個体群生態学会, 公募シンポジウム「生物や生態系全体の動態をとらえる網羅的実験の新展開」, 京都, 2019年9月26日（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, “実験室進化による大腸菌の様々な環境への適応進化の解析とその応用”, 酒類総合研究所理研BDRセミナー, 東広島, 2019年3月1日（招待講演）

・〇堀之内貴明, “実験室進化による大腸菌の進化過程の理解とその利用”, JST植物関係領域合同若手研究会, 静岡, 2018年10月19日（招待講演）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, “大腸菌一遺伝子破壊株ライブラリの実験室進化による薬剤耐性化の解析”, 生命科学系フロンティアミーティング2018, 静岡, 2018年10月5,6日（口頭・ポスター）

・〇堀之内貴明, “大腸菌の大規模実験室進化による適応進化過程の解析”, 日本遺伝学会第90回大会, ワークショップ「多様なモデル原核生物の解析から見えてくる遺伝情報複製・継承の共通原理と多様性」, 奈良, 2018年9月20日（ワークショップ講演）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 小谷葉月, 酒井亜希, 古澤力, “大規模実験室進化を用いた転写因子の破壊による大腸菌の薬剤耐性化の制御”, 日本生物工学会第70回大会, 大阪, 2018年9月7日（口頭）

・〇堀之内貴明, “Biomek NXP を用いた全自動実験室進化による大腸菌の進化過程の解析とその応用”, Biomek User Group Meeting Japan2017, 東京, 2017年12月14日（招待講演）

・〇堀之内貴明, 徳山健斗, 前田智也, 松田史生, 清水浩, 古澤力, “実験室進化により得られたメチルグリオキサール耐性大腸菌のマルチオミクス解析”, 第11回メタボロームシンポジウム, 大阪, 2017年11月13日（ポスター）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, “実験室進化・オミックス解析・破壊株スクリーニングに基づく表現型メモリー機構の理解への試み”, 生命情報科学若手の会第9回研究会, 蒲郡, 2017年10月（口頭）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, "超大規模実験室進化とオミックス解析による大腸菌のストレス耐性機構の解析", 第69回生物工学会大会, シンポジウム「集え！バイオインフォマティクスを利活用する生物工学若手研究者」, 東京, 2017年9月12日（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, "大規模実験室進化とオミックス解析による大腸菌の適応進化過程の解析とその応用" 第0回生命科学系フロンティアセミナー, 東京, 2017年8月19日（口頭）

・〇堀之内貴明, 酒井亜紀, 小谷葉月, 田辺久美, 古澤力, "実験室進化と網羅的アプローチに基づく大腸菌のイソプロパノール耐性の解析" 2017年度生物工学若手研究者の集い夏のセミナー, 広島, 2017年7月22日（ポスター・口頭）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, "大腸菌実験室進化とオミックス解析を用いて大腸菌の適応進化過程を解析する", NGS現場の会第五回研究会, セッション「NGSとオミックス」, 仙台, 2017年5月23日（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, "実験室進化による大腸菌の進化過程の解析とその応用", 不老社会実現に向けた進化工学医療ワークショップ, 大阪, 2017年5月18日（招待講演）

・〇堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, “全自動実験室進化システムの高度化と大腸菌の超ハイスループット実験室進化”, 生命情報科学若手の会第8回研究会, 札幌&伊達, 2016年10月（ポスター）

・〇堀之内貴明, 酒井亜希, 田辺久美, 古澤力. “実験室進化とオミックス解析によるイソプロパノール耐性大腸菌の育種”, 第68回日本生物工学会大会, 富山, 2016年9月（ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Chikara Furusawa. “Escherichia coli cellular state profiling during adaptive evolution to various stress conditions using omics technology”, QBiC Symposium 2016 DECORDING ORGANISMS by Quantitative Cell Profiling, Osaka, Japan, Sep. 2016 (poster)

・〇堀之内貴明, 古澤力. “ハイスループット実験室進化とオミックス解析によるストレス耐性微生物の育種”, 2016年度生物工学若手研究者の集い夏のセミナー, 府中, 2016年7月（ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi, Shingo suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa. “Experimental Evolultion of Escherichia coli Under Various Chemical Compounds Using High-Throughput Automated Culture System”, Metabolic Engineering 11, Awaji, Hyogo, Japan, June 2016（poster）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力. “全自動実験室進化システムを用いた多系列・多種ストレス環境の実験室進化による大腸菌のストレス適応戦略の解析”, 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会, 神戸, 2015年12月（口頭＆ポスター）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 古澤力. “ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の適応進化の解析”, 生命情報科学若手の会第7回研究会, 企画シンポジウム「大量データが拓いた進化多様性研究の最前線」, 鶴岡, 2015年10月（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力. “全自動実験室進化による様々な化合物ストレスに対する耐性大腸菌の創成と耐性化機構の解析”, 第67回日本生物工学会大会, 鹿児島, 2015年10月（ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi. “Analysis of Escherichia coli adaptation strategy to various stress conditions using laboratory automation system”, High-Dimensional Data for the Design Principle of Life, QBiC symposium 2015, Suita, Osaka, Japan, Aug. 24-26, 2015.（poster）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 古澤力. “ストレス耐性大腸菌の交叉ストレス耐性プロファイルとオミックスデータに基づくストレス応答ネットワークの解析”, 生命情報科学若手の会第6回研究会, 神戸, 2014年10月（ポスター）

・〇堀之内貴明, 清水浩, 古澤力. “ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の様々なストレスへの耐性機構の解析”, 第66回日本生物工学会大会, シンポジウム「バイオものづくりにおけるwet研究とdry研究の融合」, 札幌, 2014年9月（シンポジウム講演）

・〇堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力. “全自動実験室進化システムの構築と大腸菌の多系列・多種ストレス環境下での実験室進化”, 生命情報科学若手の会第5回研究会, 東京, 2014年2月（口頭&ポスター）

・〇堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩，古澤力. “ラボオートメーションによる全自動多系列実験室進化システムの構築”, 第65回日本生物工学会大会, 広島, 2013年10月（ポスター）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力. “大腸菌実験室進化によるエタノールストレス環境に対する適応過程のマルチオミックス解析”, 生命情報科学若手の会第4回研究会, 岡崎, 2013年3月（口頭）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力. “実験室進化とマルチオミックス解析によるストレス耐性大腸菌の創成”, 理研若手研究会「第３回・新規材料創製を目指した合成生物学」, 和光, 2012年11月（ポスター）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力, “進化実験から得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析”, 第64回日本生物工学会大会, 神戸, 2012年10月（口頭）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力. “Comprehensive analysis of adaptation process under ethanol stress in Escherichia coli”, 第34回日本分子生物学会年会, 横浜, 2011年12月（口頭&ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Naoaki Ono, Kuniyasu Tamaoka, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa. “Comprehensive analysis of evolution dynamics in Escherichia coli from parallel experimental evolutions under ethanol stress condition”, International Symposium on SYNTHESIZING LIFE AND BIOLOGICAL SYSTEMS, Suita, Osaka, Japan, Oct. 2011（Poster）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力. “エタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析”, 第6回メタボロームシンポジウム, 大阪, 2011年10月（ポスター）

・〇堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 古澤力, 四方哲也, 清水浩. “Multi-omics analysis of evolved Escherichia coli strains under ethanol stress revealed slow adaptation dynamics”, 日本生物物理学会第49回年会, 2011年9月（口頭）

・〇堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩. “エタノール環境下での長期植え継ぎ培養によって得られた耐性大腸菌株の遺伝子発現・ゲノム変異解析”, 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会, 神戸, 2010年12月（口頭）

・〇堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩, "大腸菌エタノールストレス人工進化株の網羅的解析によるエタノール耐性付与", 定量生物学の会第三回年会, 東京, 2010年11月（ポスター）

・堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩, "大腸菌エタノールストレス人工進化株の全ゲノム変異解析・発現解析", 定量生物学の会第二回年会, 大阪, 2010年1月（ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, "Genome-wide mutational and expression analyses of evolved Escherichia coli strains under ethanol stress", The 20th International Conference on Genome Informatics, Poster and Software Demonstrations, P071_1-2, Yokohama, Japan, Dec., 2009.（Poster）

・〇Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, "Genome-wide mutational and expression analysis of ethanol-tolerant Escherichia coli", International Symposium on Complex Systems Biology, Poster number 27, Tokyo, Japan, Sep., 2009.（Poster）

・〇堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩, "ラガービール酵母の発酵過程における重複遺伝子の網羅的解析", 化学工学会第41回秋季大会, 広島, , 2009年9月（口頭&ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi, Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Yoshihiro Nakao, Hiroshi Shimizu, "Analysis of lager beer yeast at low temperature fermentation using DNA microarray", The 13th International Biotechnology Symposium and Exhibition, Journal of Biotechnology Vol.136/S S351 V2-P-016, Dalian, China, Oct., 2008.（Poster）

・〇堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩, "ラガー酵母の低温発酵特性の理解に向けた発酵挙動と遺伝子発現の解析", 第60回日本生物工学会大会, 仙台, 2008年8月（口頭）

・〇堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩, "DNAマイクロアレイを用いたラガー酵母の低温発酵特性の解明", 日本農芸化学会2008年度大会, 名古屋, 2008年3月（口頭学会記者会見トピックス集採択）

・〇堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 児玉由紀子, 下永(藤村)朋子, 清水浩, "ラガービール酵母のマイクロアレイデータマイニング", 第58回日本生物工学会大会, 大阪, 2006年（口頭）

Other seminar etc.

・〇堀之内貴明,"ロボットでのバイオ実験自動化" セラミックスのためのインフォマティクス研究会2023年度機械学習ハンズオン講習会「材料DX Boot Camp」, 東京, 2023.11（招待講演）

・〇堀之内貴明,"バイオものづくり分野における様々なスケールのラボオートメーション", 「マルチモーダルAI技術の多様な材料・プロセス開発への水平展開」講演会, つくば, 2023.11（招待講演）

・〇堀之内貴明,・"DOBOTを用いたバイオ実験自動化の低コスト化の試み", DOBOT User Conference 2023, 名古屋, 2023.7（招待講演）

・〇堀之内貴明, "インターンシップ「変分オートエンコーダーを用いたOT-2ステージ上の異物検知の試み」の裏側", Laboratory Automation勉強会2023.09 オンライン/オフライン開催（国士舘大学世田谷キャンパス）, 9月30日, 2023年（口頭）

・〇堀之内貴明, "ロボットとかがエラーを出したりしたときにやるべきこと", Laboratory Automation勉強会2023.03, オンライン/オフライン開催（理化学研究所神戸キャンパス）, 3月25日, 2023年（口頭）

・〇堀之内貴明, "異分野を渡り歩いてみた", 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会記念フォーラム～生物工学会におけるバイオインフォマティクスのこれまでとこれから～, オンライン/オフライン開催（名城大学）, 3月20日, 2023年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動化のススメ", 第1回環境合成生物学研究室セミナー, （長浜バイオ大学）, 2月17日, 2023年（招待講演）

・〇堀之内貴明, "進化工学とデータ駆動型アプローチによる微生物ストレス耐性の理解と制御", 日本生物工学会東日本支部生物工学フォーラム第2部「日本生物工学会東日本支部長賞候補者講演会」, オンライン/オフライン併催（東京農業大学）, 8月23日, 2022年（依頼講演）

・〇堀之内貴明, "ラボラトリーオートメーションやロボティクスの利活用による生命科学実験の自動化に向けた取り組み", CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム　バイオDXの最前線, オンライン開催, 11月21日, 2021年（依頼講演・ポスター）

・〇堀之内貴明, "乾燥剤を用いた自動化機器用クリーンブース内の除湿の試み", Laboratory Automation勉強会2021.09 オンライン開催, 9月25日, 2021年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機による微生物継代培養の全自動化を通じて思ったこと", Laboratory Automation勉強会2021.06/ロボティクス・メカトロニクス講演会2021ワークショップ, オンライン開催, 6月6日, 2021年（招待講演）

・〇堀之内貴明, "自動分注機を用いた微生物継代培養の全自動化（2020年度総集編）", Laboratory Automation勉強会2021.04, オンライン開催, 4月24日, 2021年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機を用いた微生物継代培養の全自動化（おさらい編''）", Laboratory Automation勉強会2020.11, オンライン開催, 11月28日, 2020年（口頭

・〇堀之内貴明, "進化工学・オミクス解析・自動化を活用した有用微生物の育種", 神戸大学セミナー, 神戸, 10月29日, 2020年（招待講演）

・〇堀之内貴明, 兒島孝明, 蟹江慧. "生物工学会バイオインフォマティクス相談部会における取り組み", 質量分析インフォマティクス研究会・第5回ワークショップ質量分析とデータ科学で生命に迫る, オンライン開催, 8月7日, 2020年（口頭）

・〇堀之内貴明, "コロナによって変わった研究生活のあり方", "生物工学若手研究者の集い第一回オンラインセミナー", オンライン開催, 7月18日, 2020年（招待講演）

・〇堀之内貴明, "バイオものづくりにおける生物システムの予測・設計・制御に向けて～進化工学・オミクス・自動化の活用", "産業技術総合研究所人工知能研究センターオーミクス情報研究チームセミナー", 東京/オンライン開催, 7月3日, 2020年（招待講演）

・〇堀之内貴明, "自動分注機を用いた微生物継代培養の全自動化（おさらい編'）", Laboratory Automation勉強会2020.06, オンライン開催, 6月27日, 2020年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機を用いた微生物継代培養の全自動化（おさらい編）", Laboratory Automation勉強会2020.04, オンライン開催, 4月25日, 2020年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機を用いた微生物継代培養の全自動化（おさらい編）", Laboratory Automation勉強会2020.03, オンライン開催, 3月28日, 2020年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機による微生物継代培養の全自動化とメソッドのカスタム事例の紹介", Laboratory Automation勉強会2020.01, 東京, 1月25日, 2020年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機による微生物継代培養の全自動化の試みと活用例", Laboratory Automation勉強会2019.11, 東京, 11月30日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "自動分注機による微生物の実験室進化の全自動化・大規模化とその利用", Laboratory Automation勉強会2019.10, 神戸, 10月19日, 2019年（口頭）

・〇Takaaki Horinouchi. “High-throughput experimental evolution of E. coli ~various chemical stresses and genotypes~”, BDR Retreat 2019, Awaji, Hyogo, Japan, 8-9th Oct. 2019 (Poster)

・〇堀之内貴明, "Biomekを使い倒した話 + バイオ × IT × ロボティクスの連携をするときに大事だと思うこと", Laboratory Automation勉強会2019.09, 東京, 9月28日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "進化現象を利用して有用微生物を育種する", 研究会「生命システムの安定性・可塑性を理解するための理論解析と実験的検証」, 大阪, 9月9日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "こんなときどうする？実験研究者が色々試すオミクス解析", 新学術領域「代謝アダプテーションのトランスオミクス解析」若手合宿, 千葉, 8月29-30日, 2019年（口頭・ポスター）

・〇堀之内貴明, "Biomekを使い倒した話3.0", Laboratory Automation勉強会2019.08, 大阪, 8月24日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "Biomekを使い倒した話2.0", Laboratory Automation勉強会2019.07, 東京, 7月27日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "Biomekを使い倒した話", Laboratory Automation勉強会2019.06, 神戸, 6月29日, 2019年（口頭）

・〇堀之内貴明, "実験室進化による代謝アダプテーションの制約の解析", 新学術領域「代謝アダプテーションのトランスオミクス解析」第3回領域会議, 福岡, 7月3日-4日, 2019年（口頭・ポスター）

・〇堀之内貴明, "実験室進化による代謝アダプテーションの制約の解析", 新学術領域「代謝アダプテーションのトランスオミクス解析」第2回領域会議, 東京 6月12日-13日, 2018年（口頭・ポスター）

・〇Takaaki Horinouchi. “High-throughput bacterial experimental evolution approach for understanding biological system”, RIKEN Kansai Joint Retreat 2017, Awaji, Hyogo, Japan, 18-19th June 2017 (Poster)

・〇TakaakiHorinouchi, "High-throughput bacterial experimental evolution approach for understanding biological systems", QBiC Talks, Osaka, 24th Mar., 2017. (Oral)

・〇Takaaki Horinouchi. “Experimental evolution of Escherichia coli for understanding biological system”, QBiC Retreat2016 Research on-site, Awaji, Hyogo, Japan, 20th June 2016 (Oral)

・〇Takaaki Horinouchi. “Experimental evolution of E. coli under various chemical compounds using high-throughput automation culture system”, QBiC Retreat2015, Awaji, Hyogo, Japan, 22th June 2015 (Poster)

・〇Takaaki Horinouchi. “Omics analysis of Escherichia coli strains under various stress condition using high-throughput automation culture system”, QBiC 4th Retreat, Wakayama, Japan, 23th June 2014 (Poster)

・〇TakaakiHorinouchi, "Multi-omics analysis of adaptation process under stress condition in Escherichia coli", OLABB joint seminar, Osaka, 11th Nov., 2013. (Oral)

・〇Takaaki Horinouchi. “Multi-omics analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains reveal gradual adaptation not caused by genetic mutation”, QBiC 3rd Retreat, Awaji, Hyogo, Japan, 24th June 2013 (Poster)

・〇TakaakiHorinouchi, "Multi-omics analysis of adaptation process in Escherichia coli revealed slow adaptation dynamics", OLABB joint seminar, Osaka, 13th Mar., 2013. (Oral)

・〇Takaaki Horinouchi. “Multi-omics analysis of Escherichia coli strains under ethanol stress for understanding environmental adaptation dynamics”, QBiC Retreat 2nd Retreat, Awaji, Hyogo, Japan, 24th July 2012 (Poster)

・〇Takaaki Horinouchi. “Multiscale analysis of Escherichia coli evolution under ethanol stress condition”, QBiC 1st RETREAT, Sasayama, Hyogo, Japan, 10-11, Sep, 2011 (Poster & Oral)

・〇堀之内貴明, "大腸菌のストレス環境への適応過程における遺伝子ネットワークと細胞内部状態の解析", 2010年度GCOE Work-In-Progress研究会・提案型研究支援報告会, 大阪, 3月9日, 2011. (ポスター)

・〇堀之内貴明, "大腸菌のストレス環境への適応過程における遺伝子ネットワークと細胞内部状態の解析", 2009年度GCOE Work-In-Progress研究会・提案型研究支援報告会, 大阪, 3月2日, 2010. (ポスター)

・〇堀之内貴明, "大腸菌のストレス環境下における人工進化実験に関する研究", 大阪大学情報科学研究科バイオ情報融合セミナー, 大阪, 12月8日., 2009. (口頭)

・〇堀之内貴明, "大腸菌のストレス環境への適応過程における遺伝子ネットワークと細胞内部状態の解析", 2008年度GCOE Work-In-Progress研究会・提案型研究支援報告会, 大阪, 3月4日, 2009 .(ポスター)

As co-author (〇: presenter)

・〇前田智也, 岩澤諄一郎, 堀之内貴明, 阪田奈津枝, 小谷葉月, 川田正子, 田邊久美, 古澤力, "全自動培養システムを用いた多種ストレス環境下における大腸菌の大規模実験室進化", 第13回日本ゲノム微生物学会年会, 東京, 3月6日, 2019年 (口頭).

・〇芝井厚, 津留三良, 堀之内貴明, 古澤力, "細菌ゲノムへの遺伝子不活性化変異の蓄積", 第12回日本ゲノム微生物学会年会, 京都, 3月6-7日, 2018年 (ポスター).

・〇津留三良, 芝井厚, 堀之内貴明, 古澤力, "タンパク質の進化速度における進化的制約の持続性", 第12回日本ゲノム微生物学会年会, 京都, 3月5日, 2018年 (口頭).

・〇前田智也, 堀之内貴明, 阪田奈津枝, 小谷葉月, 酒井亜希, 田邊久美, 古澤力, "全自動培養システムを用いた多種ストレス環境下における大腸菌の大規模進化実験", 第12回日本ゲノム微生物学会年会, 京都, 3月5日, 2018年 (口頭).

・〇Germond Arno, Taro Ichimura, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Tomonobu M. Watanabe, "Raman spectroscopy as a tool to monitor phenotypic response and gene expression", 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017), 神戸, 12月6日, 2017年 (Poster).

・〇古澤力, 前田智也, 堀之内貴明, "大腸菌進化実験による進化的制約の解析", 日本進化学会第19回大会, 京都, 8月26日, 2017年 (ポスター).

・〇津田宗一郎, 吉田真理, Sabrina Galinanes Reyes, 堀之内貴明, 古澤力, Leroy Cronin, "Antibiotic cyclingによる抗生物質耐性菌の抑制と数理モデル予測による耐性制御", 日本進化学会第19回大会, シンポジウム「生命誕生の謎に迫る実験科学～多様性の起源はどこだ？～」, 京都, 8月25日, 2017年 (シンポジウム講演).

・〇Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, "Adaptive laboratory evolution of in silico designed succinate producing Escherichia coli", 15th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology and 15th International Congress of Mycology and Eukaryotic Microbiology and 17th International Congress of Virology (IUMS2017), Singapore, 17th-21th, July, 2017 (Poster).

・〇徳山健斗, 戸谷吉博, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩, "実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定", 化学工学会第82回年会, 東京, 2017年3月（ポスター）

・〇前田智也, 堀之内貴明, 阪田奈津枝, 小谷葉月, 酒井亜希, 田邊久美, 古澤力, "全自動培養システムを用いた多種ストレス環境化における大腸菌進化ダイナミクスの解析", 第11回ゲノム微生物学会, 2017年3月（口頭・ポスター）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "Prediction of antibiotic resistance by transcriptome and genomics analysis", 第８８回日本細菌学会総会, 2015年3月（ワークショップ講演）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "Bacterial evolution of cross-resistance and hypersensitivity to other classes of antibiotics", 第８７回日本細菌学会総会, 2014年3月（口頭・ポスター）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "異なる系統の抗菌薬に対する交叉耐性および超感受性の進化", 第８回日本ゲノム微生物学会年会, 2014年3月（口頭・ポスター）

・鈴木真吾, 堀之内貴明, 〇古澤力, "実験室進化を用いた大腸菌の抗生物質耐性獲得ダイナミクスの解析", 日本生物物理学会第51回年会, 京都, 2013年10月（ポスター）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "実験進化的手法による薬剤耐性大腸菌の創出とそのゲノミクス解析", 第65回日本生物工学会大会, 広島, 2013年9月（ポスター）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "薬剤耐性大腸菌の実験進化的創出とゲノミクス解析", 第７回日本ゲノム微生物学会年会, 2013年3月（口頭）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "人工進化実験による薬剤耐性菌の創出とゲノム変異解析", 「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」平成24年度公開シンポジウム, 東京, 2012年9月（ポスター）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "薬剤耐性大腸菌の実験進化的創出とケ_ノム変異解析", 日本進化学会第１４回大会, 2012年8月, 東京（ポスター）

・Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, 〇Hiroshi Shimizu, "Genome-wide multi-omics analysis of ethanol stress tolerant strain of Escherichia coli created by evolution engineering", Metabolic Engineering 9, Biarritz, France, June 2012（Oral）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "Analysis of evolutionary dynamics using experimental evolution of Escherichia coli ", 第85回日本細菌学会総会, 長崎, 2012年3月（招待講演）

・〇鈴木真吾, 堀之内貴明, 古澤力, "薬剤耐性大腸菌の実験進化的創出と耐性化機構の解析", 第6回日本ゲノム微生物学会年会, 東京, 2012年3月（口頭）

・〇源晃明, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩, "Development of automatic expeerimental evolution system using laboratory auto mation system", 第34回日本分子生物学会年会, 横浜, 2011年12月（口頭・ポスター）

・〇小野直亮, 堀之内貴明, 玉岡邦康, 鈴木真吾, 平沢敬, 古澤力, 四方哲也, 清水浩, "大腸菌エタノール耐性進化株の次世代シーケンサを用いた全ゲノム解析", 第63回日本生物工学会大会, 東京, 2011年9月（口頭）

・〇小野直亮, 堀之内貴明, 玉岡邦康, 鈴木真吾, 平沢敬, 古澤力, 四方哲也, 清水浩, "Whole genome resequencing of experimentally evolved Escherichia coli using a next generation sequencer", 日本生物物理学会第49回年会, 兵庫, 2011年9月（口頭）

・堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直. 亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 〇清水浩, エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析, 化学工学会第 43回秋季大会,2011年9月（口頭）

・〇古澤力, 堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 平沢敬、四方哲也、清水浩, "進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌株の網羅的表現型・遺伝子型解析", 日本進化学会第13回大会, 京都, 2011年7月（ポスター）

・堀之内貴明、玉岡邦康、古澤力、小野直亮、鈴木真吾、平沢敬、四方哲也、〇清水浩, "人工進化工学と網羅的遺伝子発現情報解析によるストレス耐性細胞の創製", 化学工学会第76年会, 京都, 2011年3月（口頭）

・堀之内貴明、玉岡邦康、〇古澤力、小野直亮、鈴木真吾、平沢敬、四方哲也、清水浩, "エタノール環境下での長期植え継ぎ培養によって得られた耐性大腸菌株の遺伝子発現・ゲノム変異解析", 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会 (BMB2010), 神戸, 2010年12月（ポスター）

・〇小野直亮, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩, 四方哲也, "人工進化実験における発現制御ダイナミクスの進化的シミュレーション ", 定量生物学の会第三回年会, 東京, 2010年11月（ポスター）

・〇Chikara Furusawa, Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Naoaki Ono, Kuniyasu Tamaoka, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, and Hiroshi Shimizu, "Genome-Wide resequencing and expression analyses of evolved Escherichia coli strains under ethanol stress", Society for Molecular Biology and Evolution(SMBE2011), Kyoto, Jul. 2011 (Invited)

・〇Naoaki Ono, Chikara Furusawa, Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, "Genome-Wide Mutational and Expression Analyses of Evolved Escherichia coli Strains under Ethanol Stress", Asian Congress on Biotechnology (ACB-2011), Shanghai, China, May. 2011

・堀之内貴明, 玉岡邦康, 〇古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, "人工進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌株の網羅的遺伝子発現解析とゲノム異変解析", 第62回日本生物工学会大会, 宮崎, 2010年10月（ポスター）

・堀之内貴明, 玉岡邦康, 〇古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, "複数時間スケールを持つ環境適応ダイナミクス：エタノールストレス環境下での大腸菌人工進化実験における網羅的表現型/遺伝子型解析", 第48回生物物理学会年会, 2010年9月（口頭）

・〇玉岡邦康, 堀之内貴明, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩, "タイリングアレイを用いたエタノール耐性大腸菌株のゲノム変異解析", 第61回日本生物工学会大会, 名古屋, 2009年9月（口頭）

・〇玉岡邦康, 堀之内貴明, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩, "エタノール耐性大腸菌株のタイリングアレイを用いたゲノムワイド変異解析", 生物工学若手研究者の集い夏のセミナー2009, 2009年7月（ポスター）

Grants

・単腕ロボットによるコロニーピッキングの自動化

　日本生物工学会未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会 : 発酵研究所学会・研究部会助成, 研究期間: 2023年度-2024年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計500千円

・自動育種システムの超高速化と汎用化

　JST: 革新的GX創造事業バイオものづくり領域チーム型研究「多様な微生物機能の開拓のためのバイオものづくりDBTL技術の開発」, 23835927, 研究期間: 2023年度-2027年度, 代表者: 本田孝祐, 役割: 分担, 交付額: 計33,000千円

・DIYバイオDX:タンパク質分子進化工学の自律化による「誰でもバイオDX」の実証

　文部科学省: 基盤研究(C), 課題番号: 22K06195, 研究期間: 2022年度-2024年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計3,100千円

・実験室進化による代謝アダプテーションの状態遷移ダイナミクスの解析

　文部科学省: 新学術領域研究(研究領域提案型) 公募研究, 課題番号:20H04850 , 研究期間 2020年度-2021年度（採択後辞退）, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表

・トランスオミクス解析による大腸菌の様々な代謝阻害剤に対する適応進化過程の解析

　2019年度理研ー九大科学技術ハブ共同研究プログラム, 研究期間 2019年10月-2020年3月, 共同代表者（理研: 堀之内貴明, 九大: 和泉自泰）, 役割: 共同代表者, 交付額: 計975千円

・モデルベース設計を基盤とした指向性進化による高効率細胞プロセス創製の確立と展開

　文部科学省: 基盤研究(S), 課題番号: 19H05626, 研究期間 2019年度-2023年度, 代表者: 清水浩, 役割: 分担

・ゲノム構造変化が適応進化過程に与える影響の解析

　文部科学省: 基盤研究(C), 課題番号: 19K06630, 研究期間: 2019年度-2021年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計3,300千円

・ゲノムスケールモデルを利用した代謝経路律速点の解消による化成品生産技術の開発

　文部科学省: 基盤研究(A), 課題番号: 19H00839, 研究期間 2019年度-2021年度(中途終了・基盤S採択のため), 代表者: 清水浩, 役割: 分担

・実験室進化による代謝アダプテーションの制約の解析

　文部科学省: 新学術領域研究(研究領域提案型) 公募研究, 課題番号: 18H04807, 研究期間 2018年度-2019年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計9,000千円

・大腸菌の実験室進化とエピゲノム状態の解析による表現型メモリー機構の解明

　文部科学省: 若手研究(B), 課題番号: 17K15052, 研究期間 2017年-2018年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計 4,290千円

・Analysis of epigenetic adaptive evolution by high-throughput screening approach.

　理化学研究所: 奨励課題, 研究期間 2016年度-2017年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計 3,000千円

・生命情報科学若手の会第8回研究会

　中辻創智社: 学術研究や社会貢献を目的とした会議開催費の助成公募, 2016年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計 579千円

・進化実験を用いた抗生物質耐性の進化ダイナミクスの解析

　文部科学省: 基盤研究(B), 課題番号: 26290071, 研究期間 2014年度-2016年度, 代表者: 古澤力, 役割: 分担, 交付額: 計 3,000千円

・大腸菌のストレス環境への適応過程における遺伝子ネットワークと細胞内部状態の解析

　文部科学省グローバルCOEプログラム「アンビエント情報謝意基盤創生拠点 -生物に学ぶ情報環境技術の確立-」:

　提案型研究企画支援制度, 研究期間 2008年度-2010年度, 代表者: 堀之内貴明, 役割: 代表, 交付額: 計 2,100千円

　（報告書: 2008年度, 2009年度, 2010年度）

Others

Awards

・〇Yuya Arai, Ko Takahashi, Takaaki Horinouchi, Koichi Takahashi and Haruka Ozaki, "SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation", 第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）優秀口頭発表賞（2022年9月）

・日本生物工学会東日本支部長賞（2022年8月）

・生物工学若手研究者の集い夏のセミナー優秀ポスター賞（2016年7月）

・特に優れた業績による第一種奨学金半額返還免除, 日本学生支援機構（2011年5月）

Patents

・"実験計画プログラム、実験計画装置及び実験計画方法", 尾崎遼, 高橋恒一, 堀之内貴明, 特開2022-170525

・“メタクリル酸耐性微生物及びその製造方法”, 白井智量, 古澤力, 堀之内貴明, 折下涼子, 阪田奈津枝, 田辺久美, 小谷葉月, 特開2018-85948

Organization

・Laboratory Automation Developers Conference 2023（2023年9月15-16日オンライン/オフライン併催）

実行委員

・日本生物工学会第75回大会シンポジウム「データ駆動型研究が導く未培養微生物 (微生物ダークマター) の開拓と展望」（2023年9月5日名古屋大学）

シンポジウムオーガナイザー

・日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会記念フォーラム～生物工学会におけるバイオインフォマティクスのこれまでとこれから～（2023年3月20日オンライン/オフライン併催）