RPKJの学生は、2年間の学習を行う。この2年間は4つのセメスターに分かれている。
セメスターⅠ（1年生5月～9月）
セメスターⅡ（1年生10月～3月）
セメスターⅢ（2年生4月～8月）
セメスターⅣ（2年生9月～2月）
各セメスターは基本的に、16週の授業と2週間の試験、2週間のブレイク（休暇）で構成される。
セメスターの期間はあくまで目安であり、年度によって多少前後する。たとえば、セメスターⅠのスタートは5月からとしているが、Intake(入学)が遅れると6月からスタートすることとなる。また、5月の何週にスタートするかも、Intake次第である。
2014年度（マレーシア表記では、2014/2015年度。以下同様)までは、セメスターⅠの授業は、日本語科教員による日本語の授業、ローカル教員（主にPASUM教員）による「英語もしくはマレー語」での教科の授業が行われていた。セメスターⅡからは、日本語科教員による日本語の授業と、教科教員による「日本」での教科の授業が行われていた。
2015年度（2015/2016)からは、セメスターⅠの教科の授業を教科教員が担当することとなり、「英語」で授業を行うようになった（週1時間）。セメスターⅡ以降は、変更なし。
数学
数学Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,A,Bに相当する部分を学習する
物理
物理基礎、物理に相当する部分を学習する
化学
化学基礎、化学に相当する部分を学習する
各教科ともAAJ教科教員が作成したテキストを中心に授業を行っている。
セメスターⅢ（8月）までには、学習範囲を終了し、セメスターⅣ（9月）からは、EJUに向けての演習を行う。
11月のEJU終了後は、修了試験対策を行う。修了試験は各教科とも、上記の学習範囲。
セメスターⅠ・Ⅱの成績を合算して、最終成績を出す。最終成績が規定に達していない場合は、セメスターⅢに進むことはできない。
セメスターⅢの成績が規定に達していない場合は、セメスターⅣに進むことが出来ない。いずれの場合も、進む事ができない学生は退学となる。
セメスターⅣに進んだ生徒は、11月のEJUと12月の修了試験を受験することが出来る。EJUと修了試験の結果（と出席状況）をもとに、日本留学候補者の合否判定が行われる。日本留学の最終判断は、JPAが行う。
日本留学候補者は、文部科学省や各国立大学による配置が行われ、留学先の大学が決定する。配置が決まらない学生は、RPKJを修了していても日本留学は認められない。